Лемке в своих воспоминаниях пишет: «На доклад начальника штаба Царь ходит к нам из своего подъезда мимо нашего дома в наш подъезд. Его сопровождают дворцовый комендант, дежурный флигель-адъютант и казак конвоя… наш дежурный штаб-офицер встречает его снаружи у нашего подъезда, рапортует и провожает наверх. Алексеев и Пустовойтенко при оружии, встречают его на верхней площадке». Собственно Ставка, по мнению Лемке, ее «душа», — это генерал-квартирмейстерская часть: генералы Алексеев, Пустовойтенко, Борисов. «Царь очень внимательно относится к делу; Алексеев — человек очень прямой, глубоко честный, одаренный необыкновенной памятью… Новый штаб хочет отдалить себя от дел невоенных и стоит совершенно в стороне от придворных интриг; Алексеев и Пустовойтенко ничего не добиваются, ведут дело честно, не шумят, пыль в глаза никому не пускают, живут очень скромно».
На первом этаже размещалась мощная телеграфная станция, связывавшая Ставку с фронтами и Петроградом. Примечательный факт: «Алексеев приходил в аппаратную для разговора, несмотря на то что у него в кабинете же можно сделать переключение и разговаривать, никуда не выходя. Но он не хочет создавать хлопот для других из-за маленького своего удобства на десять минут».
К 10 часам утра Михаил Васильевич лично просматривал все донесения, полученные с фронтов за предыдущий день. По его мнению, доклад Главкому должен был быть максимально информативным (хотя бы и продолжительным), чтобы Николай II имел полное представление о положении на фронте, а также «чтобы у Государя не было даже мысли о том, что от него что-то скрывают». В первой, «информационной», «военно-стратегической» части доклада, содержавшей чтение донесений о положении всех 14 русских армий и 4 фронтов и указаний на крупномасштабной карте фронта, участвовали дежурный штаб-офицер Генерального штаба и (обязательно) генерал-квартирмейстер М.С. Пустовойтенко, занимавший при Алексееве аналогичные должности на Юго-Западном и Северо-Западном фронтах и переведенный в Могилев также по его инициативе. Во время второй части доклада, содержавшей «обсуждение произошедшего, принятие решений, назначения, рассмотрение важнейших государственных вопросов», анализа общего состояния внутренней и внешней политики, Алексеев оставался наедине с Государем, и содержание этих бесед не знал никто. Правда, иногда это удавалось сделать Лемке, который попросту подслушивал доклады Алексеева Государю через дверь и непрочную комнатную перегородку. По его оценке, Михаил Васильевич «очень ясно и громко читает по заранее заготовленному конспекту; Царь переспрашивает и интересуется не делом, а мелочами, фамилиями близких и т.п. Доклад делается Алексеевым в присутствии Пустовойтенко только в первой, оперативной части, а потом тот выходит и ждет конца, чтобы вместе с начальником штаба проводить Царя вниз». В половину первого пополудни начинался завтрак, после которого наступало время приема Государем прибывших из Петрограда министров, высокопоставленных чиновников. Прием продолжался до трех часов, после чего Николай II отправлялся на прогулку и возвращался к штабным делам после шести часов вечера.
На основании подготовленных Алексеевым материалов составлялся, при необходимости, обобщенный доклад, с которым Государь выступал уже от своего имени. Борисов, также переведенный в Ставку Главковерха (хотя и на малозначимую должность «генерала для поручений»), отмечал, что Алексеев «в области оперативной работы отлично знал, что Государь привык в торжественные минуты воспроизводить заранее установленную и обсужденную тему, а не действовать по импровизации, по вдохновению. Так, на совещаниях собираемых в Ставке Главнокомандующих фронтов Алексеев всегда просил меня подрабатывать заранее, по мере хода совещаний, материал для того резюме-заключения, которое Государь как Верховный Главнокомандующий произносил в последнем совещании». По воспоминаниям Брусилова, во время совещания 1 апреля 1916 г., на котором обсуждались перспективы наступлений фронтов, в том числе будущего Брусиловского прорыва, Николай II «прениями не руководил, а обязанности эти исполнял Алексеев. Царь же все время сидел молча, не высказывал никаких мнений, а, по предложению Алексеева, своим авторитетом утверждал то, что решалось прениями Военного Совета и выводы, которые делал Алексеев».