Пустовойтенко и Борисов вполне подходили на роль помощников Алексеева, незаменимых там, где это было нужно самому Михаилу Васильевичу. Хотя влияние Борисова постоянно уменьшалось, в частности, из-за весьма настороженного отношения к нему со стороны супруги Алексеева, приезжавшей в Ставку Анне Николаевне представлялось, что Борисов, имевший репутацию «левого», «либерального» человека, способен повредить репутации се мужа. Что касается Пустовойтенко, то злые языки в Ставке, переделавшие его фамилию в «Пустоместенко», были, очевидно, недалеки от истины в том плане, что Михаил Васильевич постоянно стремился «брать на себя» решение всех, даже самых незначительных, вопросов штабной работы. По мнению о. Георгия Шавельского, это являлось отрицательной чертой характера генерала: «У генерала Алексеева был один весьма серьезный недостаток. В деле, в работе он все брал на себя, оставляя лишь мелочи своим помощникам. В то время, когда сам он поэтому надрывался над работой, его помощники почти бездельничали. Генерал-квартирмейстер был у него не больше как старший штабной писарь. Может быть, именно вследствие этого Михаил Васильевич был слишком неразборчив в выборе себе помощников: не из-за талантов — он брал того, кто ему подвернулся под руку, или к кому он привык. Такая манера работы и такой способ выбора были безусловными минусами таланта Алексеева, дорого обходившимися прежде всего ему самому. Они сказались и на выборе генералом Алексеевым себе помощников для работы в Ставке».
Схожая оценка давалась этому качеству Верховским. Алексеев «не доверял своим помощникам и все телеграммы, приходящие в Ставку, прочитывал лично». «Человек потрясающей работоспособности», он «на каждой телеграмме» писал своим «бисерным почерком длиннейшие резолюции», которые затем рассылались Пустовойтенко по адресатам. Хотя еще в 1914 г. при выборе генерал-квартирмейстера Алексеев ставил на первое место Дитерихса, а Пустовойтенко — на последнее, для четкого, своевременного исполнения поручений своего начальника он вполне подходил. В отношении Борисова считалось, что он нужен как человек, обладавший «большим военным образованием и оригинальным умом». «Алексеев искал в нем то, что ему самому так не хватало — яркую оперативную мысль. Но он боялся ее и ни одного из планов Борисова не привел в исполнение, хотя советовался с ним». Следует отметить, что Алексееву действительно удалось поднять значение должности Начальника штаба Главковерха на значительно большую высоту, но сравнению с его предшественниками и преемниками, что позволяло более успешно контролировать весьма разностороннюю жизнь Ставки.
Но в отдельных случаях Наштаверх, не ожидая очередного прихода Государя в здание квартирмейстерской части, сам, «надев шашку», уходил после завтрака в губернаторский дом для согласования тех или иных вопросов. Генерал Деникин, называвший Алексеева «фактическим руководителем Вооруженных сил Русского государства», отмечал: «Такая комбинация, когда военные операции задумываются, разрабатываются и проводятся признанным стратегом, а “повеления” исходят от верховной — и притом самодержавной — власти, могла быть удачной». При этом, правда, он подчеркивал весьма показательный психологический момент: «Государь не имел достаточной властности, твердости и силы характера, и генерал Алексеев, по тем же причинам, не умел “повелевать именем Царя”».
Наверное, можно было бы согласиться с мнением, что «настоящим Верховным Главнокомандующим становился новый начальник штаба — М.В. Алексеев» и «Император смотрит на все глазами Алексеева», если не учитывать, что Николай II отнюдь не отличался слабоволием и психологически, в силу своего характера, последнее слово при принятии принципиальных решений все равно сохранял за собой. В многочисленных «всеподданнейших докладах», которые начальник штаба регулярно составлял Государю, обосновывались выгоды и недостатки тех или иных военных решений, но никогда не навязывалось их принятие или отвержение. Вопросы стратегического планирования, безусловно, согласовывались с Алексеевым, тогда как вопросы назначений и отставок, регулирования отношений среди командного состава, дипломатические — оставались в полной компетенции Николая II.