При проведении анализа (диагностики) системы управления возникает ряд сложностей. Эти сложности могут быть связаны с отсутствием достоверных и сопоставимых данных за предшествующие временные интервалы функционирования системы управления. Анализ функционирования системы управления желательно проводить в режиме мониторинга, т. к. точечная диагностика может исказить результаты. Часто результаты точечной диагностики не являются представительной выборкой. Кроме того, данные, используемые в процессе анализа системы управления, могут быть несопоставимы вследствие различных факторов. Поэтому в процессе анализа предприятия как системы управления для приведения разновременных результатов и затрат к сопоставимому виду используются операции дисконтирования и компаундирования. Сравнивая в процессе анализа системы управления различные показатели, необходимо быть уверенным, что природа показателей одна и та же и эти показатели сопоставимы по разным параметрам (сроку службы, надежности, качеству производимых результатов и т. д.).
Модель, характеризующая процесс функционирования системы, учитывает совокупность внешних и внутренних факторов. Иногда при разработке модели отсутствует баланс в учете факторов. Например, при разработке математической модели упор делается преимущественно на учет внутренних, либо, наоборот, внешних факторов. Нестабильность (турбулентность) внешней среды существенным образом затрудняет построение математических (экономико-математических) моделей (например, корреляционных моделей), которые описывают процесс функционирования системы управления.
Часто сложности в проведении анализа системы управления связаны с отсутствием эффективных диагностических методик, которые учитывают специфику функционирования системы управления. Например, при исследовании таких сложных производственных и социально-экономических систем, как высокотехнологичные предприятия, отсутствуют методики анализа таких подсистем предприятия, как подсистема управления интеллектуальными активами и интеллектуальным капиталом, подсистема управления рисками и т. д. Для нашей страны, переходящей к экономике инновационного типа, создание таких методик, учитывающих особенности функционирования российских предприятий, особенно актуально.
Актуальной задачей является и подготовка специалистов, которые способны не только провести диагностику той или иной подсистемы управления высокотехнологичным предприятием, но и правильно интерпретировать результаты диагностики, учитывая результаты функционирования других подсистем предприятия.
На основе полученных результатов анализа с учетом действия факторов внешней среды осуществляется