Генерал армии И.В. Тюленев, предвидя попытку противника выйти в тыл войскам Южного фронта с северо-запада, приказал командующему 18-й армией для прикрытия правого крыла фронта занять оборону 189-й стрелковой дивизией на рубеже Смотрич, Гуков (30 км северо-западнее Каменец-Подольского). 16-й механизированный корпус (без 39-й танковой дивизии) предписывалось выдвинуть в район Дунаевцев (30 км северо-восточнее Каменец-Подольского), 4-ю противотанковую артиллерийскую бригаду – в район Валина (20 км севернее Каменец-Подольского), а силами 55-го стрелкового корпуса занять оборону за Днестром от Каменец-Подольского до Ямполя. В соответствии с этим приказом командующий 18-й армией начал перегруппировку своих войск.
Противник, стремясь расширить имевшиеся и захватить новые плацдармы на р. Прут, утром 2 июля силами немецкой 11-й и румынской 3-й армий при поддержке артиллерии и авиации продолжил наступление. Одновременно, воспользовавшись отходом 13-го стрелкового корпуса 12-й армии, в наступление перешли и части венгерского 8-го корпуса. На Бельцевском направлении войска 11-й армии потеснили части 48-го стрелкового корпуса 9-й армии, продвинувшись к исходу дня на 8-10 км. В результате войска 11-й армии начали обходить 18-ю армию с левого, а венгерский 8-й корпус – с правого фланга. Части 17-го стрелкового корпуса продолжали оборонять государственную границу, контратакуя прорвавшиеся группы войск румынской 3-й армии и венгерского 8-го корпуса. К исходу 2 июля в связи с отходом 13-го стрелкового корпуса 12-й армии на промежуточный рубеж Коломыя, Берегомет правофланговая 96-я горнострелковая дивизия 17-го стрелкового корпуса по приказу генерал-лейтенанта Смирнова была отведена на северный берег р. Сирет, где заняла оборону на участке от Берегомета до Глыбокой. Остальные дивизии корпуса сражались на прежних позициях.
Командующий Южным фронтом, руководствуясь директивой Ставки от 30 июня, решил 3 июля отвести правофланговые соединения 18-й армии на рубеж рек Збруч и Днестр, на одну линию с 12-й армией. Войскам 9-й армии была поставлена задача уничтожить прорвавшиеся на Бельцы части противника и продолжать оборону границы по рекам Прут и Дунай. Одновременно 18-й и 9-й армиям предписывалось наносить удары силами 45-й и 20-й смешанных авиационных дивизий по переправам врага на р. Прут и его войскам в районе Штефэнешти. Для восстановления положения на правом крыле фронта генерал армии Тюленев решил перебросить сюда часть своих резервов (18-й механизированный корпус и 189-я стрелковая дивизия). На рубеж укрепрайонов из-под Черновиц отводился 16-й механизированный корпус[194], а на угрожаемое направление командующий 9-й армией выдвинул 2-й механизированный корпус.
Выполняя решение командующего фронтом, генерал-лейтенант Смирнов приказал 17-му стрелковому корпусу с подчиненными ему 189-й стрелковой дивизией и Каменец-Подольским укрепрайоном организовать оборону на рубеже Смотрич, Гуков, Хотин, Липканы и по р. Прут до Лопатника. Общая протяженность участка обороны корпуса составляла более 120 км.
Войска 18-й армии, взорвав мосты через Прут, под ударами вражеской авиации начали отход. Части 96-й горнострелковой дивизии переправлялись через Днестр в районе Мельницы-Подольской (30 км северо-западнее Хотина), а 60-й горнострелковой дивизии – в районе Хотина. Чтобы ускорить переправу через реки Днестр и Збруч, дополнительно были наведены понтонные мосты. Попытки частей румынского горнострелкового корпуса при поддержке авиации захватить переправы в районах Мельницы-Подольской и Хотина были сорваны арьергардными полками. 96-я горнострелковая дивизия заняла оборону по р. Збруч, прикрывая Каменец-Подольский с запада, а 60-я горнострелковая дивизия – южнее этого города. Отход войск 18-й армии обеспечивала 9-я армия, которая наносила контрудары по противнику, наступавшему на Бельцы и далее на Сороки.
Командующий Южным фронтом, основываясь на ошибочных данных разведки, пришел к выводу, что противник имеет до 40 пехотных, до 3 танковых и до 10 моторизованных дивизий. При этом его основная группировка (Ботошани-Ясская) насчитывала до тридцати пехотных, одной танковой и одной моторизованной дивизий. В действительности дивизий было в два раза меньше, а танковые и моторизованные соединения и вовсе отсутствовали. По мнению командующего Южным фронтом, основными направлениями наступления противника являлись Броды-Тарнопольское, Черновицы-Тарнопольское, Ровно-Бердичевское и Бельцы-Винницкое с целью «двойным концентрическим ударом окружить основную группировку Юго-Западного фронта и правого крыла Южного фронта».