Но в 30-е гг. Яковлев создал и пять фундаментальных грамматик кавказских языков, составивших значительный вклад в мировое кавказоведение. Из них тогда удалось издать лишь две грамматики полностью и одну частично. Вышли фундаментальная адыгейская грамматика совместно с адыгейским учеником Д. А. Ашхамафом (1941), кабардинская грамматика сначала в кратком варианте (1938), а после войны (1946) полностью, и один том (из двух) чеченской грамматики (1938). Второй том чеченской грамматики и ингушская грамматика не вышли сначала из-за войны, потом из-за трагедии чеченцев и ингушей в 1944 г. По иным причинам не повезло абхазской грамматике. В 1935 г. она уже была сдана в набор, но вмешался директор Абхазского НИИ, ученик Марра А. К. Хашба, написавший отзыв, зачеркивавший книгу. Отзыв Хашба (без рукописи Яковлева!) послали на третейский суд в Ленинград И. И. Мещанинову, взявшему сторону абхазского коллеги. Сохранившийся ответ Мещанинова показывает, что главная вина Николая Феофановича состояла в попытках спорить с уже покойным Марром: «Вполне правильны указания А. К. Хашба на неуместные нападки проф. Яковлева на метод палеонтологического анализа… Неуместны и совершенно неправильны утверждения проф. Яковлева, ограничивающие работу акад. Н. Я. Марра по абхазскому языку только составлением алфавита». Грамматика не вышла.
Отчуждение Яковлева от научных лидеров тех лет было двусторонним, а положение Яковлева среди московских лингвистов оказывалось все более обособленным. Он был вспыльчив, неуживчив, остер на язык, имел славу человека с плохим характером. А то главное, что придавало ему научный вес, уже сходило на нет: работа по созданию алфавитов заканчивалась. Впрочем, у него было свое научное окружение. Продолжалось содружество с Л. И. Жирковым, и появился новый сотрудник: не кто иной, как Г. П. Сердюченко, когда-то побивавший ученого цитатами из Л. М. Кагановича. Перебравшись из Ростова в Москву, он сумел сдружиться с Яковлевым и использовать его в своих целях. Впоследствии эта дружба дорого обойдется Николаю Феофановичу.
Наступила война. Яковлев был призван, но не попал на фронт, а в 1942 г. демобилизовался. В военные и послевоенные годы он уже не конструировал алфавиты, в то же время усилилась преподавательская деятельность. Он был профессором двух московских вузов – Московского института востоковедения и Военного института иностранных языков, где читал курс общего языкознания (продолжалась и работа в Институте языка и мышления, где Яковлев заведовал кавказским сектором). В обоих институтах подобрался сильный преподавательский состав, но все же для языкознания они занимали периферийное место по сравнению с МГУ и даже Институтом иностранных языков, но там Яковлев не работал.
Еще живы некоторые из студентов и слушателей, посещавших лекции Яковлева. Не будучи хорошим лектором, он производил на них сильное впечатление и многим запомнился. Попав в аудитории из московских коммуналок и фронтовых окопов, они окунались в атмосферу высокой науки, слушали рассказы о фонеме и морфеме, о Бодуэне де Куртенэ и Соссюре, о разных языках. Не избегал он упоминания и «врагов народа», включая Поливанова (в жизни они не ладили, но его работы Яковлев ценил). Но чувствовался в этом человеке надлом, не вязавшийся с его рангом профессора (в 1946 г. он баллотировался и в члены-корреспонденты Академии наук, но избран не был). На лекции, как рассказывал мне его слушатель по Военному институту Ф. Д. Ашнин, он приходил в единственном потрепанном пальто, почему-то он не мог вставить зубы, которых у него почти не осталось, из-за чего его речь бывала неразборчивой. А один эпизод навсегда остался неясным: Ашнин мне рассказывал, что слушатели (так называли курсантов этого военного вуза) посылали своего профессора за водкой; но когда мы писали с ним статью о Яковлеве и я предложил сказать об этом, Федор Дмитриевич резко ответил, что никогда такого не было и он такого не говорил. Может быть, и не было.
Однажды слушатели спросили Яковлева о Марре. В ответ он чуть не заплакал и с трудом выдавил: «Сколько я от этого человека настрадался!». Но добавил: «И все-таки он был великий ученый!». Слова, почти совпадающие с теми, которые произнес о главном критике Марра образованнейший и эрудированнейший грузинский византинист С. Г. Каухчишвили: «Сталин меня два раза сажал. Двое с шашками меня били. И все равно я скажу: Наш Сталин был великий человек!».