Роман учился с большим удовольствием, как всегда, основательно и серьезно. Скоро он числился среди первых слушателей. Хорошие взаимоотношения сложились у него и с товарищами. На курсе преобладали немолодые офицеры, поступавшие в академию не по одному разу. Для них это было не только стремление узнать новое, во и воплощение многих честолюбивых надежд в будущем. Давно окончившие юнкерские училища, обремененные семьями, учились они тяжело, но упорно. Кондратенко много помогал таким «старикам». Он был самым молодым на курсе, но едва ли не самым уважаемым.
Свободное время Роман, как и прежде, посвящал Эрмитажу и музеям. Посещал службы в Исаакиевском соборе. С удовольствием слушал церковные хоры. В Петербурге хоры в соборах отличались высокими художественными достоинствами и классической музыкальной культурой. Кондратенко знал все тонкости хорового многоголосия и любил его.
Экзамены за первый год он сдал легко, на одном дыхании, с энергией принялся за годовую работу в поле. В тех же Усть-Ижорских лагерях слушателям выделялся участок местности, который они рекогносцировали в инженерном отношении, снимали план и готовили схематический рубеж обороны… Готовые работы предъявлялись к началу следующего учебного года. Быстро и точно обрабатывал участки местности Кондратенко. Уже здесь выполнил основную часть работы в черновике. Большие чертежные и рисовальные работы оп. рассчитывал выполнить в отпуске с помощью Елисея Исидоровича.
С легкой душой он поехал в Тифлис. Брат оказал Роману значительную помощь в работе.
По возвращении в Петербург все сделанное он представил к защите. Откровенно говоря, Роман ожидал более высоких результатов, но некоторые оппоненты выступили против слишком вольной трактовки Кондратенко степени сложности укрепления передовых позиций. Роман хорошо привязал задание к местности и максимально использовал естественные препятствия, в инженерном отношении их оборудование свел к минимальной затрате сил и средств. Об экономии средств и упрощении труда солдата говорили тогда мало. Тем не менее проект понравился и, по мнению всех, заслужил высокой оценки.
На старшем курсе требовалось еще больше творчества и самостоятельности в работе. Кондратенко предстояло защитить три задания. Два — военные укрепления, организация минной и контрминной войны. Последнее — проектирование железнодорожного моста. Привыкший глубоко рассматривать каждый вопрос, Роман находил для себя в проектировании много непонятного. Нужны были дополнительные знания, и он кропотливо изучал марки бетона, свойства металлов, познакомился с основами электричества. Любознательность его была поразительна. Работы отличались глубиной проработки материала, точностью формулировок. Преподавателей часто поражало несоответствие внешнего облика и внутреннего мира этого молодого поручика. Невзрачный, с робкой улыбкой и тихим голосом, он буквально преображался на экзаменах и при защите контрольных работ.
Вне академии Роман продолжал вести более чем скромный образ жизни. Жил на той же квартире, по-прежнему посещал церковь, музеи, изредка театр. Книги занимали очень важное место в его жизни. Он начал собирать небольшую библиотеку, в которую, помимо книг по специальности, входили и произведения русских классиков. Прежде всего купил недорогие издания Пушкина и Лермонтова. Затем появились Гоголь, Толстой, Аксаков, Лесков. Толстого он вообще выделил, как военного писателя, и даже поставил на одну полку с военными рассказами, вышедшими под общей редакцией князя Мещерского. Особенно поражали его воображение «Севастопольские рассказы». Такое сочетание лаконизма и полноты охвата событий в книгах о войне он встречал впервые. «Войну и мир» перечитывал несколько раз. Эта книга тянула к себе.
1 марта 1881 года был убит царь Александр II. Когда приведшего приговор «Народной воли» в исполнение Рысакова схватила подоспевшая охрана, а венценосец, широко открыв глаза и зажав руками разорванный живот, делал последние в жизни шаги, слушатели старшего курса Николаевской академии готовились отчитаться за последнюю курсовую работу перед предстоящими государственными экзаменами. Чрезвычайное событие на несколько дней приостановило обычную жизнь.