Но первое заочное столкновение профессора Яковлева с вождем еще не имело для него особых последствий. Все 20-е и отчасти 30-е годы «красный профессор» (пусть беспартийный) был на хорошем счету у власти. Его очень ценил председатель Главнауки при Наркомпросе, член партии с 1896 г. Ф. Н. Петров (помню бодрого девяностолетнего старика, часто выступавшего в 60-е гг. по телевизору: Петров пережил все бури и оказался старейшим по стажу коммунистом в стране). Сохранился документ о Яковлеве за его подписью (привожу с сохранением орфографии подлинника): «Т. Яковлев является тем советским ученым, на которого партия и Сов[етская] Власть вполне может положиться в деле Культурного Строительства. Семилетняя научная работа тов. Яковлева, прошедшая на моих глазах, доказала, что я не ошибся в своем доверии к нему. Все поручения внутри СССР и за границей, которые я давал тов. Яковлеву как заведующий Главнауки, он выполнял умно, политически верно, с полным пониманием задач пролетарского Строительства». Выше упоминались две загранкомандировки Яковлева. Первый раз он возил в Германию, Норвегию и Францию выставку образцов национальной письменности СССР и выступал с докладами о языковом строительстве. О второй командировке он писал: «был приглашен Интернациональным институтом интеллектуального сотрудничества при Лиге наций (Париж) на съезд экспертов по составлению лингвистической библиографии и на 1-й Международный конгресс лингвистов (Гаага), куда и выезжал с разрешения Главнауки НКП. Однако в виде протеста против отказа Голландии выдать визу советским делегатам на международный конгресс по изучению Тихого океана, отказался участвовать на конгрессе лингвистов… несмотря на это, был выбран конгрессом членом международной комиссии по изучению малоизученных языков». Не ученый, а представитель страны! И представлял страну он достойно.
Яковлев боролся за утверждение новой науки, ниспровергал старую, не стесняясь в выражениях. Представитель старой, традиционной школы Г. А. Ильинский жаловался в 1930 г. в письме академику Б. М. Ляпунову: «Один из здешних марровских “молодцов” “кавказовед” Н. Ф. Яковлев… еще в августе напечатал в газете “За коммунистическое просвещение” возмутительную статью, призывая сторонников марксизма и яфетизма сплотиться против индоевропеистов и начать персональную атаку на них как “подкулачников” (!!!)». Тон Яковлева в период коллективизации звучал зловеще. Но Ильинский (славист по специальности) не имел оснований называть одного из крупнейших в мире специалистов по Кавказу «кавказоведом» в кавычках, а научная перспектива тогда была за Яковлевым.
Однако к концу 20-х гг. у него в борьбе за «новую науку» оказался мощный конкурент – академик Н. Я. Марр, все более утверждавший свою монополию. И позиция Николая Феофановича оказалась противоречивой. Дело было не только в административном давлении: Яковлев умел бывать независимым и стойким. Но он (в отличие от другого «красного профессора» Е. Д. Поливанова) оказался подвержен притягательному мифу марровского «нового учения».
Еще в 1922 г., когда Марр не объявлял себя марксистом, Н. Трубецкой писал из Вены Р. Якобсону в Прагу: «Я написал длиннейшее письмо Яковлеву, но ответа не получил… Боюсь, не обиделся ли он, т. к. я очень резко отозвался о Марре и упрекал Яковлева за увлечение Марром». В другом письме тому же адресату от 1924 г. Трубецкой писал, что хочет Яковлева «еще раз попытаться оттащить от Марра».
Не помогло, хотя нельзя сказать, что Яковлев принимал все идеи Марра: он никогда не умел слепо идти за авторитетами. Наиболее независим он был в областях своих основных занятий: в фонологии и языковом строительстве. Вмешательства Марра и его последователей – «подмарков», как тогда говорили (И. К. Кусикьян, Б. М. Гранде, И. Д. Дмитриев-Кельда), в языковое строительство были крайне некомпетентными, и Яковлеву приходилось все время с ними бороться. Ситуация осложнялась тем, что Марр еще до революции придумал транскрипцию для передачи сложной абхазской фонетики и посчитал ее в 20-е гг. «прообразом всемирного алфавита», марристы потребовали ее внедрения для каждого языка народов СССР. Марр не только не знал фонологии, но даже не понимал разницы между научной транскрипцией и практическим алфавитом. Его транскрипция, стремившаяся передать с помощью сложных надстрочных и подстрочных знаков самые тонкие оттенки звуков, не имевшие фонологического значения, была крайне трудна; в Абхазии ее ввели в качестве алфавита под влиянием авторитета Марра, но через два года от этого отказались, поскольку освоить новый алфавит не могли даже учителя. В борьбе против этого алфавита Яковлев был последователен и принципиален, и это оказался тот редкий случай, когда марристам пришлось уступить.