Ректор Макарий (Булгаков) был назначен на эту должность в декабре 1849 года. Ранее, с 1842 года, он преподавал здесь же — бакалавр в богословском классе, экстраординарный, ординарный профессор, читающий курс догматического богословия; профессорские обязанности сохранил он за собой и в последующем. В 1851 году состоялась его хиротония во епископа. Академические годы были весьма плодотворными для Макария: написаны три первых тома «Истории Русской церкви», подготовлены к публикации некоторые памятники древнерусской литературы, выпущен ряд статей. Все эти, а потом и последующие церковные труды, когда он занимал Московскую кафедру, обеспечили ему почетное и высокое место в русской науке.
В личности и деятельности Макария на профессорском и ректорском постах отразилась та самая линия «обратного хода», ярко проявившая себя в «протасовские времена». Как профессор догматики он во многом являлся ее проводником, создав классический курс догматического богословия, ставший обязательной настольной книгой для всей Церкви. В начале XX века среди русских богословов, пытавшихся преодолеть догматико-схоластическое наследие прошлого и вернуть православное богословие на путь развития, «нападать на Макария» и даже «ниспровергать» его догматические сочинения стало чем-то вроде правила хорошего тона.
Макарий запомнился учащимся академии не только своей богословской и исторической образованностью, но и строгостью. Так, например, выход за пределы Духовной школы был возможен лишь дважды в неделю по отпускным билетам. Понятно, что студенты все равно обходили самые строгие правила, но подчас это приводило к тяжким последствиям. В дневнике под датой 14 ноября 1906 года Иоанн вспоминает, как один из студентов, В. И. Метельников, напившись до бесчувствия, вынужден был в зимнее время оставаться на улице, так как ворота академии были закрыты. В результате — отморозил руки, да к тому же был изгнан из академии.
Инспектор академии Иоанн (Соколов) также отличался строгостью в отношении студентов и одновременно своей ученостью, являясь автором образцовых для того времени трудов по церковному праву. «Он был дивный человек, — вспоминал Иоанн, — и ему я обязан тем, что получил это великое назначение — священство»[45]. Очевидно, говоря так, Иоанн Сергиев имел в виду, что именно архимандрит Иоанн инспектировал Архангельскую семинарию и там заприметил его, и способствовал поступлению в академию.
Можно обнаружить характеристику Иоанна (Соколова) в воспоминаниях других его учеников по академии. Например, московский митрополит Леонтий (Лебединский) писал: «Каноническое право преподавал Иоанн Соколов… уроки его мы слушали с удовольствием. Очень даровитый, он имел смелый полет мыслей и здоровую голову. Из скучного, по-видимому, предмета он умел сделать весьма интересный по манере изложения. В преподавании он много отличался от Макария (Булгакова. —
Архимандрит Кирилл (Наумов) — профессор, будущий епископ Мелитопольский, труды которого по пастырскому богословию и ныне не потеряли актуальности. С ним студента Сергиева связывает интересный случай, о котором вспоминал он сам: «В один двунадесятый праздник было приказано мне за всенощной стоять и держать митру архимандриту Кириллу, экстраординарному профессору и помощнику инспектора Академии, а я [митру] не снял, и потом, когда товарищи заметили, зачем я это сделал, ответил: «сам снимет». Как мне сошла эта грубость, не знаю, но только архимандрит, видимо, обиделся на меня и по адресу моему на лекции в аудитории говорил очень сильные нотации, не упоминая меня. Он читал нравственное богословие и был родственник ректора»[47].
В годы обучения Ивана Сергиева произошли некоторые изменения в академическом учебном плане: с 1851 года студенты обязывались писать один раз в каждую треть года проповеди по основному богословию. В программе обучения появились новые предметы — русская церковная история (выделена из общецерковной истории), логика, психология.