Королевская чета Наварры была на грани полного разрыва отношений. Антуан окончательно сделал выбор в пользу католической церкви, за что Теодор де Без угрожал ему небесными карами, называя новым Юлианом Отступником. Жанна же, как всегда, была непреклонна, не считая возможным долее терпеть «отступничество» и амурные похождения супруга. Что же касается Антуана, то он уже порядком устал от непрестанных едких упреков и беспардонного прозелитизма супруги. Гизы подливали масла в огонь. Кардинал Лотарингский настоятельно советовал Антуану подумать о собственном благе и удалить от двора опасную супругу. Более того, с ней как еретичкой надлежало развестись, тем более что законность ее брака с Антуаном они подвергали сомнению (законным будто бы оставался ее первый брак с Вильгельмом Клевским, а с Бурбоном она жила «во грехе»). Отвергнутую супругу предполагалось заключить в тюрьму, дабы не позволить ей распоряжаться Наваррой и прочими доменами д’Альбре. Обретя таким способом свободу от супружеских уз, Антуан смог бы вступить в брак с вдовой Франциска II, прекрасной Марией Стюарт, получив вместе с ней целое королевство — Шотландию. Какая сказочная перспектива!
Однако к чести Антуана Бурбона, он не был злодеем, да и решимости сделать столь судьбоносный шаг у него не хватило бы. Он лишь согласился удалить Жанну от двора. Правда, Екатерина Медичи не соглашалась даже и на это, желая удержать наваррскую королеву при себе ради сохранения равновесия сил, чему придавала столь большое значение. «Господа лотарингцы» опять начали с угрожающей быстротой набирать политический вес, после того как Франсуа Гиз устроил 1 марта 1562 года резню протестантов в Васси и тем самым положил начало Религиозным войнам, на протяжении тридцати шести лет терзавшим Францию. Когда он возвратился в столицу, парижане встречали его как национального героя. По разным городам (Оксер, Кагор, Орильяк, Каркассон, Авиньон) прокатилась волна избиений гугенотов. Екатерина Медичи пребывала в нерешительности, не зная, какую тактику избрать. Выход из положения ей представился в заключении при посредничестве Жанны д’Альбре альянса с Конде. Предполагалось при его поддержке перебраться с Карлом IX в Орлеан и там запереться. Однако Гизы опередили Екатерину, не позволив ей ускользнуть из их рук. Жанна, лишившись поддержки королевы-матери, вынуждена была подчиниться требованию супруга: 28 марта 1562 года, оставив на его попечении сына, она с дочерью отправилась в Вандом. Прощаясь с матерью, маленький Генрих обещал быть стойким гугенотом, каким воспитал его отец. Правда, тот уже собирался сделать из него убежденного католика.
Вскоре после отъезда королевы Наваррской выступила в поход армия Конде. Сначала она двинулась на Париж, но затем внезапно переменила направление, двинувшись на Орлеан, и к великому удивлению многих, 2 апреля город был захвачен гугенотами. Это было уже началом войны. В последующие несколько недель в руках протестантов оказались Тур, Блуа, Ле-Ман, Анжер, Руан, Баланс и Лион.
Перед отъездом Жанна потребовала от сына под страхом лишения наследства поклясться никогда не ходить на мессу. Однако Антуан Бурбон распорядился по-своему: прежний наставник Генриха гугенот Ла Гошри получил отставку, а новому, католику Жану де Лосу, было дано указание «отвращать ребенка от его религии и воспитывать в римском духе». В ближайшие пять лет Генриху предстояло тесное общение с кузенами Валуа, он делил с ними школьные занятия и игры. В отличие от них, болезненных и нервных, маленький румяный беарнец отличался крепким физическим и психическим здоровьем. Низкорослый и коренастый, он даже внешне резко отличался от своих долговязых и бледных кузенов. Взяв на себя заботы по воспитанию сына, Антуан Бурбон пообещал своим испанским благодетелям в кратчайшие сроки вернуть его в лоно католической церкви, однако мальчик упорно сопротивлялся. Даже под угрозой подвергнуться порке он отказывался, исполняя данное матери обещание, отправиться в церковь на мессу. Дошло до того, что он заболел или, как заподозрили, учитывая его отменное здоровье, умело прикинулся больным, лишь бы не присутствовать на обряде. И все-таки «настоящий беарнец» в конце концов сдался. 1 июня 1562 года на мессе королевского ордена Святого Михаила он был торжественно посвящен в его рыцари, поклявшись хранить верность католической вере и умереть за нее. Так в свои неполные девять лет он впервые пошел на компромисс — а сколько их еще будет в его жизни! Париж стоит мессы…