18 марта 1584 г. внезапно умирает царь Иван. К этому времени все мужское потомство Захарьиных и Яковлевых или перемерло, или было казнено царем. В живых остался лишь Никита Романович Захарьин и его дети, которых по деду стали называть Романовыми.
Никита Романович оказался самым плодовитым в роду Захарьиных. От двух жен — Варвары Ивановны Ховриной и Евдокии Александровны Горбатой-Шуйской — он имел пятерых сыновей и пятерых дочерей (Федора, Михаила, Александра, Василия, Ивана, Анну, Евфимию, Ульяну, Марфу и Ирину). Из них только Ульяна умерла в младенчестве, в 1565 г. Старшая дочь Анна была выдана замуж за князя Ивана Федоровича Троекурова. Рюриковичи Троекуровы вели свой род от ярославских удельных князей.
Иван и Анна Троекуровы нажили двоих детей — Бориса и Марину. 6 декабря 1586 г. Анна Никитична умерла, а И.Ф. Троекуров взял новую жену — Вассу Ивановну.
Дочь Евфимию Никита Романович выдал за князя Ивана Васильевича Сицкого.
Марфа стала женой Бориса Камбулатовича Черкасского. Он был сыном кабардинского владетеля Камбулата — родного брата Темрюка, отца Марии — второй жены Ивана Грозного. Два сына Камбулата — мурзы Хокяг и Хорошай — приехали на службу в Москву, крестились и получили имена Гавриил и Борис Камбулатовичи. В 1592 г. Борис становится боярином. У Марфы Никитичны и Бориса Камбулатовича было трое детей — Иван, Ирина и Ксения. Иван при царе Михаиле стал боярином, Ирина выдана за боярина Федора Ивановича Шереметева, а Ксения — за Ивана Дмитриевича Колычева.
Младшая дочь Никиты Романовича Ирина вышла замуж за боярина Ивана Ивановича Годунова. Потомства у них не было.
Наиболее выдающейся личностью из большой семьи Никиты Романовича стал его старший сын Федор. Он был красив и статен. Он, по-видимому, первым из московской знати стал брить бороду и носить короткую прическу. О щегольстве Федора и умении одеваться иностранные послы говорили, что если московский портной хотел похвалить свою работу заказчику, то он говорил: «Вы теперь одеты как Федор Никитич».
В 1586 г. Федор прямо из рынд прыгнул в бояре. В 1590 г. он женился на Ксении Ивановне. В торжественном обряде венчания участвовал сам царь Федор и боярин Борис Годунов. Остается лишь единственный вопрос: на ком женился Федор Никитич и кто стал матерью царя Михаила? Об этом уже свыше трехсот лет спорят историки. Имя и отчество невесты точно известно, вопрос только в фамилии.
Ряд историков XIX века, как, например Б. Филатович, утверждает, что Федор Никитич женился на дочери дворянина Ивана Васильевича Шестова. Многие историки (С.М. Соловьев, С.Ф. Платонов и др.) попросту обходят этот вопрос. На мой же взгляд, ближе всего к истине мнение П.Н. Петрова, автора «Истории родов русского дворянства», который считает женой Федора Никитича Ксению Ивановну Шастунову, дочь князя Ивана Дмитриевича Шастунова. Шастуновы, как уже говорилось, ведут свой род от ярославских удельных князей. Петров писал: «Что же касается предположения о происхождении великой старицы из фамилии Шестовых — потому что жена полкового головы Ивана Васильевича Шестова Марья вдовою уже подвергалась ссылке в 1601 г. в город Чебоксары и там пострижена — это еще не доказательство в пользу неотмененного родства ее с женою Федора Никитича Романова. Незнатность при Грозном представителя Шестовых — один из аргументов, говорящих против допущения союза с дочерью полкового головы — двоюродного брата государя, когда род князей Шастуновых, на который указывают издавна, как на родственный по матери царю Михаилу, описыватели усыпательницы Романовых в Новоспасском монастыре — конечно, составлял более приличную партию.... А что незнатен был Иван Васильевич Шестов, хотя и храбрый человек, доказывает нахождение подписи его в низшей статье дворян на земском соборе по поводу предстоящей войны с Польшею, по истечении срока перемирия (2 июля 1566 г.). Неаристократическую же родню в семьи свои не принимала старинная московская аристократия, в XVI веке еще более надменная, чем после26».
Кстати, Романовы породнились с Шастуновыми посредством брака боярина Федора Дмитриевича Шастунова с Фетиньей Даниловной Романовой. Фетинья приходилась двоюродной сестрой Федору Никитичу. Брак Фетиньи был бездетным, и естественно желание Романовых еще раз породниться со знатным родом Шастуновых. Замечу, что и ранее никто из дочерей Романовых-Захарьиных-Юрьевых не выдавался за бедных дворян.
Федор Никитич оказался плодовит: с 1592 по 1599 г. у него родилось шесть детей, но выжили лишь двое — Татьяна и Михаил, а остальные умерли в младенчестве (Борис и Никита в 1593 г., Лев в 1597 г. и Иван в 1599 г.). Позже Татьяна выйдет замуж за князя Ивана Михайловича Катырева-Ростовского, а Михаил, родившийся 12 июля 1596 г., станет царем.
Об остальных, родившихся после Федора сыновьях Никиты Романовича известно крайне мало. В 1590 г. Михаил Никитич был пожалован в окольничие. Данных о его вступлении в боярство нет. Во всяком случае, он умер бездетным.