Положение резко изменилось с конца 1948 г., когда Кузнецов как раз только что защитил докторскую диссертацию. Во всех науках начали искать по образцу генетики своих «менделистов – вейсманистов – морганистов», затем с начала 1949 г. добавилась борьба с «космополитами», в число которых попала и Московская фонологическая школа (притом, что все ее основатели были русскими, кроме армянина Аванесова). Ученый пытался защищаться, в опубликованной хронике одного из заседаний конца 1948 г. сказано про его выступление: «Не сошел со своих старых, порочных позиций, выступив в защиту праязыковой концепции возникновения славянских языков». Именно тогда раскололась Московская школа, и не только в университетских лекциях, но и в воспоминаниях Петр Саввич осуждал Р. И. Аванесова, который, по его мнению, «испугался критики, а затем стремился подвести теоретическую базу». Все оценки бывшего друга в воспоминаниях не очень доброжелательны, а ведь в 1935 г. именно Аванесов вытащил Кузнецова с лаборантской работы, взяв преподавателем на кафедру в Московском городском пединституте, которой заведовал. О дальнейших событиях 1949 г. говорится так: «Меня вызвали в Министерство высшего образования (не помню к кому) и предложили отказаться от идеалистических воззрений в фонологии… После этого на очередном заседании спецкурса по фонологии я сообщил, что положения, отстаиваемые мною, Министерством сочтены идеалистическими, а так как я другим положениям следовать не могу, то я чтение этого спецкурса прекращаю». Достойный ответ!
Продолжение рассказа: «Осенью 1949 г. меня вызвали в ректорат университета и сообщили мне, что… ожидают от меня признания ошибок и новых работ, свидетельствующих о том, что я действительно перешел на новые рельсы… Впрочем, я новых статей требуемого направления так и не написал». На некоторые компромиссы все-таки пойти пришлось. Он пишет для «Вестника МГУ» статью о М. В. Ломоносове как исследователе русского языка, где вынужден говорить:
«Вопрос о происхождении связей так называемых родственных языков очень сложный и в полном объеме не разрешенный и в наши дни». Их происхождение от общего праязыка, несомненное для всех ученых начиная с Ломоносова, исключая лишь Марра, отнесено к «необходимому этапу в развитии языкознания»; такая концепция, прогрессивная во времена Ломоносова, в дальнейшем привела к «расистским воззрениям в современном буржуазном языкознании» (постоянная тема Марра и марристов). Вот это Петр Саввич не мог писать искренне. И все же он пошел на компромисс не полностью, никак не солидаризируясь с позитивными идеями Марра, явно ненаучными, он как бы отступил на запасные позиции, объявив вопрос «не разрешенным». Ученый все же не обладал столь твердым характером, как А. А. Реформатский, который и в те злосчастные для нашей лингвистики месяцы не отказался от языкового родства. Но в самых важных для Петра Саввича вопросах фонологии он ни в чем не уступил.
В МГУ, как видно из воспоминаний, к Кузнецову отнеслись сравнительно мягко (профессоров русской национальности старались не увольнять). Но кампания заходила все дальше, и в начале мая 1950 г. в академическом Институте русского языка, где Петр Саввич тогда тоже работал, был подписан приказ о его увольнении. И в тот же самый день в «Правде» объявили о начале дискуссии по языкознанию, приказ решили отложить до выяснения ситуации. Дискуссия была прологом к статьям И. В. Сталина против Н. Я. Марра.
Как бы это ни показалось странным современному читателю, но эти статьи спасли Кузнецова. Приказ тут же отменили, и больше до конца жизни Петр Саввич не подвергался проработкам (за сына как будто тоже). «Праязыковая концепция возникновения славянских языков», хорошо укладывавшаяся в конъюнктуру эпохи формирования социалистического лагеря, была поддержана лидером страны. Статья, где ученый был вынужден подвергнуть ее сомнению, правда, вышла уже после выступления Сталина, в корректуре успели добавить абзац о «гениальном труде».
Петр Саввич не мог не быть благодарен вождю, и его участие в хоре славословий было, безусловно, искренним. Это показывает то, что он положительно оценивал сталинские работы не только в начале 1950-х, но и после «разоблачения культа личности», в частности, в статье против В. И. Абаева. И в воспоминаниях он пишет: «Я, впрочем, не стал и правоверным адептом сталинского учения, хотя и до сих пор считаю, что в нем было много правильного, многое было полезно для нашего языкознания».