Судно казалось неповрежденным. Люди отправились дальше. И следующим странным фактом стало то, что произошло с кормовой надстройкой — местом капитана. Именно там всегда должен был находиться капитан. Все окна и двери были наглухо закрыты брезентом и заколочены так, чтобы не было ни просвета, ни прохода. Матросы с «Деи Грации» отодрали доски. Внутри не было ни человека, ни трупа.
Потом было решено спуститься вниз, в каюты корабля. В столовой на обеденном столе были расставлены тарелки и чашки, лежали ножи, ложки, вилки. Стол был полностью накрыт.
В кают-компании лежали книги, на полу были разбросаны детские игрушки — ведь капитан Бриггс в обход правил взял с собой жену и маленькую дочь, стояла швейная машинка с незаконченным шитьем. Из судового журнала следовало, что последняя запись была сделана накануне, утром 3 декабря, в районе Азорских островов.
Секстант и хронометр не были найдены. В часах закончился завод. Компас был сломан — возможно, при неудачной попытке его снять. В каюте капитана были найдены нетронутые пачки денег, достаточно большая сумма, и шкатулка с драгоценностями жены.
В капитанской каюте были разложены личные вещи. В каютах матросов также был полный порядок: койки заправлены, личные вещи аккуратно сложены. На столе в океанской раковине лежали курительные трубки матросов. В кладовой рядом с камбузом обнаружили большой запас продуктов: окорока, свинину, вяленое мясо, сушеную рыбу, овощи, муку, масло, несколько сортов сыра, печенье, сахар. Этой еды экипажу должно было хватить на полгода, не меньше. Также в кладовой стояли 10 дубовых бочек огромного размера, полные пресной питьевой воды. В каюте штурмана нашли книгу, раскрытую на середине, лежащую на койке — очевидно, штурман читал ее, и незаконченное письмо жене, начинавшееся так: «Моя дорогая, любимая жена! Пишу тебе….». Дальше письмо было прервано.
И на всем корабле, во всех помещениях, а моряки с «Деи Грации» обыскали корабль сверху донизу, не было ни одного человека. Никого! Вся команда «Марии Целесты» во главе с капитаном и его семьей полностью исчезла. Исчезла в неизвестном направлении. Корабль, никем не управляемый, был пуст, именно поэтому двигался с такими странными зигзагами и пируэтами.
Расположение найденных на судне вещей свидетельствовало о том, что судно не попадало в сильный шторм. В частности, на швейной машинке стояла масленка, которая при сильной качке обязательно бы свалилась. Об отсутствии шторма свидетельствовали и наблюдения других судов в районе в предполагаемое время катастрофы, и капитан «Деи Грации» знал об этом.
В жилых помещениях было сыро, но сырость объяснялась только повсеместно открытыми люками, в том числе световым в каюте капитана, что было сделано явно не по погоде.
В плавание «Мария Целеста» отправилась с одной спасательной шлюпкой. Вторая штатная шлюпка была сдана в ремонт. Но шлюпки на корабле не было. Скорее всего, она была спущена на воду, а не сорвана стихией. При этом, судя по состоянию перил, шлюпка была спущена с борта, который при господствующих в это время года ветрах и курсе на Геную являлся бы наветренным. Груз в 1701 баррель спирта выглядел целым. Однако после его доставки в Геную владелец сообщил об исчезновении 9 баррелей.
Все бумаги, за исключением судового журнала, исчезли. Согласно последней записи в судовом журнале, датированной 3 декабря, утром следующего дня бригантина должна была находиться в 6 милях к юго-западу от острова Санта-Мария, одного из группы Азорских островов.
Обнаружив исчезновение экипажа, моряки стали искать какие-то следы, говорящие о том, что люди могли быть убиты. Но таких следов не было. На судне не было обнаружено никаких следов крови, никаких признаков борьбы. Мебель не была перевернута, посуда не разбилась. Создавалось впечатление, что люди исчезли внезапно, прямо в том, в чем были одеты, не захватив с собой никаких личных вещей.
Дэвид Морхаус, пообещав долю в призе, высадил на покинутое судно своего штурмана Оливера Дево и несколько матросов с «Деи Грации», которые, на скорую руку починив судно, отбуксировали его в Гибралтар.
Британское адмиралтейство провело обстоятельное следствие с подробным обследованием судна, в том числе и ниже ватерлинии, водолазами, и тщательным опросом очевидцев. Именно материалы этого следствия и являются основным и самым надежным источником сведений. Это расследование сильно отсрочило получение Морзаусом призовых, так как груз не был доставлен вовремя, а судно было задержано в Гибралтаре.
Так весь мир узнал о загадке «Марии Целесты» — об одном из самых странных происшествий за всю историю мира, так и не разгаданных ни в прошлом, ни в современности. Над загадкой «Марии Целесты» бились многие поколения историков, детективов, ученых, но так и не нашли ответа на вопрос, что именно случилось на корабле.
Расследование же властей должно было не только выяснить обстоятельства катастрофы, происшедшей на судне, и определить, что именно случилось с «Марией Целестой»), но и ответить на вопрос о том, какая судьба постигла членов экипажа.