Царь Борис велел дать ход доносу дворян князя Ивана Ивановича Шуйского на своего господина. Яшка Иванов, сын Марков, и его брат Полуехтко обвиняли князя в колдовстве и сборе «кореньев» (видимо ядов). Марков был награжден царем, но и Шуйские не были наказаны. Царь попросту их немного попугал. Как свидетельствуют разрядные книги, служебная карьера Василия Ивановича Шуйского и его братьев при Годунове шла достаточно хорошо. Некоторые историки утверждают, что Борис запретил Василию Ивановичу Шуйскому жениться, но это вымысел. Как и в остальных случаях, «злодей» Борис был ни при чем. От первой жены княжны Елены Михайловны Репниной у Василия Шуйского были только две дочери. Еще до вступления Бориса Годунова на престол Шуйскому каким-то образом удалось развестись с женой. Во втором браке — с Марьей Петровной Буйносовой-Ростовской у Шуйского родилась еще одна дочь. Да и зачем награждать чинами и одновременно смертельно унижать ближнего боярина? А главное, что толку? У Шуйского были младшие братья, так что у Шуйских и так хватало претендентов на престол (и это еще без Скопиных-Шуйских).
Более круто Борис обошелся с Богданом Бельским. В июне 1599 г. Бельский был назначен воеводой в войске, сосредоточенном в районе Северного Донца. Там по царскому указу было начато строительство цепи крепостей для защиты от крымских татар. Самую мощную крепость, Царев-Борисов, названную в честь царя, Бельский сделал своей резиденцией.
Гарнизон Царева-Борисова состоял из 46 выборных дворян, 214 детей боярских — рязанцев, тулян, каширян и белевцев, 2600 русских и украинских казаков, стрельцов и «немцев». Бельский не только не пытался поживиться за счет больших средств, отпущенных на строительство крепостей и содержание войск, но даже доставлял для ратников припасы из своих имений. В своем кругу пьяный Богдан хвалился, что де Годунов — царь в Москве, а он (Бельский) — царь в Цареве-Борисове и т.п. Естественно, доброжелатели донесли обо всем в Москву. В марте 1600 г. Бельский был арестован, а главным воеводой в Царев-Борисов назначен окольничий Андрей Иванович Хворостин.
Боярская дума признала Бельского виновным, но Борис не желал начинать казни. Поэтому Бельского наказали весьма оригинальным способом. «Государственный преступник» был привязан к «позорному» столбу, и царский медик шотландец Габриэль выщипал волос за волосом всю его длинную бороду. Потерять бороду тогда считалось большим бесчестьем. Бельский был лишен чина окольничего и отправлен в ссылку в Нижний Новгород.
Враги Годунова использовали наказание Бельского, чтобы запустить очередную «утку». Бельский-де был наказан за то, что он покаялся духовнику в страшных преступлениях. Он-де по наущению Бориса Годунова умертвил в 1584 г. царя Ивана, а в 1598 г. — царя Федора. Испуганный духовник сообщил «тайну» патриарху, а Иов сообщил царю.
Скорее всего, источник пропаганды находился среди московских церковников, возможно, монахов Чудова монастыря. Иов допек многих умных и честолюбивых духовных лиц. А избавиться от него без свержения Бориса было нельзя. Эти церковники не могли не вступить в связь с мощным боярским кланом, соперничающим с кланом Годуновых. И таким кланом стали Романовы.
За два последних столетия наши историки до предела мифологизировали роль Романовых в Смутное время. На фоне злодея и неврастеника Бориса Годунова, отпетых негодяев Гришки Отрепьева и Тушинского вора перед нами предстоит доброе патриархальное семейство Романовых. Романовы-де имели самые большие права на престол, но им чуждо стремление к власти, они далеки от политических интриг. И вот за эту доброту и бескорыстность все правители, начиная с царя Бориса и кончая Тушинским вором, всячески мучают праведное семейство. Наконец храбрый воевода освобождает Москву от злых иноземцев, и весь народ, начиная с самого воеводы и кончая простым казаком, молит юного ангелоподобного отрока стать царем московским. Надо ли говорить, что тут не обошлось без вмешательства небесных сил. Отрок и его мать долго отказываются, они, мол, никогда и не думали, чтобы Миша мог стать царем.
Миф о Романовых нашел отражение даже в пушкинском «Борисе Годунове». Там дворянин Афанасий Пушкин говорит Рюриковичу Шуйскому:
Ну ладно, что князья Сицкие и Шастуновы уже три года, как прощены и исправно служат Борису, поэт мог и не знать, но чтобы Шуйский — потомок Андрея Ярославовича и ненавистник выскочек Романовых признал их «знатнейшими меж нами» и «отечества надеждой»... Это уже топорная лесть, граничащая с издевательством над семейством Романовых.
Пушкин писал П.А. Вяземскому сразу после окончания «Годунова»: «Жуковский говорит, что царь меня простит за трагедию, — навряд, мой милый. Хоть она и в хорошем духе писана, да никак не мог упрятать всех моих ушей под колпак юродивого. Торчат!»