Александр Никитич в 1586 г. стал рындой, а в 1597 г. ему пожаловано боярство. Смолоду он женился на Евдокии, дочери Ивана Юрьевича Голицына. Брак был недолговечен. 1 августа 1597 г. Евдокия умерла. Вскоре Александр вступает во второй брак — с Ульяной Семеновной Погожевой. Оба брака его были бездетными.
Младший сын Никиты Романовича, Иван Никитич Каша, в 1591 г. становится стольником. В 1599 г. он служит чашником при царе Борисе во время приема шведских послов. До ссылки он холост, и лишь в 1606 г. вступает в брак с княжной Ульяной Федоровной Литвиновой-Мосальской, род которой велся от князя Михаила Черниговского.
В отличие от большинства княжеских родов Рюриковичей и Гедиминовичей, да и многих родов старомосковской нетитулованной знати, во время правления Ивана Грозного вотчины Захарьиных-Юрьевых не только не сократились, но и значительно увеличились. После женитьбы на Анастасии Романовне Иван IV щедро наделил ее родню вотчинами, о чем сообщается в его духовной. В числе пожалованных были укрепленные городки Скопин и Романово городище на юге страны, построенные для защиты от набегов крымских татар. Вместе с этими городами Захарьины-Юрьевы получили и окрестные села.
При организации опричного корпуса Захарьины-Юрьевы потеряли ряд вотчин в Костромском и Суздальском уездах, где до опричнины владели вотчинами Роман Юрьевич Захарьин, сын его Данила и племянник В.М. Юрьев. Но в качестве компенсации Захарьины-Юрьевы получили вотчины в других местах.
Казни родственников Романовых-Захарьиных из ветвей Захарьиных-Михайловых и Захарьиных-Яковлей, как ни странно, пошли потомству Романа на пользу. Как известно, в конце царствования Иван Грозный велел составить перечень опальных и часть конфискованных земель отдал уцелевшим родственникам казненных. Так, в конце 70 — начале 80-х годов Никите Романовичу Захарьину-Юрьеву и его сыновьям были пожалованы родовые вотчины Протасия Васильевича Захарьина-Михайлова и бояр Яковлей. Эти вотчины находились в Московском, Костромском, Бежецком и других уездах.
Наконец, в приданое Федор Никитич Романов получил село Домнино в Костромском уезде и село Климянтино в Углическом уезде.
Богатство Романовых хорошо характеризует заем, выданный Никитой голландской купеческой компании — 20 тысяч рублей. При этом боярин взял грабительские 85 процентов годовых. Любопытно, что английский посол Боус утверждал, что этот заем был замаскированной формой взятки, и голландцы сделали Никиту Романовича своим «агентом влияния».
После смерти Ивана Грозного Захарьины-Кошкины вступают в тактический союз с кланом Годуновых. Слабостью Романовых было то, что о царице Анастасии, умершей 36 лет назад, почти все забыли, а цветущая Ирина делила ложе с царем. Мало того, у Романовых не было достойного кандидата в цари.
Никита Романович был стар и болен, а его старший сын Федор слишком молод по понятиям того времени.
Последствия союза с Годуновыми сказались сразу. К сентябрю 1584 г. боярство получает князь Федор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 г. боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Федор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.
Совместными усилиями кланов Годуновых и Романовых в 1587 г. Шуйские были разгромлены. Роль Романовых после этого значительно возрастает. Старший из них, Федор Никитич, в 1590 г. получает боярство и становится одним из руководителей Боярской думы. В 1596 г. Федор Никитич был назначен царем Федором (читай Борисом Годуновым) вторым воеводой правой руки, то есть вторым по рангу военачальником на Руси.
Союз Годуновых и Романовых фактически распался в 1598 г. после смерти царя Федора. Но открыто выступить против претензии Бориса на царский престол Романовы не рискнули. В 1598 г. ни Романовы, ни их многочисленная родня даже не заикнулись о кандидатуре Федора Никитича. Лишь спустя 15 лет Романовы начали рассказывать сказки о том, что де царь Федор на смертном одре завещал престол Федору Никитичу Романову.
Но, с другой стороны, Романовы не поддержали и Бориса в самые трудные для него дни. Видимо, Романовы участвовали в попытке возведения на престол низложенного царя Симеона Бекбулатовича и в других интригах против Бориса, но никакими достоверными данными на этот счет историки не располагают.
Не было претензий к Романовым и у новоизбранного царя Бориса. Мало того, в сентябре 1598 г. царь Борис пожаловал боярство Александру Никитичу Романову, а также романовской родне Михаилу Петровичу Катыреву-Ростовскому и князю Василию Казы Кардануковичу Черкасскому. Формально Романовым не на что было жаловаться, и мирное сосуществование Романовых и Годуновых длилось до 1600 г.
В конце 1599 — начале 1600 г. Борис Годунов тяжело заболел. К осени 1600 г. состояние здоровья царя настолько ухудшилось, что он не мог принимать иностранных послов и даже самостоятельно передвигаться — в церковь его носили на носилках.