Каждый камень, каждая кочка на предполагаемом месте строительства крепости были им обследованы. Он рассмотрел более двадцати типичных исходных вариантов, известных инженерной науке и наиболее приемлемых к его проекту, но в каждом находил серьезные недостатки. Многие из готовых проектов опирались на идею неприступности самой крепости, не учитывая ее главного назначения — защиты определенного района, в котором она располагалась. Исходя именно из этого, Кондратенко основное внимание уделил правильному расположению батарей, которые могли вести перекрестный огонь без серьезных маневров, оставаясь при этом достаточно защищенными. Главной задачей для них было прикрытие всего укрепрайона, а не только собственной крепости.
Решив эту главную задачу, он с не меньшей дотошностью принялся разрабатывать проекты всевозможных подсобных помещений — укрытий для личного состава, мастерских, кладовых, пороховых погребов. Достаточно изучив абхазскую низменность, позаботился Роман и об устройстве вентиляции помещений, погребов хранения боеприпасов, так как климат Батума отличался чрезмерной влажностью. Каждая, даже самая незначительная деталь проекта, была обсчитана им самостоятельно. Он мог без труда, на глаз, определить, сколько и какого материала потребуется для проведения тех или иных работ, какое время и количество людей они займут.
Через двадцать лет, в Порт-Артуре, этот опыт окажется для него неоценимым.
В конце 1883 года проект был окончен. Романа Исидоровича откомандировали в Главное инженерное управление отстаивать проект. Он пробыл в северной столице несколько месяцев. Многим не понравилось в его проекте отступление от общепринятых правил. Другие, в основном молодежь, увидели в нововведениях большой и несомненный успех. В целом проект был принят. Вскоре Кондратенко получил чин штабс-капитана.
Кондратенко возвратился в Батум, куда был назначен исполнителем работ в Чорохскую военно-инженерную дистанцию, и сразу из области творческого труда, требующего инициативы и широкого применения знаний, окунулся в струю будничных дел.
Это был небольшой, но очень неприятный отрезок времени в жизни Романа Исидоровича. И дело не в том, что ему приходилось заниматься канцелярщиной, копаться в накладных, определять участок работ и руководить их исполнением, сноситься с подрядчиками, десятниками. Черновой работы Кондратенко никогда не стеснялся, выполнял ее старательно и умело. Более того. Находил ив ней элементы творчества. Все было гораздо сложнее. Впервые он так близко, вплотную столкнулся с безобразиями, откровенным взяточничеством и воровством, которые разъедали военно-бюрократический аппарат. Подрядчики, все без исключения, воровали. Воровали в открытую, так как были уверены, что начальство, как военное, так и гражданское, покроет их. Уверенность покоилась на чистогане, который незаметно переходил в карманы военных и штатских сюртуков и воплощался в прекрасные дачи, возникающие на берегу моря, владельцами которых были ничем не примечательные поручики и капитаны. При скудном жалованье и существующей в Батуме дороговизне они едва ли могли и мечтать о таких покупках честным путем.
Сначала Роман Исидорович считал, что ему просто не везет с подрядчиками. Вскрыв махинации двух из них, он обратился с рапортом по команде. К удивлению, после этого имел разговор со старшим инженером, который намекнул ему, что не надо совать нос, куда не следует, а лучше самому подумать о материальном благополучии. Видя, как процветает казнокрадство, Кондратенко терял самообладание. Честный, непримиримый к лицемерию, он вскоре порвал отношения со многими сослуживцами и прослыл на дистанции сварливым и неуживчивым офицером.
Началась неприкрытая травля строптивого штабс-капитана. С тоской вспоминал Кондратенко кадетские споры, юношеские мечты. Даже недавняя работа над проектом крепости казалась бесконечно чужой. С некоторого времени он стал замечать холодность и со стороны начальника дистанции, которого уважал и который, как ему казалось, оставался едва ли не единственным человеком в этом гнуснейшем муравейнике. Причина этой холодности скоро выяснилась. Начальник сам погрел руки на одном из подрядов и теперь опасался выпадов со стороны молодого офицера.