Мушкетный огонь "скирмишеров" Хукера * начался еще до рассвета. К шести часам утра корпус Хукера обрушился на левый фланг конфедератов, вынуждая Ли перебрасывать все больше и больше людей из центра и справа, чтобы предотвратить прорыв федералов. Готовность Ли идти на большой риск говорит о том, что он спокойно разделил свою правую часть, чтобы встретить кризис слева. Если бы Макклеллан предпринял атаку справа от Ли в то самое время, когда войска Хукера оттесняли Худа через Кукурузное поле к Данкер-Черч, вся позиция Ли под Шарпсбургом могла бы рухнуть, но, возможно, Ли уже чувствовал, что Макклеллан не полностью контролирует ход сражения. Многочисленные холмы и гряды, а также резкие изгибы и лесистые берега ручья разбивали местность вокруг Шарпсбурга на три отдельных поля боя. Ли, который скакал с одной стороны сражения на другую, пользуясь внутренними линиями, имел четкое представление обо всем сражении. Макклеллан, напротив, решил создать постоянный штаб в миле за ручьем Антиетам. В результате он позволил своему сражению распасться на три несогласованные части: одну слева от Ли утром, одну в центре около полудня и одну справа во второй половине дня. Если бы Макклеллан поскакал вперед и сумел провести хотя бы две из этих мощных атак одновременно, он, возможно, смог бы вытеснить Ли из Шарпсбурга и отступить за Потомак, но к полудню он позволил этой возможности ускользнуть.
Несмотря на это, рано утром произошел один из самых кровопролитных боев за всю войну: артиллерийский огонь и массированная стрельба из мушкетов срубили кукурузные стебли и деревья, а вместе с ними и ряд за рядом людей, которые лежали так аккуратно, словно их скосили косой. Даже "Боевой Джо" Хукер, большой любитель выпить и отъявленный ловелас, * едва ли поэтическая душа, который, по словам Гранта, был "опасным", а также "непокорным", описал эту сцену с глубоким чувством, о котором большинство людей и не подозревали: "Каждый стебель кукурузы в северной и большей части поля был срезан так близко, как только можно было сделать ножом, и убитые [конфедераты] лежали в рядах точно так же, как они стояли в своих рядах за несколько мгновений до этого". Это была бойня с обеих сторон, когда штурм за штурмом проходил по телам убитых и раненых под непрерывным артиллерийским огнем с близкого расстояния и непрекращающимся мушкетным огнем, и все это в туманной дымке, освещенной яркими вспышками выстрелов и разрывами снарядов. Люди стреляли до тех пор, пока их оружие не загрязнялось сгоревшим порохом или не кончались боеприпасы, а затем сражались штыком или использовали оружие в качестве дубинок. В некоторых полках потери достигали почти 70 процентов. Даже техасцы Худа в конце концов были отброшены назад, пока федералы продвигались к церкви Данкер. Около 7:30 утра, осматривая местность, Ли сообщили, что без подкреплений "день может быть потерян". Он ответил, мягко, но твердо: "Не волнуйтесь, полковник; идите и скажите генералу Худу, чтобы он держался на месте, подкрепления сейчас быстро прибывают между Шарпсбургом и бродом".
Невозмутимость Ли была одним из важнейших оружий Армии Северной Вирджинии: его вежливый вид и видимое отсутствие страха вблизи линии огня воодушевляли солдат и, несомненно, пристыдили многих солдат, испытывавших страх, заставив их вести себя мужественно. У него не было наполеоновского таланта к драматическому жесту; вместо этого войска поражала бесстрастность Ли: его спокойное мужество и уверенность в победе. Тем не менее, в течение дня был один момент, когда Ли все же позволил своему гневу вырваться наружу. Он по-прежнему был обеспокоен медлительностью войск, шедших из Харперс-Ферри к месту сражения, и был взбешен растущим числом отставших и дезертиров именно тогда, когда ему нужен был каждый человек. Скача вперед к Данкер-Черч, он столкнулся с конфедератом из войск Джексона, который возвращался с линии огня в свой лагерь, неся тушу украденной свиньи. Побледнев, Ли резко приказал "отправить этого человека к Джексону с приказом застрелить его в качестве предупреждения для армии и поскакал дальше". В итоге Джексон, знавший своих людей лучше, чем Ли, приказал не расстреливать солдата, а отправить его в самую горячую часть сражения. Солдат так отличился, что Джексон простил его. Верный помощник Ли полковник Лонг, обычно не склонный к шуткам в адрес Ли, заметил: "Можно сказать, что, хотя [солдат] потерял свою свинью, он "спас свой бекон"". Лонг также вспомнил, что это был один из двух случаев за всю войну, когда Ли действовал в "горячей страсти". Ли, отметил он с некоторой клинической отстраненностью, "не отличался вспыльчивостью, а, напротив, был человеком решительного характера и сильных страстей; однако он настолько полностью контролировал себя, что мало кто знал, чтобы он когда-либо отклонялся от привычного спокойного достоинства облика".