И все-таки главным сочинением Кузнецова времен «Языкофронта» стала брошюра «Яфетическая теория», вышедшая в 1932 г. (до начала 50-х гг. единственная его книга). Она не свободна от прямолинейных формулировок и некоторых похвал Марру (любопытно, что как раз за то, за что его жестче всего будет прорабатывать Сталин: за признание языка надстройкой и за классовость языка). Но в целом брошюра была вызовом признанному наверху и уже канонизированному академику. Начинающий и мало кому известный ученый точно указывал на произвольность и неподтвержденность фактами его «учения», в котором Марр допускает «свободные изменения без каких бы то ни было причин». Как и до того Е. Д. Поливанов, Кузнецов разбирает конкретные примеры ошибок и произвольных толкований Марра. Особенно резко оценивается концепция четырех элементов, из которых, согласно Марру, складываются все слова всех языков: «Гипотеза четырех элементов уничтожает самую идею движения языка: как бы далеко ни ушел язык в своем развитии, в нем неизбежно остаются все те же элементы… И неясно даже, зачем еще работать и анализировать, раз заранее известно, что в любом, даже еще не изученном языке мы вскроем все те же неизбежные
Марр, когда-то снисходительный к Кузнецову-аспиранту, теперь должен был принять меры. Он был взбешен и назвал брошюру «китайской бомбой» по аналогии с недавним советско-китайским конфликтом на КВЖД. Появилась разгромная газетная рецензия (автор – Э. В. Севортян, серьезный тюрколог). В самом НИЯз были вынуждены публично отмежеваться от собственной публикации и осудить ее на собрании. Однако Петр Саввич пишет: «На собрании требовали, чтобы я признал свои ошибки, но я не признал (кроме некоторых частностей) и перешел в контратаку на Севортяна». Все равно выход брошюры в свет стал одной из причин закрытия института, о последующих трудностях для Кузнецова речь уже шла. Зато ученый старшего поколения А. И. Томсон, к тому времени уволенный из Одесского университета «из-за контрреволюционности», сказал ему, что брошюра – единственное толковое из всего написанного о «новом учении», включая работы самого Марра. В «Автобиографии» Петр Саввич констатирует: «Эта брошюра принесла мне много неприятностей», и в то же время пишет: «Значительная часть положений этой брошюры соответствует и теперешним моим взглядам».
После этих неприятностей Кузнецов пошел на определенные компромиссы. В комментариях к переводу книги французского лингвиста Ж. Вандриеса (1937) он советовал иностранному коллеге учиться у Марра (отбирая, впрочем, такие компоненты его учения как происхождение языка и развитие языка в доисторические эпохи, оставляя в стороне четыре элемента) и в духе Марра призывал к «полному отказу от концепции праязыка». При этом нельзя не признать, что комментарии очень серьезны: чуть ли ни к каждому французскому примеру Вандриеса найден русский аналог, а комментарии к заметно устаревшей фонетической главе книги содержат авторскую фонологическую концепцию, которая в те годы еще редко находила печатное выражение. Но общее смягчение ситуации в лингвистике к концу 30-х гг. давало возможность, не выступая открыто против Марра, работать, игнорируя его идеи. И предвоенные, и послевоенные годы были периодом расцвета Московской фонологической школы.