Для борьбы против тушинцев в городах формировались военные отряды, состоявшие из служилых людей, к которым присоединялись посадские и даже крестьяне. Движение носило широкий общеземский характер. Это было ополчение, стихийно возникавшее в разных местностях, стремившееся к объединению и совместной координации. При слабости центральной власти уже в ноябре – декабре 1608 года началась горизонтальная организация «мира», то есть местных сообществ, направленная на преодоление «смуты» и освобождение от захватчиков. Эти сообщества являлись без преувеличения ячейками
Активизировалась борьба против тушинцев и в Поволжье. В декабре 1608 года Ф. И. Шереметев, стоявший к тому времени в Казани, направил в Нижний Новгород отряд из дворян, стрельцов, казаков, служилых татар и башкир под командованием голов А. А. Микулина и Б. А. Износкова. Получив подкрепление, местный воевода Андрей Семенович Алябьев разбил «воров» в нескольких сражениях, освободил Балахну и Павлов Посад. Сам Шереметев разгромил тушинцев под Чебоксарами, но завяз, подавляя мятежи татар и черемис в Казанском крае.
В центре Московского государства продолжалось противостояние под Троице-Сергиевым монастырем и вокруг Москвы. Осенью 1608 года Тушинский лагерь лишился значительного количества военных отрядов, отправившихся осаждать Троице-Сергиев монастырь и устанавливать власть Лжедмитрия II в Замосковье и на севере. Однако армия царя Василия Шуйского также уменьшалась из‐за дезертирства и измены. Тем не менее силы к сопротивлению еще были. Накануне Филиппова заговенья (Филиппов, или Рождественский, пост начинается 15 ноября) «московские люди многих литовских людей побили и до таборы догнали».
Царь Василий рассылал по городам грамоты, рассказывая о великих успехах своих воинов, которые якобы «все единомышленно ходят за святыя Божии церкви и за православную крестьянскую веру с воры биться до смерти». Но реальность была иной. Шляхтич Рожнятовский, служивший Мнишекам, писал в дневнике о переходе на сторону Лжедмитрия II московских «бояр» по нескольку десятков, «почти каждый день». Скорее всего, бегство из полков заставило командование армии царя в начале декабря уйти из полевых лагерей на Пресне и Ходынке и сесть в осаде в московском Земляном городе. Московские войска перешли к глухой обороне.
Ситуация усугублялась тем, что тушинцы контролировали большинство дорог, которые вели в столицу, а население Подмосковья поддерживало Лжедмитрия II. В Московском крае взаимоотношения между правительственными эмиссарами Шуйского, приверженцами Лжедмитрия II и местным населением сложились иначе, чем в Замосковье и на севере. Еще в сентябре 1608 года крестьяне массово целовали крест самозванцу, стремясь сохранить жизни и имущество. Правительственные силы не могли переубедить их соблюдать верность царю и отомстили грабежами. Об этом свидетельствует челобитная жителей дворцовой волости Загорье Лжедмитрию II:
Вели, государь, нас от московских загонщиков обороняти, а мы, государь, от московских загонщиков вконец погибли: выграбили, государь, хлеб, и живот, и платье, и, государь, жгут и пытают денег!
К решению этой проблемы администрация Лжедмитрия II подошла ответственно: в Подмосковье был установлен умеренный режим «приставства», здесь внимательно относились к нуждам местного населения и защищали его. Подмосковные земцы из благодарности тушинцам сообщали им новости о продвижении войск Василия Шуйского и даже создавали отряды ополчения, воевавшие на стороне Лжедмитрия II. Предводителем такого отряда, по мнению известного историка И. О. Тюменцева, был «хатунский мужик» Салков. С его помощью тушинский ротмистр А. Млоцкий сумел в начале 1609 года на некоторое время перекрыть Коломенскую дорогу, по которой в Москву поступало продовольствие из Переяславля-Рязанского. В Коломну был отправлен за припасами князь В. Ф. Литвинов-Мосальский, но его разбили Млоцкий и Салков, взяли в плен многих воинов, захватили запасы, а что не смогли перевезти, сожгли. «Новый летописец» подводит печальный итог этой попытки прорыва блокады: «В Москве же опять было сомнение великое и дороговизна хлебная».