Тогда подобные обвинения были в порядке вещей и вовсе не вели к лишению работы и тем более к аресту, как сейчас иногда думают. Но работать в такой обстановке было трудно, а карьера Яковлева в 30-е гг. уже не была столь блестящей, как в предыдущее десятилетие. Иногда он пытался быть «святее папы». В его грамматиках кавказских языков 30–40-х гг. почти любое грамматическое явление иллюстрируется либо предложениями из газетных передовиц и партийных постановлений, либо сконструированными примерами про рабочих или колхозников. Это для того времени даже не было обязательно: преемник Марра по руководству советским языкознанием академик И. И. Мещанинов иллюстрировал свои труды изящными примерами из Поля Бурже и других французских романистов, считая излишним их переводить. Но Мещанинов был тогда вне критики, а Николаю Феофановичу надо было предупредить новые обвинения в «махровой поповщине». И некоторые его рассуждения сейчас выглядят очень упрощенными. Дважды он приводил один и тот же пример того, как логическая и грамматическая структура предложения может не совпадать с реальной: в «языке буржуазии» существует фраза:
В 1937–1938 гг. «снаряды падали рядом». Был распущен Всесоюзный центральный комитет нового алфавита, а его руководители репрессированы. У Яковлева погибли муж сестры и брат первой жены, кандидат в члены ЦК и первый секретарь обкома в Одессе. Сама В. И. Вегер осталась жива, но ее выслали из Москвы вместе с двумя дочерьми от Яковлева; правда, они к тому времени разошлись, а Николай Феофанович женился во второй раз (от этого брака была еще одна дочь). Яковлев не пострадал, но его положение в науке начало идти вниз. Со второй половины 30-х гг. в числе прочего возврата к прошлому была восстановлена система ученых степеней (с тех пор не менявшаяся). Поначалу степень доктора наук видным ученым давали без защиты (даже вернувшемуся из ссылки В. В. Виноградову и вернувшемуся из-за границы Н. А. Невскому). А Яковлев такую привилегию не получил, из-за чего он временно даже потерял имевшееся у него с 20-х гг. звание профессора. Лишь после войны он защитит в качестве докторской диссертации кабардинскую грамматику и восстановится в профессорском звании.
Менялась и языковая политика. После 1933 г. создание алфавитов пошло на спад, для некоторых языков новые алфавиты реально не вступили в действие, а образование на этих языках заменялось обучением на русском языке. А с 1937 г. недавно введенные латинские алфавиты срочно менялись на кириллические, эта работа в основном была завершена накануне войны. Она соответствовала новой политической ситуации: о выходе народов на мировую арену и интернационализме уже не думали, главным было сближение народов внутри единого государства и повышение роли русского языка. Новые алфавиты создавались не с нуля, учитывался опыт создания алфавитов на латинской основе, кое-что брали оттуда, включая яковлевскую палочку. Яковлев принимал участие и в их конструировании, но научный уровень алфавитов в целом упал: единый государственный орган после роспуска в 1937 г. восстановлен не был, а утверждение кириллических алфавитов отдали в руки местных органов власти, обычно не отличавшихся компетентностью. Началась и сознательная, и иногда искусственная русификация новых литературных языков. Часто под русский язык подгоняли даже грамматику. И Яковлеву приходилось писать, например: «Дательный падеж в марийском языке представляет собою сравнительно недавнее вторичное образование. Однако дательный падеж должен быть включен в основные падежи, исходя из перспектив всего дальнейшего развития марийского языка и его связей с русским языком».