Для высшей духовной школы николаевское время оказалось весьма сложным и противоречивым. «Ученость» оказалась ненужной государству. Ему требовались исправные пастыри-требоисправители, не парящие в высотах богословского умствования, а умеющие разъяснить, с опорой на Священное Писание, суть государственных начал, на которых зиждется империя. Охранительное настроение обернулось обращением к догматике, к переписыванию, более или менее удачному, различных руководств по догматике, что держало богословскую мысль в «схоластических схемах». В церковной науке даже имеется специальный термин для обозначения этого периода, введенный профессором протоиереем Г. В. Флоровским, — «время обратного хода». Если иметь в виду отдельных лиц тогдашнего государственно-церковного руководства, кто и определил ход времени, то это — адмирал А. С. Шишков, граф Н. А. Протасов, митрополиты Санкт-Петербургский Серафим (Глаголевский) и Киевский Филарет (Амфитеатров), епископ Винницкий Афанасий (Дроздов) и ряд других.
…В конце августа 1851 года почти все зачисленные на первый академический курс съехались в общежитие. Хотя в основном это были дети духовенства из провинциальных городов, городков и сел, но их интересы и предпочтения оказались весьма различными. Кто-то чуть ли не с порога отправился знакомиться со столицей и пропадал неделями, посещая музеи, театры, выставки, забираясь под самый купол Исаакиевского собора и оттуда обозревая Северную Пальмиру, и лишь «к отбою» возвращался в стены академии. Кто-то заводил знакомства с семейными домами, где можно было весело провести время. И те и другие в общении со сверстниками не скрывали, что пришли учиться не для священства, а чтобы получить места преподавателей, а еще лучше — чиновников. Им присуще было религиозное равнодушие, хотя и тщательно скрываемое от руководства академии.
Лишь немногие, а среди них и Иван Сергиев, всецело отдавались учебе. Думая о будущем пастырстве, исправно посещали лекции профессоров, участвовали в утренних и вечерних церковных службах в академическом храме. По вечерам, сидя под керосиновыми лампами с абажурами за столиками, что расставлялись вдоль стен аудиторий, каждый из них занимался любимым предметом: кто Святыми Отцами, кто вавилонскими раскопками, кто древними языками. За ними закрепилось общее название «богомолы», и насчитывалось их на весь курс из пятидесяти-шестидесяти человек всего каких-то пять-шесть.
Были среди питомцев академии и те, кого сами студенты презрительно величали «отступники, безбожники, ренегаты», но их насчитывалось еще менее. Были и «политики» — студенты, увлекавшиеся политическими событиями в стране, почитывавшие потихоньку запрещенную литературу и всё куда-то с таинственным видом исчезавшие по вечерам.
Студенты академии в бытовом отношении были обеспечены значительно лучше студентов других учебных заведений, вынужденных скитаться по частным квартирам и углам, питаться в городских столовых. У академиков всё было под рукой и к их услугам. Жилые комнаты большие, светлые, хороший стол, одежда в достаточном количестве, громадная библиотека для занятий, большой сад для прогулок. Все это обеспечивалось бюджетом, куда входили средства Синода, пожертвования епархий, монастырей и других учреждений, отдельных иерархов и частных лиц.
В год поступления в академию Ивана постигло горе — умер отец Илья Михайлович, тяжело переживавший смерть младшего Ивана, и мать осталась одна с братом и сестрами на руках, в крайней нужде и бедности. Помощи им ждать было неоткуда, если только не от старшего сына. Не видя иного выхода, Иван решил оставить учебу в академии, вернуться на родину и стать дьяконом или псаломщиком где-нибудь на приходе. Однако мать воспротивилась этому решению и не позволила сыну бросить учебу. Пошло навстречу и руководство академии: зная о стесненных обстоятельствах Сергиева и о том, что у него лучший на курсе каллиграфический почерк, ему предложили место писаря в академической канцелярии с жалованьем 9—10 рублей в месяц. Кроме того, письмоводителю полагалась отдельная рабочая комната. Таким образом, помимо жалованья, которое он стал отсылать матери, Сергиев получил возможность уединенного сосредоточенного досуга.
Как об учебе в семинарии, так и об учебе в академии Иоанн Кронштадтский вспоминал не часто, и каких-то полных и развернутых записей, касающихся его жизни этого периода, нет. В дневнике иногда можно обнаружить скупые строки: «Чту почтенную память вашу, мои бывшие начальники и наставники (владыка Макарий, инспектор архимандрит Иоанн (Соколов)[43], лектор богословия и профессор архимандрит Кирилл)»[44]. Трое названных были теми «звездочками», что ярко сияли на фоне общей убогости, серости и безынициативности академического образования времен обер-прокурора Протасова. Припомнить кого-то еще действительно было трудно. Разве можно указать на профессора И. А. Чистовича, автора двухтомного труда по истории Санкт-Петербургской академии.