До 1852 года собор оставался без всяких переделок. Но в последующем ему пришлось трижды быть перестроенным. В первый раз под началом архитектора Р. К. Кузьмина и при участии архитектора В. В. Виндельбандта собор был расширен. Необходимость этих работ оправдывалась «заботою о благолепии храма и душах прихожан». Но, скорее всего, дело в более прозаических вещах. Количество населения в Кронштадте заметно возросло, и необходимо было увеличить «пропускную способность» церкви за счет дополнительных приделов, где можно было бы служить литургии, совершать обряды. Строительство велось без остановки, невзирая на начавшуюся в 1853 году Восточную войну. В новых пристройках, которые попутно уничтожили и прежний захарьевский иконостас, устроены были приделы: в правом — во имя апостолов Петра и Павла, а в левом — во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Храм стал трехпрестольным и в своей основе — крестообразным. Освящение главного престола было совершено 19 марта 1855 года местным духовенством в присутствии великого князя генерал-адмирала Константина Николаевича.
Андреевский собор был главным храмом для гражданского населения Кронштадта. Здесь хранилось множество святынь, среди которых крест с частицей мощей святого апостола Андрея Первозванного, Андреевская лента, полученная Петром за взятие в 1703 году на абордаж шведских судов в Финском заливе, костяной образ святого Андрея Первозванного, сделанный самим Петром.
Одновременно в Кронштадте имелось немало инославных и иноверческих храмов. Одним из первых, еще в 1707 году, в исторических документах упоминается евангелическая лютеранская церковь во имя святой Елизаветы, которая находилась в доме адмирала К. И. Крюйса. Затем на Петербургской площади была построена деревянная церковь, сгоревшая в 1833 году. На ее месте, по проекту архитектора Э. Анерта, в 1834–1836 годах была выстроена каменная церковь[62]. Рядом с церковью Святой Елизаветы в 1868 году была построена новая лютеранская церковь Святителя Николая[63].
Первая католическая часовня была освящена во имя апостолов Петра и Павла в 1797 году. В 1837 году по высочайшему повелению императора Николая I начинается строительство каменного костела на углу Николаевского проспекта и Кронштадтской улицы. 6 августа 1850 года, после полного завершения работ, было совершено его торжественное освящение, хотя служба здесь велась уже с октября 1843 года. Здание — круглое в плане, вход украшал четырехколонный коринфский портик. На хорах был установлен одиннадцатирегистровый орган[64].
Одними из первых иностранных людей, занимающихся торговыми делами в Кронштадте, оказались англичане. Много их служило и на российском флоте. Уже в 1737 году в Кронштадте существовала англиканская церковь, которая действовала до начала XX века, занимая различные здания.
С 1903 года в Кронштадте существовала домовая старообрядческая молельня — церковь во имя Казанской иконы Божией Матери и устроена она была в квартире купчихи Коноваловой в доме 12 на Сайдашной (Велещинского) улице. Ее посещали чины морского и сухопутного ведомств, портовые мастеровые и рабочие[65].
Существовала в Кронштадте и мечеть, поскольку мусульмане служили в морском и сухопутном ведомствах, постоянно проживали в городе или приезжали на сезонные работы. Мечеть располагалась в одном из деревянных домов морского ведомства на углу улиц Петербургской и Чеботаревой (Комсомола)[66]. Был даже подготовлен проект строительства соборной мечети в Кронштадте, но он так и не был осуществлен.
В разное время вблизи Петербургских ворот, затем на Посадской и Флотской улицах была устроена небольшая домовая синагога.
Конечно же многонациональность Кронштадта привела к появлению не только храмов, но и кладбищ по национальной и вероисповедной принадлежности. На рубеже XIX–XX веков действовали семь кладбищ: два православных — городское и военное; два лютеранских, а также католическое, еврейское и магометанское. При них действовали церкви и часовни. Дошедший до нашего времени Кронштадтский некрополь имеет большое историко-культурное значение.
Нельзя умолчать и о том, что Кронштадт с момента своего зарождения стал местом ссылки «неблагонадежных» и «провинившихся» по службе матросов и солдат. По ощущению современников, это была какая-то сплошная убийственно однообразная казарма. Едва ли где людям приходилось столько страдать, как в Кронштадте. Здесь находился дисциплинарный батальон, в котором подвергались утонченной душевной и физической пытке матросы, зачисленные в «разряд штрафованных», то есть фактически поставленные вне закона. Царский дисциплинарный устав разрешал подвергать их даже телесному наказанию, в то время как телесные наказания были повсеместно отменены еще в 1864 году. В Кронштадте имелось не одно, а целых пять мест тюремного заключения, не считая многочисленных казарменных карцеров.