С момента возникновения Кронштадта его особенностью стал многонациональный и многоконфессиональный характер населения. Еще по указу Петра 1 от 1712 года сюда для строительства «фортеции и жилья на острове Котлине» были направлены работные люди со всей России, а для службы в российском военном флоте приглашались иностранцы. Приходившие в Кронштадт торговые и пассажирские суда также обслуживались людьми самых различных национальностей и верований. Жизнь, служба и работа этих людей немыслимы были без духовенства и храмов различных религий. За время существования Кронштадта здесь было построено около восьмидесяти культовых сооружений: соборы, церкви, часовни, колокольни, молитвенные дома — как православные, так и иноверческие.
Первая православная деревянная церковь на Котлине была построена в 1706 году. Срубленная по приказу Петра I на Олонецкой верфи, она в разобранном виде была сплавлена по Неве и Финскому заливу к острову Котлин и собрана здесь в короткое время. Уже в июне состоялось ее торжественное освящение во имя Преображения Господня.
Вскоре появляются сразу несколько новых церквей. В их числе первая морская — Богоявленская в Морской слободе (на Горе). Ее возведение осуществлялось по указу Петра I, по проекту талантливого русского зодчего И. К. Коробова, российскими плотниками, столярами, резчиками и преимущественно на средства порта и пожертвования моряков. В 1731 году она была освящена. Церковь была деревянной, однопрестольной и в плане своем крестообразной. Ее высокая семиярусная колокольня видна была даже из Петербурга и служила своеобразным ориентиром для кораблей. Морская Богоявленская церковь была очень известным и любимым моряками храмом. Здесь отмечались важнейшие события и даты, связанные с историей и повседневной жизнью флота России, служили молебны о морских победах и панихиды по погибшим морякам. В храме хранились морские реликвии и судовые иконы. Более ста лет простояла эта церковь, пока из-за ветхости своей не была в 1841 году разобрана.
Для духовного обслуживания чинов сухопутного крепостного гарнизона с середины ХVIII века существовал единственный гарнизонный храм — деревянная церковь Владимирской иконы Божией Матери. В 1874 году во время большого пожара она сгорела. В 1875–1879 годах на ее месте по проекту архитектора X. И. Грейфана был построен новый храм, который вмещал до трех тысяч молящихся. В нем находилась очень почитаемая Владимирская икона Божией Матери. В 1902 году церковь переосвятили в собор.
Конечно, число флотских и армейских православных храмов в Кронштадте было значительным: действовали церкви при Морском и Сухопутном манежах, при флотских экипажах и пехотных полках, квартировавших в Кронштадте, при тюрьмах, госпитале, училищах, фортах и укреплениях, на кладбищах.
Первая городская церковь была построена в 1717 году. Средства на строительство выделил лично сподвижник Петра А. Д. Меншиков, а место для ее возведения было выбрано рядом с его дворцом. Освящена она была во имя святого апостола Андрея Первозванного, что не было случайностью — Андреевский флаг развевается на кораблях российского военно-морского флота и является его символом. 13 июля 1718 года в присутствии Петра I храм был торжественно освящен. Именно здесь произошло знаменательное событие в истории российского флота — впервые был совершен чин освящения Андреевского флага. Флаг этот был поднят над кораблем «Святитель Николай» и фрегатом «Орел». В 1720 году собор становится главным храмом на острове Котлин, окормлявшим и гражданское население, и моряков.
В 1742 году за ветхостью храм был разобран. Полвека спустя, в 1804 году, архитектор Ч. Камерон составляет проект нового каменного собора. Заложен он был 20 июня 1805 года в присутствии императора Александра I и его свиты. Освятил это событие митрополит Петербургский и Новгородский Амвросий (Подобедов). Храм строился под руководством главного архитектора морского ведомства А. Д. Захарова. В плане своем собор имел вид корабля, где колокольня высотой в 27 саженей должна была представлять собой мачту, что вполне соответствовало обстоятельствам дела — его строили в городе-порте для моряков, отечеством которых, выражаясь фигурально, был корабль. Освящение храма было совершено 26 августа 1817 года епископом Филаретом (Дроздовым), только что, в начале месяца, хиротонисанным и назначенным епископом Ревельским, викарием Санкт-Петербургской епархии.