Интерес представляет и отношение Бориса Годунова к запорожским казакам. С казаками нужно было держать ухо востро. В 1588 г. казаки, проживавшие в Каневе, Черкассах и Переяславле (то есть не запорожские, а малороссийские), внезапно явились в Воронеж и объявили воронежскому воеводе, что они собрались вместе с донцами воевать татар и потому просят дать им отдохнуть и покормиться в Воронеже. Воевода, не подозревая ничего дурного, поселил казаков в остроге и велел выдать им корм. Но с наступлением ночи казаки неожиданно подожгли город. Воспользовавшись паникой, казаки начали грабить, убили и захватили в плен несколько десятков горожан и ратных людей и благополучно ушли восвояси. Царь Федор обратился с жалобой на казаков к киевскому воеводе князю Острожскому, и воевода дал такой ответ: «Паны радные писали к князю Александру Вишневецкому, велели ему схватить атамана запорожского, Потребецкого с товарищами, которые сожгли Воронеж. Паны грозили Вишневецкому, что если он не переловит казаков, то поплатится головой, потому что они ведут рамирию с государем московским». Вишневецкий сумел захватить атамана Потребецкого с семьюдесятью товарищами. Атаман был казнен, а что стало с остальными — неясно.
Тем не менее, отношения России с запорожскими и мало-российскими казаками были неплохие. Так, в апреле 1589 г. Москва послала дьяка Афанасия Зиновьева на переговоры с запорожским атаманом Матвеем. Зиновьев отыскал Матвея на реке Донце. Атаман заявил, что он служит государю (московскому) «прямую службу» и подал царю Федору челобитную о пожаловании казакам продовольствия, так как они за недостатком пропитания вынуждены есть все, что попадалось под руку, даже разные травы. Царь, узнав об этом, послал казакам запасы муки и толокна на сто рублей денег для раздела на 620 человек и, кроме того, особые подарки атаманам. Запорожские и малороссийские казаки были нужны Москве для войны с Крымом, и казакам регулярно отправлялось продовольствие, деньги, оружие и порох.
Однако казаки, как и польские паны, не представляли собой централизованной силы. Отряды «черкасов» (так называли на Руси и малороссийских, и запорожских казаков, причем часто отличить их было практически невозможно) эпизодически наведывались пограбить в московские пределы.
Так, в 1591 г. царю Федору бил челом (то есть написал грамоту) волжский казацкий атаман Болдырь. Он жаловался, что в 1589 г. его отряд (видимо на стругах) на Волге был побит черкасами. Самого Болдыря держали в плену шесть недель. Но в конце концов ему с товарищами удалось бежать да еще захватить с собой трех «воров» черкас, которых он сдал воеводе в Переволочне (на Волге). Затем Болдырь и его отряд выполняли функции спецназа — царь послал их из Царицына за воровскими атаманами и казаками Андрюшкой Голощапом с товарищами. Болдырь Голошапа поймал. Затем Болдырь был послан на реку Медведицу за воровскими казаками, поймал четырех человек. Посылали Болдыря из нового города Саратова, и он поймал воровского атамана Щеголева. Болдырь просил государя за службу пожаловать «как его (то есть царя) Бог известит». Бог или Годунов известили Федора, что особо много Болдырю давать не следует, и тот был награжден сукном на один рубль денег. Кстати, в 1606 г. именно Болдырь устроил авантюру с «царевичем Петром», мнимым сыном царя Федора Иоанновича.
Челобитная Болдыря показывает масштабы разбоев на юго-восточных рубежах страны еще до начала царствования Бориса. Задолго до 1598 г. в юго-западной, южной и юго-восточной областях России сложилась взрывоопасная ситуация. По периметру российских границ от Смоленска до Казани страну окружали не централизованные государства, а шайки разбойников — польских панов, малороссийских казаков, крымских татар и десятки различных орд от ногайцев до казанских татар.
Для борьбы с набегами московские власти еще со времен Ивана Грозного строили «засечные черты», то есть линии укреплений вдоль границ. Узлами обороны засечных черт были небольшие крепости, гарнизоны которых сочетали пассивную оборону с активной. При нападении крупных сил неприятеля гарнизон садился в осаду, а когда «воров» было мало, из крепости вылетал конный отряд на поиски очередной шайки. Жизнь в таких гарнизонах была трудна и опасна. Дворяне и ратники из Москвы и других городов ехали на засечные линии только в принудительном порядке. Контроль из Москвы над воеводами и ратниками в засечных линиях и малых крепостях был минимальный.
У отчаянных удальцов, стоявших на рубежах земли Московской, перспектив пойти на повышение в Москву и обзавестись вотчинами было ничтожно мало. В случае возникновения любой смуты они ничего не теряли, но могли приобрести очень многое. Таким образом, истоки Смуты заключались не в притеснениях крестьян или убиении младенца Борисом Годуновым, как нам уже много лет твердят историки, а в росте «антигосударственного элемента»23 по дуге Смоленск — Казань в сочетании с интригой бояр Романовых, подставивших самозванца.