Враги Бориса распускали слухи о его невежестве. Эти сплетни подхватили многие позднейшие историки. На самом же деле Борис немедленно приступил к ряду реформ в России. Другой вопрос, что он вел их более мягкими методами и не столь быстро, как Петр I.
Наибольшие аналогии напрашиваются в отношениях с заграницей. Так, Борис начал активно принимать в России иностранцев. Еще при царе Федоре он пригласил в Россию известного английского математика и астролога Джека Ли, предложив ему две тысячи фунтов ежегодного содержания. Тот отказался, но зато в 1598—1603 гг. в Россию прибыло несколько тысяч европейцев, в основном немцев. Впервые в истории в Москве Борис разрешил построить лютеранский храм. Опять же впервые в России в 1600—1601 гг. было сформировано подразделение из немецких и других наемников для охраны Кремля. Однажды знаменитый келарь Троице-Сергиева монастыря Авраамий Палицын упрекал царя за то, что тот убеждает своих приближенных бояр остричь себе бороды.
Царевич Федор Борисович при помощи иностранцев сумел начертить первую карту России. Вплоть до Петра I она оставалась единственной картой, напечатанной в России.
Годунов первым из московских правителей отважился отправить русских детей на обучение за границу. Шесть мальчиков поехали учиться в Сорбонну, пятеро было послано в университет в Любек, четверо — в Лондон. Всего учиться за границу уехало восемнадцать человек.
Борис мечтал открыть в Москве университет и уже набрал несколько иностранных преподавателей. Однако Смута покончила с его мечтами. Университет так открыт и не был, а из восемнадцати юношей, отправленных учиться за границу, вернулся в Россию лишь один — Игнатий Алексеев, сын Кучкин. Он провел восемь лет в Любеке. В 1610 г. Кучкин попытался морем вернуться на родину, но его корабль был захвачен шведами и отведен в Колывань (Ревель). Лишь через несколько месяцев Кучкину удалось вернуться из шведского плена. Не будем винить остальных «студентов». Кто захочет после Оксфорда или Сорбонны ехать в охваченную войной и мятежом страну, не имеющую законной власти?!
В царствование Бориса увеличилось число и тиражи печатных книг. Руководил Печатным двором Андроник Тимофеев Невежа, а потом его сын Иван Андроников Невежин, который в послесловии к «Цветной триоди» восхвалил Бориса: «И о сем богодухновенных писаний трудолюбственнем деле тщание велие имел и с прилежным усердием слова истины исправляя, делателей же преславного сего печатного дела преизобилие своими царскими уроки повсегда удоволяя, и дом превелик устроити повеле: в нем же трудолюбному сему книжного писания печатному делу совершатися».
При Годунове по всей стране закипело строительство. Именно при нем построили колокольню Ивана Великого. Были построены новые зубчатые стены Кремля. Мощные стены опоясали Китай-город. Впервые в России в Кремле был создан водопровод. По всей стране от Смоленска до Астрахани Годунов строил каменные цитадели.
В историографии давно утвердилась стереотипная формулировка, что, взойдя на престол, Борис Годунов начал тотальную борьбу с «феодальной аристократией». На самом же деле Борис проводил по отношению к знати гибкую политику, индивидуально подходя к каждому клану и группировке. Чтобы не быть голословным, приведу перечень назначений за первые полтора года царствования Бориса. По случаю своего венчания на царство в сентябре 1598 г. Борис щедро раздает думные чины. Боярами в это время становятся князь Михаил Петрович Катырев-Ростовский, Александр Никитич Романов (из кравчих), князь Андрей Васильевич Трубецкой, князь Василий Казы Карданукович Черкасский, князь Федор Андреевич Ноготков-Оболенский. Чином конюшего был пожалован боярин Д.И. Годунов. Чин окольничего получили Никита Васильевич, Семен Никитич, Степан Степанович и Матвей Михайлович Годуновы, Б.Я. Бельский (из оружничих), Михаил Михайлович Кривой-Салтыков, Михаил Никитич Романов, князь Василий Дмитриевич Хилков-Стародубский, Фома Афанасьевич Бутурлин. В казначеи был произведен думный дворянин И.П. Татищев. Чин кравчего (на место А.Н. Романова) получил Иван Иванович Годунов. 25 декабря 1598 г. в дворецкие был произведен боярин С.В. Годунов. В конце 1598 — начале 1599 г. чин думного дворянина получил Евстафий Михайлович Пушкин. К январю 1599 г. в думные дворяне был пожалован ясельничий Михаил Игнатьевич Татищев.
Внимательный читатель уже заметил, что среди пожалованных много Романовых и их родни, и даже Бельских — явных врагов Бориса. Из этого следует, что Борис сделал вид, что не заметил недружественной позиции Романовых во время кризиса 1598 г. Худородных Бельских он, видимо, вообще не считал опасными и протянул им руку.