В ноябре 1940 года Гитлер приказал перебросить на Средиземноморье несколько авиационных частей, которые предназначались для поддержки итальянцев, атак на Мальту и английский флот, а также для действий в Северной Африке. Из Норвегии на Сицилию перебросили X авиационный корпус под командованием генерал-лейтенанта Х.Ф.Гислера (Giesler). В состав корпуса входили две эскадрильи дальней разведки l.(F)/121 и 2.(F)/123, оснащенные самолетами Ju 88D. а также II./LG I и III./LG I. Первой крупномасштабной акцией на Средиземноморье была «Illustrious Blitz» – налет на поврежденный авианосец «Илластреис», находящийся на Мальте. 16 января 17 Ju 88А и 44 Ju 87 R «Stuka» под прикрытием немецких и итальянских истребителей атаковали портовые постройки и береговую артиллерию. Один Ju 88 (L1+CT) из LG 1 пилотированный оберлейтенантом Карлом Пихлером (Pichler) был сбит, три бомбардировщика получили тяжелые повреждения и разбились при заходе на посадку на аэродроме Катания. Еще два Ju 88А были разбиты уже на земле после того, как на них рухнул итальянский бомбардировщик. 18 и 19 января Ju 88А из LG 1 вновь бомбардировали Мальту. Англичанам удалось сбить самолет L1+ES командира 8./LG 1 капитана В.Дурдека (Durdeck), еще один поврежденный Ju 88А совершил вынужденную посадку в Подзалло. Неудачей закончился разведывательный полет шести Ju 88А из 8./ LG 1, совершенный вечером 23 января 1941 года. У самолетов закончилось топливо над морем и экипажи были вынуждены покинуть машины. Спастись удалось только пилоту L1+CS старшему сержанту Херберту Изахену (Isachen). На следующий день 4./ LG 1 потерял еще один Ju 88А, сбитый английским истребителем Gloster «Sea Gladiator» из 806-го дивизиона FAA (Fleet Air Arm – военно-морской флот Великобритании). Двумя днями позже несколько «Hurrikane» сбили разведчик Ju 88D из I .(F)/ 121.3 февраля Юнкерсы атаковали мальтийские аэродромы Халь-Фар, Лука и Калафрана. Всего над Мальтой Люфтваффе потеряло 12 Юнкерсов А и D.
Первым самолетом, который немцы потеряли в Северной Африке, был Ju 88D из 2.(F)/123, сбитый 3 февраля 1941 года над Триполи «Hurrikane’oM» Mk.IA из 73-го дивизиона RAF. Целями бомбардировщиков из LG 1 были Бенгази, Триполи и Тобрук. 15 февраля 1941 года английские зенитчики сбили над Мальтой очередной Ju 88А из 7./ LG 1. Во время контрнаступления немецко- итальянских войск Юнкерсы бомбили скопления войск союзников. Другой целью немецких бомбовозов были английские морские конвои, направляющиеся на Мальту и в Алекстандрию.
В налетах на Мальту участвовали еще две части морской авиации, Kuestenfliegergruppe KueFlGr 806 и 506, оснащенные самолетами Ju 88А.
Бомбардировщики и разведчики Ju 88 использовались во время балканской кампании против Югославии и Греции. К началу боевых действий на юге Европы Ju 88 состояли на вооружении следующих частей: Luftflotte 4 – Stab. I./KG 51 и II./KG. базирующиеся в Винер-Нойщтадте (Австрия): III. KG5I в Вене-Швехат; 4.(F)/121 в Сайринге (Австрия); I./LG I в Крумово (Болгария). Кроме того, в балканской кампании, по-видимому участвовали II./LG 1 и III./LG 1.
Утром 6 апреля 1941 года Ju 88 и Ju 87 атаковали аэродромы Велес, Скопье и Стип. Бомбардировщики из KG 51 участвовали в налетах на Белград. Три Ju 88 были повреждены югославскими истребителями. На следующий день Ju 88 из KG 51 продолжили налеты на Белград, на этот раз потери были высоки. Три бомбардировщика (9L-GL. 9L+MK и 9К+КН) из I./KG 51 были сбиты югославскими истребителями, а два самолета, получивших повреждения, разбились, совершая вынужденную посадку на аэродромы Арад и Речита в Румынии. 12 апреля «Hurrikane» из 4-го югославского авиационного полка сбил в районе Баня-Луки Ju 88А из II./KG 51 (9K+LP, пилот оберлейтенант X.Вестей (Westen)). Над аэродромом Мостар югославский «Hurrikane» атаковал самолет сержанта Гюгельса (Guegels) из II./KG 51, однако немецкий стрелок оказался искуснее. 13 апреля Юнкерсы Ju 88 из KG 51 бомбардировали курорт Илиджа – место дислокации эвакуационного правительства Королевства Сербов, Хорватов и Словенцев (так в то время официально называлась Югославия).