6 апреля 1851 года в числе пятнадцати учеников высшего отделения семинарии, в качестве поощрения за особые отличия в учебе, Иван Сергиев в церкви Михайло-Архангельского монастыря был посвящен епископом Варлаамом в стихарь[39]. Здесь же прозвучали первые учебные проповеди будущего священника, и здесь же он прислуживал архиерею на службах. До конца жизни он сохранил благодарное воспоминание об этом храме[40].
Особым почитанием жителей города пользовалась чудотворная икона Божией Матери, именуемая Грузинской. Ежегодно в октябре эту икону переносили из Красногорского монастыря, где она постоянно находилась, в Архангельск на монастырское подворье и затем крестным ходом обносили по всем городским церквям. Торжественно прибывала икона и в семинарию, где ей оказывалось должное поклонение.
Ежегодно из Петербургского духовного учебного округа в семинарию наезжало начальство, дабы выбрать наиболее подготовленных семинаристов для обучения в Санкт-Петербургской духовной академии. Также традиционно, по мере приближения выпуска семинаристов, поступали предложения о направлении лучших учеников в различные высшие учебные заведения России. Ивану Сергиеву делались предложения о направлении в Петербургскую медико-хирургическую академию, в Главный педагогический институт, но он отказывался. Наконец, в конце июня 1851 года в семинарию прибыл инспектор Петербургской духовной академии архимандрит Иоанн (Соколов) «для обозрения семинарии».
В начале июля среди учеников высшего отделения семинарии проходят внутренние испытания за вторую половину 1850/51 учебного года и подведение итогов за полный учебный год. Успехи и прилежание Ивана Сергиева за полный учебный курс по церковной истории и церковному праву, литургике и сельскому хозяйству оценены были как «весьма хорошие»; по медицине, чтению греческих и латинских отцов — как «очень хорошие»; по еврейскому языку — как «добропорядочные». Публичные испытания учеников семинарии в присутствии инспектора Иоанна проходили по программе двух последних учебных лет.
Вот и наступил день окончания Архангельской духовной семинарии — 10 июля 1851 года. В итоговой ведомости всего семинарского выпуска на первом месте значился Иван Сергиев. Ему было доверено от имени двадцати трех выпускников выступить на торжественном акте по окончании семинарского курса. Он благодарил своих воспитателей за труд, понесенный ради духовного образования юношества и поддержания в них стремления ко всему доброму и полезному. В словах Ивана Сергиева звучало чувство живейшей признательности: «Сколько сокровищ учености раскрыто было перед нами, чтобы каждый брал из них, что хотел, для обогащения своего ума. Как при наставлении вы старались доставить речи своей разнообразие и приятность, чтобы истины, нам сообщаемые, легче и удобнее были воспринимаемы умом и сердцем! Мы ощущали в сердце сладость ваших наставлений, старались запечатлеть их в памяти, чтобы потом, в свое время, употребить их с пользою для себя и для других. Но всего более вы заботились, как добрые отцы, о сохранении между нами доброй нравственности; для чего, с одной стороны, отнимаема была возможность для совершения пороков, могущих закрасться в душу извне; с другой — постоянно внушаема была необходимость чистоты жизни как самого верного и надежного средства быть счастливыми во всяком состоянии и возрасте». От имени теперь уже бывших воспитанников Иван Сергиев обещал, что все они сумеют воспользоваться полученным образованием, изберут для себя соответствующее церковно-общественное поприще и будут достойны своих учителей.
Участники торжества, именитые гости и родители были взволнованы и растроганы, а ректор семинарии на подлиннике поднесенной ему речи написал: «Очень хорошо». Иван же был награжден книгой «Руководство к церковному красноречию».
Иван Сергиев, несмотря на трудные для него годы учебы, сохранил о семинарии теплые воспоминания. С некоторыми из семинаристов своего выпуска он будет поддерживать отношения в последующие годы. Спустя годы, в феврале 1858-го, он, обращаясь к временам учебы, записал в своем дневнике следующие слова: «Не смею думать, чтобы я был лучше других моих товарищей по семинарии. Не оттого ли, что еще в молодости, при всех моих слабостях, был некоторый начаток веры, живой и искренней, в моем сердце, что при слабостях юности я глубоко вздыхал и болезновал о них; и еще более — не оттого ли, что Господь испытал меня некоторым терпением в самой ранней молодости и потом наградил сторицею это терпение?»
Для Ивана Сергиева окончание семинарии связывалось с завершением необходимого и достаточного для службы на приходе образования. Ни о чем другом он не помышлял. «Весь видимый мною горизонт мира ученого (провинциального), — писал он позднее в дневнике, — был пройден, и я не думал переступить за него». Но то, что когда-то казалось мечтой несбыточной, стало реальностью, и можно было «замахнуться» и на большие духовные высоты.