Читать такое у одного из основателей структурной фонологии тяжело. Но надо отдать Яковлеву и должное. Когда была дана команда работать в духе Марра, другие ограничивались славословиями и общими фразами, а он честно попытался это сделать. Но то, что получалось у шамана Марра, не могло получиться у ученого. Он не мог не пытаться вносить логику в принципиально алогичные построения, поэтому под его пером вопиющие противоречия становились только еще более очевидными.
И даже в это время Яковлев проявлял индивидуальность. В число великих ученых он пытался включить своего любимого П. К. Услара, мало пригодного к этому из-за генеральского чина и особенно немецкого происхождения. А в одной из статей 1949 г. он проявил очень большую смелость. Перечисляя сделанное в области языкознания и языкового строительства на Северном Кавказе за советское время, он наравне с другими называл чеченский, ингушский, карачаевский, балкарский языки, которые тогда нельзя было упоминать, а среди деятелей культурного строительства на Кавказе перечислил и представителей этих народов, тогда находившихся в ссылке. И все это вышло в свет!
В мае 1950 г. в «Правде» внезапно объявили дискуссию по языкознанию, исход которой поначалу не был ясен наблюдавшим за ней лингвистам. Яковлев следил за дискуссией, публично назвал в Институте востоковедения осторожную статью В. В. Виноградова «меньшевистской», сам написал в «Правду». Но его статья напечатана не была. А 20 июня громом среди ясного неба стало выступление самого И. В. Сталина против Марра.
Теперь Яковлев, сам долго без успеха добивавшийся причисления к марристскому лагерю, не мог не оказаться под ударом. В самом конце дискуссии ему все-таки дали слово, но только покаянное (от своего имени и имени В. К. Никольского). 4 июля он писал в «Правде», что обещает исправить свои ошибки «методологически четкой линией и научной критикой лженаучных положений акад. Н. Я. Марра в дальнейших своих работах».
Первое время после сталинского выступления Яковлев сохранял прежние места работы (правда, из Военного института к тому времени ушел сам). Но «исправление ошибок» оказалось для него уже невозможным делом. Если многие его коллеги еще до 1950 г. преодолели увлечение Марром и лишь прикрывались цитатами из него, как щитом, что давало возможность перейти под прикрытие других цитат, ничего принципиально не меняя, то Николай Феофанович действительно сроднился с рядом идей Марра. А быть конъюнктурщиком он не умел. Благодаря Л. Р. Концевичу, тогда студенту Института востоковедения, сохранилась рукопись последнего курса Яковлева, прочитанного там уже в 1950/1951 учебном году. Из этого текста видно, как трудно ему давалась «перестройка». То он повторял и без того упрощенные высказывания Сталина, иногда еще более их упрощая: по его мнению, литературный персидский язык – не язык, а жаргон, поскольку в нем более 50 % лексики составляют заимствования из арабского языка. То он сохранял уже ставшие одиозными идеи Марра, например, отрицание языкового родства и языковых семей (исключая славянское родство и славянскую семью, прямо названные Сталиным). По его мнению, индоевропейского родства никогда не было, а русский и английский языки лишь «считаются» индоевропейскими. Снова большое внимание уделено языку питекантропов (Яковлев пытался в это время переработать брошюру о происхождении языка, не понимая, что в новых условиях она негодна в принципе). Очевидно, что курс готовился в спешке, в расчете на богатую эрудицию, которая часто подводила: урду он вместо индийских языков причислил к иранским, а «высокий штиль» М. В. Ломоносова, на котором писали торжественные оды, но в обычной жизни не говорили, назвал «жаргоном феодальной верхушки». Как всегда у Яковлева, немало интересного и разумного, но в целом это – регресс. А этот неизданный текст оказался итоговым.
И вел себя Николай Феофанович на свою беду нестандартно. Таким, как он, было положено много раз каяться, а он чередовал покаяния с явно неуместными в его ситуации обвинениями новых руководителей своего института (теперь названного Институтом языкознания) В. В. Виноградова и Б. А. Серебренникова в «неправильном понимании сталинского учения». В ответ его еще в конце 1950 г. сняли с должности заведующего кавказским сектором. Яковлев не унялся и в июне 1951 г., когда в институте отмечали первую годовщину выступления вождя, устроил скандал, напав на главного консультанта Сталина по вопросам языкознания А. С. Чикобава и его ученицу Т. С. Шарадзенидзе за высказывание о том, что язык развивается эволюционно. Для Яковлева язык и революция все еще были неразрывны, хотя окружающие языковеды так уже не думали.