Затем, в ноябре 1915 г., в Ставке Михаилу Васильевичу в день именин была передана икона архистратига Божия Михаила. Летом 1916 г. от архиепископа Тобольского и Сибирского Варнавы (Некропина), известного монархиста, члена Русского собрания, Михаилу Васильевичу было преподано благословение «древней иконой» Пресвятой Богородицы Знамение (возможно, список с Абалакского чудотворного образа Божией Матери). Важным событием в начале Брусиловского прорыва стал молебен и крестный ход, связанные с принесением в Могилев и благословением Ставки иконой Пресвятой Богородицы Владимирской (28—29 мая 1916 г.): «Накануне праздника Святой Троицы в Царскую Ставку доставлена по Высочайшему Его Императорского Величества повелению из Московского Успенского собора Чудотворная икона Владимирской Божией Матери». Государь Император и Наследник Цесаревич встречали крестный ход, идущий от городского вокзала к зданию Ставки и вместе с участниками крестного хода (среди которых был и Алексеев) прошли в церковь штаба Верховного Главнокомандующего. Здесь для поклонения был поставлен чудотворный образ. А 30 мая, в день Святого Духа, по окончании Божественной литургии, совершенной в церкви штаба, перед чудотворной иконой был отслужен благодарственный молебен «за ниспосланные российскому воинству победы». О. Георгий Шавельский, «обратившись к воинским частям, произнес слово, затем в Высочайшем присутствии был отслужен перед иконой молебен с провозглашением многолетия Царствующему Дому, всероссийскому воинству и воинству союзных стран и вечной памяти павшим воинам». Все чины штаба Ставки участвовали в торжественных богослужениях.
В душевной жизни Михаил Васильевич, как уже отмечалось выше, часто стремился к поддержке, искал сочувствия в сложных жизненных проблемах, в моменты смятения, когда было «тяжело на душе». Эта черта характера проявлялась и в переписке с супругой, и в совместной работе с генералом Ивановым, и с Государем. Грешные «срывы» в критические минуты хотя и были редкими и короткими, но все же не показывали наличия у Михаила Васильевича «стальных нервов» (а многие ли мирские люди могли ими гордиться?). Весьма характерные эпизоды отмечал в своих воспоминаниях помощник московского градоначальника, полковник В.И. Назанский: «Генерал Алексеев пользовался полным Его (Николая II) доверием, и они дружно работали все время; Государь давал указания, и начальник штаба Алексеев исполнял их с полным вниманием и не раз говорил близким лицам, что очень не любит, когда Его Величество покидает Ставку и оставляет его одного. “С Государем гораздо спокойнее. Его Величество дает указания, столь соответствующие боевым стратегическим задачам, что разрабатываешь эти директивы с полным убеждением в их целесообразности. Государь не волнуется. Он прекрасно знает фронт и обладает редкой памятью. С ним спелись. А когда уезжает Царь, не с кем и посоветоваться — нельзя же посылать телеграммы о всех явлениях войны за каждый час. Посылаешь только о главнейших событиях. Личный доклад — великое дело…”»
Эта психологическая поддержка со стороны Государя проявилась с первых же дней совместной работы в Ставке, уже во время Вильно-Молодеченской операции. По воспоминаниям Казанского, «…в Ставке волновались. Ходили слухи, что Могилев небезопасен от налета. К ночи 2 сентября слухи стали особенно напряжены. 3 сентября, в девятом часу утра, еще до обычного доклада генерала Алексеева Его Величеству, я пришел в штаб выяснить положение на фронтах. Генерал Алексеев сидел в своем кабинете за огромным столом, окруженный картами, бумагами. Вид у него был расстроенный, тревожный.
На мой вопрос: “Справедлива ли тревога, охватившая Ставку?” — Алексеев схватил себя за голову и голосом, полным отчаяния, ответил:
— Какие у нас армии? Войска наши погибли на полях Галиции и Польши. Все лучшее перебито. У нас в полках остались теперь сотни, а в ротах — десятки людей. У нас иногда нет патронов, снарядов. Я не знаю, что мы будем, как сдержим напор и где остановимся? Я нахожу, что наше положение никогда не было так плохо. Вот сейчас все это доложу Его Величеству…
Видимо, человек находился в полном ужасе от событий и не владел собой. Я ушел от Алексеева смущенный и с большой тревогой в душе.
Половина первого, в тот же день, я снова видел генерала Алексеева на Высочайшем завтраке. Он совершенно переменился, смотрел бодро, говорил оживленно, и пропала та тревога, которую я видел несколько часов назад. Я спросил:
— Вероятно, с фронта получены лучшие вести и стали бодрее смотреть на будущее?
— Нет, известий новых не получено, но после доклада Его Величеству о положении на фронте, я получил от Государя определенные указания. Он повелел дать телеграмму по всему фронту, что теперь ни шагу назад. Надо задержаться и укрепиться. А прорыв Вильно—Молодечно приказано ликвидировать войскам генерала Эверта. Я теперь уже привожу в исполнение приказ Государя, и, Бог даст, справимся!