Долготерпение Антуана Бурбона, много позволявшего себе и потому не требовавшего слишком многого от других, к тому времени лопнуло не в последнюю очередь из-за вестей, поступавших из Вандома, куда в первых числах мая прибыла его ссыльная супруга. Где бы ни появлялась Жанна д’Альбре, восторженно приветствовавшие ее гугеноты принимались бесчинствовать, точно сорвавшись с цепи. Так случилось и на этот раз. Толпы ее приверженцев устремились в церкви города, подвергая их разграблению, а затем ворвались в расположенный на возвышении герцогский замок, чтобы проделать то же самое с расположенным там храмом Святого Георгия. Прямо на глазах у королевы Наваррской они вскрыли могилы и выбросили из гробов останки покойников, в том числе и родителей Антуана — Шарля Вандома и Франсуазы д’АЛансон. Та же участь постигла и погребение первенца Жанны, малолетнего герцога де Бомона. Она даже если и не подстрекала толпу к святотатственному вандализму, то ничего не сделала, чтобы пресечь бесчинства. Не было более действенного способа скомпрометировать протестантизм в глазах благонамеренных и благоразумных людей. Охваченная запоздалым раскаянием, Жанна обратилась с покаянным письмом к своему духовному наставнику Теодору де Безу, который в ответном послании хотя и не возложил на нее ответственность за свершившийся акт вандализма, однако безоговорочно осудил его.
Возмущенный выходками гугенотов, Антуан поклялся отомстить за поругание праха своих родителей. Он объявил о лишении супруги всех прав и заключении ее в крепость. Приведение приказа в исполнение было поручено Блезу де Монлюку, известному своей непримиримостью к еретикам, однако тот сплоховал, и Жанне удалось, ускользнув от преследования, благополучно добраться до Беарна. Правда, из-за пережитых волнений ее самочувствие резко ухудшилось, что вызывало сильную тревогу у Генриха, разрывавшегося между матерью и отцом, уважения к которому он никогда не терял. Слухи о его тщеславии, непостоянстве и разгульной жизни не доходили до него — или он просто не верил им. Для него отец был прежде всего славным командиром, популярным среди солдат благодаря отваге и демонстративному презрению к опасности.
Первая Религиозная война между католиками и протестантами была в разгаре, и Антуан Бурбон, командовавший королевской армией, не имел возможности уделять достаточного внимания сыну и потому беспокоился за его безопасность. Обе воюющие стороны были не прочь заполучить его в качестве заложника и средства давления на противника. Полагая, что даже при королевском дворе, постоянно перемещавшемся по ходу военных действий, Генрих не будет надежно защищен, Антуан решил отправить его в замок Монтаржи под опеку Рене Французской, герцогини Феррарской. Выбор представлялся разумным, поскольку старая дама, дочь короля Людовика XII, пользовалась всеобщим уважением. Правда, и там не обошлось без приключений. Несмотря на принятые меры безопасности, гугеноты попытались похитить мальчика. Однажды ночью он был разбужен какими-то незнакомыми людьми, хотевшими забрать его с собой. Еще не понимая, явь ли это или сон, Генрих закричал. Когда выяснилось, что эти люди были присланы его матерью, дабы привезти его в родные беарнские пределы, он пожалел, что переполошил своим криком весь замок, но было поздно. Вдобавок ко всему юный здоровяк умудрился заболеть корью, притом настолько серьезно, что опасались за его жизнь. Однако его час еще не пробил, и болезнь отступила. Встревоженный Антуан выбрал время, чтобы посидеть у изголовья больного, утешить его словом и препоручить заботам врачей, которые сумели выходить пациента. Долго оставаться у постели сына он не мог, поскольку начатая королевской армией осада Руана, захваченного гугенотами, требовала его присутствия там.