И отойти от Марра Яковлев уже не мог, хотя и старался проявлять некоторую независимость. Позднее не любивший Яковлева академик В. В. Виноградов обвинит его в попытках создать «московскую школу марризма». Марровской оказывалась сама проблематика его работ. Почти весь ХХ век наука избегала из-за отсутствия фактического материала рассматривать проблему происхождения языка (лишь с 90-х гг. ХХ в. наметилось оживление интереса), и только Марр объявил, что знает, как люди стали говорить. А Яковлев решил здесь конкурировать с академиком и вместе с историком первобытного общества В. К. Никольским (когда-то тоже участником избиения Поливанова) издал две брошюры, где предлагалась отличная от Марра, но столь же умозрительная концепция развития языка от обезьян через питекантропов и неандертальцев до современных людей. Брошюры в первые послевоенные годы были популярны и выдержали несколько изданий вплоть до «Научно-популярной библиотеки солдата и матроса», их издали в нескольких странах, включая Австрию.
Неровными были и другие публикации Николая Феофановича тех лет, в большинстве по кавказским языкам. Добротный анализ фактов, умение в каждом конкретном явлении находить отражение общелингвистических закономерностей. Перспективные идеи, вроде так называемой грамматики порядков, ставшей в нашей наук популярной в конце 60-х – начале 70-х гг. (И. И. Ревзин и др.). И тут же попытки в духе Марра трактовать явную омонимию как остатки первобытной «диффузности» значения. В адыгейском языке омонимичны корни со значением
Относительно спокойные времена между тем окончились осенью 1948 г. Начался последний этап борьбы за «чистоту идей Марра». Марристы, среди которых особенно активен был Г. П. Сердюченко, ставший к тому времени заведующим Московским отделением Института языка и мышления, начали громить «менделистов – вейсманистов – морганистов», а затем и «космополитов» в языкознании. Били почти каждого, доставалось и Яковлеву. Кавказовед Е. А. Бокарев находил у него «грубые методологические ошибки вульгарно-социологического характера». Ленинградская последовательница Марра А. В. Десницкая вспомнила, что он в былые времена состоял в одном кружке с эмигрантом Р. Якобсоном. Орган ЦК, газета «Культура и жизнь» («Культура и смерть», как ее называл писатель Б. В. Шергин) нашла у него «смычку» с «клеветническими» заявлениями давно разгромленной группировки «Языкофронт» (см. очерк «Выдвиженец») о том, что главная заслуга Марра состоит в изучении языка «наших волосатых предков».
Но не лез в карман за словом и сам Яковлев. В 1949 г. вышли три его статьи (одна из них опять вместе с В. К. Никольским), которые оказались последними его большими по объему публикациями. Лучше бы он их не писал! Всю советскую науку после смерти Марра он охарактеризовал как замалчивание его учения. Идеи В. М. Жирмунского, А. В. Десницкой и отчасти В. В. Виноградова он сопоставлял с «милитаристской истерикой расиста Черчилля». Невзирая на чины и звания, он обличал всех, начиная с И. И. Мещанинова, обвиненного в полном отходе от Марра, и кончая многолетним соратником Л. И. Жирковым. Яковлев дошел даже до такого обвинения, которое более не высказал никто: «Приступы травли и пароксизмы слепого бешенства против Марра со стороны реакционеров и идеалистов… повторялись периодически, часто в той же или сходной форме, пока, наконец, не привели великого ученого к преждевременной гибели». И лишь одного из коллег он не тронул и три раза в одной статье похвалил: Г. П. Сердюченко (боялся или считал другом?).
В положительной части этих публикаций Яковлев и Никольский, повторив гипотезы о питекантропах, вернулись к тогда уже отвергнутым советской наукой (в частности, И. И. Мещаниновым) идеям о связи общественно-исторических формаций с грамматическим строем языков. И во времена Марра такая связь получалась лишь для первобытного общества, а связь грамматического строя с более развитыми формациями, в частности, с капитализмом всегда была больным местом марристов. Марр просто обходил этот вопрос, а Яковлев заявил: «Капиталистическое общество не могло создать и не создало принципиально нового строя человеческой речи. Такой строй будет создан лишь в социалистическом обществе». Строй же английского языка – регресс по сравнению с древними германскими языками, «беда, пережиток отсталых условий средневековья и господства иноземцев».