Немецкие самолеты действовали не только против Югославии, но также и на итальянско-греческом фронте. Ju 88А из III./ KG 30 вместе с Не 111Н из 2./KG 4 совершили налет на порт Пирей. Юнкерсы прошлись на бреющем полете, а Хейнкели поставили мины на рейде порта. В 20:35 порт атаковали самолеты из 7./KG 30, которыми командовал капитан Хайо Херрманн (Herrmann). Ju 88А забросали бомбами суда, стоявшие в порту. Три бомбы угодили в судно «Клан Фразер» («Clan Fraser»), груженное 250 тоннами тротила. Взрыв уничтожил практически весь порт и вызвал детонацию боеприпасов на судне «Сити-оф-Рубе» («City of Roubaix»), предназначенные для Турции. Всего на дно пошло 11 судов, несколько было повреждено. Повреждения получили и несколько английских военных кораблей: легкие крейсера «Перт» («Perth»), «Аякс» («Ajax»), и крейсер ПВО «Калькутта» («Calkutta»). Порт был полностью разрушен и начал принимать ограниченное число судов лишь десять дней спустя. Самолет капитана Херрманна был поврежден огнем зенитной артиллерии и совершил вынужденную посадку на итальянской базе на острове Родос. Ночью 10 апреля 1941 года Bristol «Bienheim» Mk.IF из 30 дивизиона RAF сбил над Афинами Ju 88А. В тот же день английский ас-истребитель майор М.Т.Дж.Паггл (Pattle) (46 воздушных побед) сбил два Ju 88А: 4D+JR из 7./KG 30 и 4D+FS из 8./KG 30. 15 апреля Юнкерсы из I./LG 1 и KG 51 атаковали Афины. Самолет лейтенанта Заттера (Satter) (L1+JK) отправил на дно ремонтировавшееся в Пирее торговое судно «Клан Камминг» («Clan Cumming») водоизмещением 18000 тонн. На следующий день Ju 88 совершили налет на порт Халкис. 19 апреля майор Паттл, о котором мы уже упоминали, сбил самолет командира I./KG 51 капитана Хейнца Хана (Hahn). В тот же день добычей немцев стало судно «Пеннланд» («Pennland»). В следующие дни фашистские бомбардировщики охотились за эвакуационными конвоями, шедшими из Греции и с Крита. 29 апреля одиночный Ju 88 сбил над заливом Суда английский Fairey «Seagull» с крейсера «Перт». В апреле 1941 года Люфтваффе потеряло в Югославии и в Греции 32 самолета Ju 88А и D. 2 мая в полдень 24 Ju 88 атаковали Суду. Английские истребители «Hurrikane» сбили два немецких бомбовоза из 1./KG 51 (9K+GH и 9K+LH). 11 мая две группы немецких бомбардировщиков совершили налет на английские суда, вышедшие из Александрии. Кроме того, фашисты атаковали большой конвой («Tiger Convoy»), везущий снаряжение для союзнических войск в Северной Африке. Ju 88 участвовали в операции по захвату Крита (операция «Меркурий»). Поддержку с воздуха осуществляли I./LG 1 и II./LG 1, базировавшиеся на аэродроме Злеусис. 21 мая Юнкерсы несильно повредили легкий крейсер «Аякс». Во время налета фашисты применили бомбы PC 1400 массой 1400 кг. Другой английский легкий крейсер «Фиджи» («Fiji») немецким летчикам удалось потопить при помощи бомб SC 1000 массой 1000 кг. 29 мая морские истребители Fairey «Fulmar» Mk.I. базировавшиеся на авианосце «Формидебл» («Formidable») сбили два Ju 88 из LG I. Экипаж одного из этих двух самолетов выловил английский эскадренный миноносец «Хирворд» («Hereward»). Прикрывая отступающие с Крита английские войска, истребители «Bienheim» Mk.IVF из 45-го дивизиона RAF сбили Ju 88А (LI+BT) из II./LG I. Над Критом немцы потеряли 23 Юнкерса Ju 88А.