На протяжении всего пути от По до Парижа Жанна д’Альбре агитировала за новую веру, обличала происки папистов и обещала покровительство своим сторонникам. 20 августа она прибыла в Лонжюмо, где ее восторженно приветствовало множество парижских гугенотов, вышедших ей навстречу. На следующий день она с детьми уже была в Париже. Ее прибытие не осталось незамеченным, хотя и не сопровождалось манифестацией приверженцев, как накануне. В городе, ставшем цитаделью католицизма, обстановка была столь напряженной, что двор во главе с новым королем Карлом IX по возвращении с коронационных торжеств в Реймсе предпочел остановиться не в Лувре, а в одном из пригородов, в аббатстве Сен-Жермен-де-Пре, перебравшись затем в Сен-Жермен-ан-Лэ. В столице у Жанны не было постоянной резиденции, и она остановилась в особняке одного из своих сторонников, где, прежде чем встретиться с Екатериной Медичи, провела несколько дней в уединении, беседуя со своим духовным наставником Теодором де Безом, прибывшим из Женевы для участия в прениях по религиозным вопросам, которые по инициативе короля Франции должны были состояться в Пуасси. В самом Париже по случаю прибытия королевы Наваррской и одного из кальвинистских вождей протестанты, как доносил венецианский посол, провели богослужение, в котором приняли участие до пяти тысяч человек.
29 августа Антуан Бурбон, его брат Конде и адмирал Колиньи торжественным кортежем сопроводили Жанну д’Альбре из Парижа в Сен-Жермен-ан-Лэ, где ее прибытия ожидала Екатерина Медичи, считавшая встречу с королевой Наваррской своей большой личной победой. Ее присутствие при дворе должно было служить наглядным выражением политики религиозного примирения, которую решила проводить королева-мать, а потому ей был оказан такой прием, которого удостаивались только самые высокие иностранные гости. Во время придворных празднеств Жанна д’Альбре восседала рядом с Екатериной Медичи, а ее сыну Генриху отводилось место наравне с королем Карлом IX, по рангу выше, чем у будущего Генриха III и принцессы Маргариты. Многое теперь пошло по-другому. Колиньи вновь стал членом Королевского совета, и ему прочили место наставника малолетнего короля. Его брат кардинал Шатийон, епископ Бове, публично объявил о своем переходе в протестантизм. Проведя скорее для видимости процесс по делу о государственной измене, Конде объявили невиновным. Королева-мать умело вела свою тонкую игру, нейтрализовав Антуана Бурбона предоставлением ему должности генерального наместника. Переменчивый Антуан вернулся в католицизм, демонстрируя свойственные ему метания: на Пасху он удалялся в монастырь, перед этим публично поприсутствовав на мессе, в июне вдруг взял себе протестантского проповедника и ежедневно бывал на протестантском богослужении, а в июле опять был образцовым католиком. Эти шараханья из крайности в крайность вызывали предельное возмущение Кальвина, а скандальные амурные похождения генерального наместника королевства вынудили вождя протестантов дать о нем уже известный нам нелицеприятный отзыв. Вскоре по прибытии Жанна д’Альбре убедилась, что бессильна возвратить супруга на праведный путь и, дабы не компрометировать себя, решила отдалиться от него.
С 9 сентября по 9 октября 1561 года проходили знаменитые прения в Пуасси, в ходе которых в присутствии многочисленных слушателей католические и протестантские теологи отстаивали истинность своего вероучения. Ни переубедить друг друга, ни прийти к единому мнению они не могли, и все же это была невиданная прежде свобода выражения собственных убеждений. Как ни странно, эти, казалось бы, сугубо теологические вопросы заинтересовали многих, в том числе и придворных. По вечерам, после дебатов, пасторы проповедовали как протестантам, так и католикам. Теодор де Без, возглавлявший группу протестантских теологов, пользовался особым успехом. Под влиянием его проповедей многие дворяне изгоняли из своих домов исповедников и капелланов.