Королева-мать, фактически ставшая регентшей при малолетнем короле, решила привлечь на свою сторону Антуана Бурбона и с этой целью изменила свою тактику в отношении гугенотов. Она удивила многих, позволив отправление протестантского культа в частных домах. Так неожиданным образом началась эра веротерпимости. На это Жанна д’Альбре ответила демонстративным актом: в душе уже будучи приверженкой протестантизма, она открыто заявила о своих религиозных убеждениях, распорядившись 25 декабря 1560 года провести в По церемонию причащения под обоими видами — хлебом и вином. В своих мемуарах она утверждала, что ей было дано благодатное озарение, вследствие чего она решила отринуть ересь католицизма. В действительности же это было политическое решение, направленное против католиков вообще и Гизов в особенности. Контролируя весь юго-запад Франции, королева Наваррская представляла мощную политическую силу, с которой корона вынуждена была считаться. Обращение Жанны д’Альбре в протестантизм приветствовали в своих поздравительных посланиях Елизавета Английская и Жан Кальвин, по достоинству оценивший успех усилий, предпринятых Теодором де Безом. Желая как можно громче заявить о своем обращении в протестантизм, королева уведомила супруга, что намеревается прибыть к французскому двору. В январе 1561 года Антуан в ответном послании одобрил это ее намерение.
К принятию судьбоносного решения о переходе в новую веру Жанну подтолкнуло не только ее религиозное убеждение, непреклонное и неизменное (чего так недоставало ее легкомысленному супругу и не менее легкомысленному сыну Генриху), но и горечь обманутой жены. Время нежных чувств и любовных писем отныне безвозвратно ушло. Ей нестерпимы были доходившие до нее слухи о любовных похождениях Антуана, о праздниках, кои устраивал он для своих метресс, о застольях, переходивших в оргии. Возможно, гугеноты, рассказывая о его непотребном поведении, намеренно сгущали краски, чтобы тем вернее завлечь королеву Наваррскую в свои сети. Гизы, в свою очередь, распускали эти слухи, дабы сделать необратимым отчуждение супругов. В какой-то, а возможно, и в значительной, мере приход Жанны к Реформации объяснялся ее желанием спасти свою супружескую честь и преодолеть собственное отчаяние. Новой религии она отдалась столь же безоглядно, как когда-то любви к супругу, постаравшись передать свое религиозное чувство и детям. Генриху Наваррскому тогда едва исполнилось семь лет, но, будучи смышленым и чутким ребенком, он не мог не почувствовать происшедшую в душе матери перемену.
1561 год оказался особенно трудным в семейной жизни королевской четы Наварры. Антуан окончательно сделал выбор в пользу Римско-католической церкви. Когда 27 марта 1561 года Екатерина Медичи назначила его генеральным наместником Французского королевства (должность, делавшая его третьим лицом в государстве после королевы-матери и ее сына Карла IX), одним из первых его распоряжений в этом качестве было требование, чтобы супруга отреклась от протестантизма. В ответ Жанна д’Альбре, как и следовало ожидать, заявила, что не только не отречется, но и готова отстаивать свои религиозные убеждения в открытой полемике с католическими проповедниками.
Назначив на время своего отсутствия ответственных за управление в собственных владениях, приняв меры по защите протестантских проповедников и подлечившись на термальных водах, она в июле того года отправилась в столицу Франции вместе с сыном Генрихом и дочерью Екатериной. Не исключено, что она намеревалась предпринять последнее усилие в борьбе за супруга, постараться вырвать его из цепких рук новых приятелей и любовниц. О том, с чем пришлось ей столкнуться в Париже, можно судить по анекдоту, пересказанному (или сочиненному) Брантомом. Приехав однажды ко двору, где оживленно обсуждали амурные похождения ее супруга, Жанна д’Альбре, приветствуя собравшихся дам и девиц, демонстративно прошла, не удостоив ее, как других, дружеского поцелуя, мимо дамы, которая была ей известна как любовница мужа (Брантом деликатно не называет ее по имени). Тогда соперница, почувствовав себя уязвленной, тихо, но так, чтобы все слышали, сказала: «Вы повернулись ко мне задом, но, клянусь святыми, поцелуй, в коем вы отказали мне, будет стоить вам другого поцелуя, коим ради любви ко мне не порадует вас ваш супруг!»