Весной 1941 года главной целью бомбардировочных частей на Западном фронте было проведение ночных налетов на цели, расположенные на территории Великобритании, а также налетов на морские цели – конвои в Атлантике и Ла-Манше. Два Юнкерса Ju 88А-8 были сбиты 9 и 24 июня 1941 года около Бродфилд Даун в графстве Кент. Оба сбитых самолета были оснащены устройствами для перерезки тросов аэростатов.
Самолеты Ju 88 из LG 1, использованные в Африке бомбардировали Мерса-Матрух, Александрию и Тобрук. Разведчики Ju 88D, вылетавшие с Крита, совершали разведывательные полеты над Бейрутом, Хайфой и Александрией.
Кроме службы в боевых частях Ju 88 использовали и для подготовки летчиков в летных школах (в Падерборне, Праге-Кбелы, Барте и т.д.). З./KueFlGr 126 (3-я эскадрилья 126-го дивизиона морской авиации) использовала торпедоносную модификацию Ju 88 – Ju 88А-4Тогр. Подготовка пилотов торпедоносцев шла в KG 102 в Гроссето (Италия). Весной 1942 года торпедоносцами были оснащены еще несколько частей: 1II./KG 26 и I11./KG 30, а также KG 77 – эта часть получила Ju 88А-17. Во время налета на конвой PQ 16 (25 мая – 1 июня 1942 года) KG 30 потерял шесть машин, сбитых огнем зенитной артиллерии и истребителем Hawker «Hurrikane», базировавшимся на так называемом САМ – пароходе «Эмпайр Лоренс» («Empire Lawrance»). Немцы выместили потери на следующем конвое – PQ 17. Действуя вместе с Не 111С из I./KueFIGr 906, Юнкерсы отправили на дно 9 транспортов и 2 военных корабля. Всего же злополучный PQ 17 потерял 23 корабля.
Во время летней кампании 1942 года Ju 88 использовали на Украине, в Крыму и под Сталинградом. По ночам, Юнкерсы совершали налеты на города, в том числе на Ленинград.
Юнкерсы Ju 88 состояли на вооружение не только Люфтваффе. Regia Aeronautica заказала в середине 1940 года 200 самолетов Ju 88, которые должны были поступить на вооружение итальянских бомбардировочных частей, поскольку у Италии не было своего современного бомбардировщика. Немцы не спешили с поставками – только в 1943 году прошли испытания двух машин: Ju 88А-4 и Ju 88А-7. Первыми немецкие самолеты получили 9,10,30 и 35 Stromo В,Т. (полки сухопутной бомбардировочной авиации). Подготовка итальянских пилотов проводили в LG I (Элеусис, Греция) и KG 30 (Родос, Греция). Пилоты 9 Stromo В.Т. проходили обучение на аэродроме Монпелье, где базировался учебный VI./KG 77. Пилоты из 10 Stromo В.Т. стажировались в VI./ KG 30 (аэродром Аальборг, Дания) и в Винер Нойштадте. 10 апреля 1943 года итальянцы получили четыре Ju 88А-7 (W.Nr. 55078. 55079. 55082 и 55086). а также двенадцать новеньких Ju 88А-4 (W.Nr. 1211, 1212, 1213, 1214. 1215. 1216. 1217. 1218. 1219. 1223. 1246 и 1247). К моменту капитуляции Италии ни одна из переоснащенных частей не успела достичь боеготовности. Всего итальянские ВВС получили шесть Ju 88А-7 и двадцать пять Ju 88А-4 (из этих самолетов 25 бывших в употреблении).
Другой страной, имевшей Ju 88 была Румыния. В 1943 году румынские ВВС получили несколько Ju 88D-I, которые использовались в разведывательных частях. Летом того же года Ju 88А-4 попали в 75-й, 76-й и 77-й дивизионы бомбардировщиков 1-го летного корпуса (I Corpul Aerian). После того, как Румыния перешла на сторону Советского Союза (23 августа 1944 года), Ju 88 были использованы против немцев на территории Семиградья (Клюй), в Венгрии и Словакии. В Румынии самолеты Ju 88 использовали в учебных целях до 1949 года. В начале пятидесятых годов последние машины этого типа были сняты с вооружения.