Все еще не понимая намерений Джонстона, Ли с удивлением увидел, как к нему подъехал и сошел с коня столь же озадаченный президент Дэвис. Вместе они прошли к задней части дома и прислушались к звукам нарастающего сражения. Не раздумывая, они сели на коней и поскакали по дороге навстречу стрельбе. Через несколько минут они попали под шквальный огонь артиллерийской батареи Союза слева от них и оказались в центре ожесточенного боя в густом кустарнике и лесу по обе стороны дороги. Дым и густая листва закрывали им обзор сражения. К ужасу Ли, президент Дэвис поскакал прямо в бой, решив предупредить Магрудера, что тот должен заставить замолчать батарею Союза, действуя так, словно он был одним из помощников Магрудера, а не главой государства. Какова бы ни была степень политической мудрости Дэвиса, в его мужестве никто не сомневался. Ему удалось передать сообщение, но с наступлением полудня, когда стало светать, он и Ли оказались под непрерывным огнем в сражении, которое они не могли контролировать. Они даже не могли точно сказать, насколько велика битва и как она продвигается.
В этот момент из клубов ружейного дыма в сгущающемся мраке появился генеральный почтмейстер Рейган и попытался вывести Дэвиса из опасности. "Я протестовал, - писал он, - против ненужного воздействия президента и сказал им, что я только что оставил генерала Джонстона там, где он был в большой опасности, подвергаясь вражескому огню". Джонстон ответил Рейгану, что "сейчас не время искать безопасные места", и президент Дэвис, очевидно, считал так же, поэтому все они сели на лошадей под шквальным огнем стрелкового оружия и наблюдали, как последняя атака конфедератов на батарею Союза провалилась. С наступлением ночи они узнали от курьера, что и бригадный генерал Уэйд Хэмптон, и - что было более серьезной проблемой - сам генерал Джонстон были тяжело ранены.
Вскоре после этих новостей Джонстон появился "явно в безжизненном состоянии", его несли на носилках, испытывая такую страшную боль, что он не смог перенести тряску машины скорой помощи. Он был не в состоянии дать отчет о ходе сражения. Генерал-майор Г. У. Смит, который теперь был главным офицером на поле боя, явился, чтобы объяснить, что атака не удалась. Генерал-майор Лонгстрит, еще не ставший верным "старым боевым конем" Ли, пошел со своей дивизией не по той дороге. В возникшей неразберихе многие части Конфедерации не прибыли на поле боя, и генерал Джонстон утратил свое превосходство в численности. Оставался лишь один вопрос: отвести ли ему армию назад к Ричмонду или попытаться удержать ее нынешнюю позицию. Дэвис, с благословения Ли, приказал Смиту удерживать прежнюю линию. Все трое считали, что битва возобновится утром. На данный момент "темнота положила конец сражению, которое проходило при сильной непогоде и в море грязи". Действительно, бои с обеих сторон в течение следующих нескольких недель будут во многом определяться погодой: постоянно упоминаются разливы ручьев, постоянные дожди и грязь. Было "столько грязи... ...как будто воды только недавно сошли с лица земли". Вместе с этим повышалась температура, росла опасность малярии, дизентерии и желтой лихорадки, особенно для тех солдат, которые не привыкли к этому климату.
Макклеллан утверждал, что Фэйр-Оукс был "славной победой", но на самом деле это была ничья, причем довольно кровавая: примерно 5 000 жертв Союза против 6 000 Конфедерации. Бой был отчаянным, и с обеих сторон тактическое управление войсками было неумелым. Ли понял, что возможность нанести сокрушительный удар по левому флангу союзников упущена.
Дэвис и Ли в молчании поехали обратно в Ричмонд. Должно быть, им обоим было очевидно, что генерал Смит, хоть и был толковым, но не был достаточно старшим, чтобы оставить его за командующего. Наконец Дэвис приказал Ли немедленно принять командование армией. Возможно, он сделал это неохотно или за неимением лучшего варианта. Джо Джонстон вызывал всеобщее восхищение на Юге как победитель при Первом Манассасе, в то время как Ли считался способным администратором, "кабинетным человеком", а не командиром на поле боя. По мнению Дж. Ф. К. Фуллера, Дэвис сделал правильный выбор: "С 1 июня 1862 года и до своей капитуляции перед Грантом в Аппоматтокс-Кортхаусе Ли был центральной военной фигурой Юга, и никогда этот великий солдат не проявлял себя так, как в этот момент".
Его назначение не вызвало немедленного энтузиазма. Стоунволл Джексон был героем времени; Джонстон и Борегард считались самыми компетентными "боевыми генералами" Юга. Ли считался доверенным, беловолосым военным бюрократом, "выдающимся штабным офицером". Ему было пятьдесят пять лет, на три года больше, чем Наполеону на момент его смерти; он никогда не командовал армией в поле; и он не участвовал в боях с 1847 года.
В тот вечер Ли закрыл свой кабинет в Ричмонде, собрал небольшой штаб и написал первые приказы, впервые обратившись к своей армии под названием, под которым она станет так же бессмертно известна, как и ее командующий: "Армия Северной Вирджинии".