Исходя из неверной оценки обстановки, генерал армии Тюленев в своем донесении в Ставку Главного командования от 5 июля отмечал, что «армии Южного фронта имеют возможность выполнять поставленные перед ними задачи методом подвижной обороны, опираясь на УРы на р. Днестр»[195]. С учетом этого Тюленев решил отвести войска фронта на линию укрепрайонов, а «основную группировку (в частности, и фронтовые резервы) иметь ближе к правому флангу фронта». Войскам 18-й армии предстояло оборонять подготовленный рубеж Смотрич, Гуков, Каменец-Подольский, Могилев-Подольск-Ямпольский укрепрайоны и промежуток между Могилев-Подольск-Ямпольским и Летичевским укрепрайонами. На 9-ю армию намечалось возложить оборону Рыбницкого и Тираспольского укрепрайонов. Для обороны Одессы и подступов к ней планировалось создать Одесскую группу войск в составе трех стрелковых дивизий (51, 25 и 116-я), гарнизона Тираспольского укрепрайона и всех частей, находящихся на побережье Черного моря.
Не дожидаясь, пока Ставка Главного командования утвердит его решение, генерал армии Тюленев 6 июля приказал войскам начать отход. Однако Ставка Главного командования признала такое решение не отвечающим обстановке и отменила его. 7 июля командующему Южным фронтом было приказано силами 2-го механизированного корпуса при поддержке всей авиации фронта нанести контрудар с целью отбросить противника за р. Прут. Контрудар был нанесен утром 8 июля силами трех корпусов (48-й стрелковый, 2-й механизированный, 2-й кавалерийский) в стык румынской 4-й и немецкой 11-й армий. В течение трех дней шли упорные бои, в результате которых наступление противника на Кишиневском направлении было задержано. Это позволило 18-й армии отойти и занять Могилев-Подольский укрепленный район, а 9-я армия сумела закрепиться в 40–50 км западнее Днестра. Оставшиеся в нижнем течении рек Прута и Дуная ее левофланговые соединения 6 июля были объединены в Приморскую группу войск под командованием генерал-лейтенанта Н.Е. Чибисова. Совместно с Дунайской военной флотилией они отразили все попытки румынских войск перейти границу Советского Союза. Потери войск Южного фронта к 10 июля составили: безвозвратные – 8519, санитарные – 9374 человека[196].
10 июля 1941 г. по решению Государственного Комитета Обороны Ставка Главного командования была преобразована в Ставку Верховного командования. Одновременно было образовано Главное командование Юго-Западного направления во главе с Маршалом Советского Союза С.М. Буденным. Ему были подчинены Юго-Западный и Южный фронты.
К середине июля обстановка на южном участке советско-германского фронта резко обострилась. Поворот 1-й танковой группы генерал-полковника Э. фон Клейста из района Бердичев, Казатин на юго-восток в направлении Белая Церковь, Умань, Вознесенск при одновременном наступлении 17-й армии (после захвата Проскурова) на Винницу, Умань создал угрозу выхода крупных сил противника в тыл 6-й и 12-й армий Юго-Западного фронта, а затем и 18-й армии Южного фронта.
События развивались стремительно. Войска немецкой 17-й армии, наносившие удар из района Проскурова на Винницу, 17 июля прорвались через Летичевский укрепрайон на стыке 18-й и 12-й армий. В этот же день 11-й и 30-й армейские корпуса 11-й армии возобновили форсирование Днестра на участке 130-й стрелковой дивизии 55-го стрелкового корпуса, от Могилева-Подольского до Ямполя.
17 июля Ставка Верховного командования принимает решение в целях сокращения Южного фронта и создания более выгодной группировки войск этого и Юго-Западного фронтов отвести левое крыло Южного фронта (25-я и 51-я стрелковые дивизии 14-го стрелкового корпуса, 150-я стрелковая дивизия 48-го стрелкового корпуса, 95-я стрелковая дивизия 35-го стрелкового корпуса, 2-й кавалерийский корпус) за р. Днестр и прочно занять для обороны днестровские укрепрайоны, в том числе Рыбницкий и Тираспольский. За счет сокращения фронта требовалось создать в районе Умани сильный фронтовой резерв в составе 18-го и 2-го механизированных корпусов и двух стрелковых дивизий[197]. Следовательно, Ставка теперь частично согласилась с предложением генерала армии Тюленева.
Генерал армии Тюленев, пытаясь предотвратить угрозу выхода 1-й танковой группы врага в тыл войскам Южного фронта, с разрешения Ставки Верховного командования 18 июля приказал войскам 18-й армии к 21 июля отойти на рубеж Гайсин, Ладыжин, Вапнярка, Косница, а 48-му стрелковому корпусу 9-й армии – за Днестр, где занять оборону в Рыбницком укрепрайоне по рубежу Каменка, Цыбулевка. В тот же день соединения 30-го армейского корпуса заняли плацдарм в районе Ямполя.