Произошли перемены и в высшем военном управлении. В июне 1915 г. был отправлен в отставку генерал Сухомлинов, давний оппонент Алексеева («Слава Богу, что Сухомлинова прогнали. Быть может, начнут теперь думать о том, без чего нельзя войны вести», — выражал надежду Алексеев в одном из своих писем сыну). На должность управляющего Военным министерством был назначен генерал от инфантерии А.Л. Поливанов. Во время поездки на фронт он встречался с Алексеевым в штабе фронта в г. Волковыске и сообщил ему о скором принятии Государем верховного командования и о назначении Михаила Васильевича на должность начальника штаба Главковерха. Правда, перед назначением на столь высокий пост 5 августа 1915 г. последовало назначение на должность Главнокомандующего армиями Западного фронта (Северо-Западный фронт был разделен на Северный и Западный). Но уже 18 августа состоялось официальное назначение Алексеева начальником штаба Верховного Главнокомандующего, и в Могилев он прибыл вечером 19 августа. А 23 августа Николай II записал в своем дневнике: «В 3.30 прибыл в свою Ставку в одной версте от гор. Могилева. Николаша (Великий князь Николай Николаевич. —
Несмотря на многие разногласия Алексеева со Ставкой, высшее военное командование и прежде ценило его знания и опыт, особенно проявившиеся во время «великого отступления». Не случайно поэтому перевод генерала на более высокую должность предполагался еще до принятия Государем верховного командования. По воспоминаниям о. Георгия Шавельского, «наш Верховный Главнокомандующий Великий князь Николай Николаевич, посетив штаб генерала Алексеева, повеселел. Опрошенный о причине этого близкими к нему людьми, Великий князь ответил: “Повеселеешь, батюшка мой, поговоривши с таким ангелом, как генерал Алексеев… какая разница во всем: бывало, что ни спросишь, либо не знают, либо знают кое-что, а теперь на все вопросы — точный ответ. Все знает: сколько на фронте штыков, сколько снарядов, сколько в запасе орудий и ружей, продовольствия и одежды; все рассчитано, предусмотрено… Будешь, батюшка, весел, поговоривши с таким человеком”».
По-иному смотрел на перспективы своего «повышения» сам Михаил Васильевич. «Тяжело мне сейчас, а скоро будет еще тяжелее… не но количеству работы, а потому что по неисповедимым указаниям Господним я скоро опять переменю место и стану в такой среде, в такой атмосфере, которую я не знаю, боюсь, к которой не подготовило меня мое скудное воспитание и незаконченное для высокого света образование», — так писал Алексеев о своем предстоящем «повышении»: «С тревогой смотрю на свое будущее. Затруднятся мои отношения, а увеличится моя ответственность. Куда ведет меня воля Господня — не знаю, и нужно претерпеть до конца. Пока только могу сказать это; скоро решится вопрос, и я, к сожалению, должен буду покинуть фронт».
Вряд ли можно считать, что генерал что-либо приукрашивал или лукавил, говоря о своем настроении и ожиданиях при известии о переводе из штаба фронта в Ставку. Сама по себе штабная работа его не смущала, его опыта было вполне для этого достаточно. Но он действительно, будучи чуждым светским манерам и условностям, не «вписывался» в сложившийся стереотип «свитского» поведения, столь типичного для многих «генерал-адъютантов», составлявших окружение Государя Императора. Только вера и надежда на «волю Господню» укрепляла Михаила Васильевича в столь ответственном решении.
Показательно, что вскоре по вступлении в должность Начштаба Главковерха Михаил Васильевич отдал утвержденную Государем директиву о прекращении отступления русских войск (26 августа 1915 г.), хотя немецкое наступление еще продолжалось. Последней попыткой сокрушить русский фронт, достаточно авантюрной даже по признанию самих немецких командиров, стал прорыв 31 августа 1915 г. кавалерийской группы противника из шести дивизий под Свенцянами, у Постав Сморгони. Данный рейд представлялся Алексееву не таким уж «бессмысленным», а напротив, довольно опасным, поскольку его успех угрожал разрывом тыловых коммуникаций, вероятным выходом на «Московскую дорогу», ликвидацией и без того скудных военных баз, коммуникаций и тыловых магазинов.