Хотя в целом программа семинарских предметов утверждалась в столице, и изменения в ней не допускались, но все же в интересах нужд той или иной епархии иногда дозволялось введение некоторых дополнительных предметов. Для Архангельской семинарии таковым в 1840 году стало «учение о разных видах заблуждений раскольнических, замечаемых в Архангельской губернии». При императоре Николае I гонения на сторонников древлеправославия снова усилились. В 1836 году Николай I высочайше одобрил постановление «О мерах к ослаблению раскола в Олонецкой и Архангельской губерниях». В 1848 году в Архангельске был учрежден Секретный совещательный комитет по делам раскольников, в который вошли: генерал-губернатор, архиерей, управляющий палатой государственных имуществ и жандармский начальник. Была начата кампания по борьбе с архангельскими старообрядцами[34]. Всего в 1846 году в Архангельской губернии числилось 12 489 старообрядцев всех согласий, 25 скитов и шесть пустынь, в которых было 22 часовни и моленных и проживали 185 мужчин и 798 женщин.
В семинарии в те времена лекций не читали, а задавались и выслушивались школьные уроки. Не случайно и в воспоминаниях учеников ничего не оставалось светлого от многих лет, проведенных в семинариях. Как они писали, «…профессора представляли из себя посредственность. Занимались исключительно чтением уроков по составленным заранее запискам. Лишь несколько чудаков преподавали хорошо, но и те давали в сущности лишь объяснения к сказанному в учебниках или их конспектах». Кстати, даже такое поведение этих последних противоречило уставу семинарий и могло вызвать нарекания и наказания со стороны начальства. Конечно, качество преподавания оставляло желать лучшего. Не случайно в ревизионных текстах епископа Варлаама (Успенского) можно прочитать о «растянутых, сбивчивых, темных уроках», содержание которых воспитанниками трудно усваивалось и в памяти не удерживалось.
Оценка успеваемости учеников семинарии проводилась по трем направлениям: успехи, способности, прилежание. Велись специальные журналы, в которых ежемесячно делались записи об успехах учеников. Итоги успеваемости подводились по окончании семестра и заносились в специальные ведомости. В семинарии не существовало единой системы оценок, господствовали достаточно произвольные эпитеты: похвальные, очень хорошие, порядочные, посредственные… до пятнадцати вариантов у одного учителя. В 1849 году по предложению епископа Варлаама система оценок была несколько упорядочена и разбита по разрядам: первый — отлично хорошо, весьма хорошо, очень хорошо, хорошо; второй — довольно хорошо, очень достаточно, достаточно, добропорядочно; третий — недостаточно, слабо, худо, безуспешно.
Семинария имела библиотеку, насчитывавшую три тысячи книг на греческом, латинском, еврейском, славянском, русском, французском, немецком, английском и польском языках. Среди рукописей памятники XVI–XVII веков и книги на древних языках. Ежегодно для семинаристов выписывались журналы «Воскресное чтение», «Христианское чтение» и некоторые периодические издания: «Северная пчела», «Санкт-Петербургские ведомости». Изредка поступали новые книги, прежде всего издававшиеся в России.
Но от воспитанников по-прежнему требовались зубрежка и бессмысленное затверживание наизусть учебных текстов. Ученику не позволялось ни малейшего отступления от толкований учителя. От хорошего ученика не ждали ничего, кроме тупого повторения сказанного преподавателем. Учителей, которые пытались преподавать свой предмет в более свободной манере, вскоре начинали подозревать в недостаточном владении материалом или в вольнодумстве.
Бюджет на содержание учеников складывался из трех основных источников: государственные отчисления; так называемый епархиальный училищный фонд, включавший процентные отчисления от продажи свечей и кружечного сбора в каждом из приходов; наконец, плата за обучение, поступавшая от родителей учеников.