Под проливным дождем удрученные, голодные войска Конфедерации медленно возвращались туда, откуда начали свой путь. Неделя изнурения и страданий ничего не дала, и было ясно, что с наступлением зимы здесь уже ничего нельзя будет предпринять. Ли задержался в лагере достаточно долго, чтобы сообщить двум дочерям полковника Вашингтона о смерти их отца и написать губернатору Летчеру довольно банальное письмо о провале "экспедиции", возложив вину на погоду и тщательно избегая какой-либо критики в адрес людей или их офицеров. Любопытно, что, кроме обычных выражений смирения и недостойности, Ли в своем письме Летчеру очень скупо говорит о своих собственных промахах. Ему следовало с самого начала навязать Лорингу свою власть; следовало выбрать более опытного, чем Раст, офицера для руководства атакой на вершину; а когда Раст не пошел в атаку, Ли должен был сконцентрировать собственные силы и двинуть их вперед, чтобы атаковать в любом случае. Прежде всего, Ли должен был сам взять битву под свой контроль. Его выражения сожаления были мягкими по сравнению с поношением, которое вскоре обрушилось на его голову со стороны южной прессы; именно с этого времени публика, считавшая его слишком осторожным, чтобы командовать в бою, стала называть его "бабушкой Ли". Правда в том, что Ли не искал похвалы за то, что у него получалось, и не винил других или себя, когда что-то шло не так. Он видел во всем Божью волю и терпеливо сносил критику. Это святое поведение, но очень редкое среди генералов, и оно объясняет некую непрозрачность характера Ли, даже описанного его поклонниками. Даже его преданный помощник Уолтер Тейлор кажется озадаченным этим, а ведь ни один человек не был ближе к Ли.
19 сентября Ли отправился на юг, в долину Канава, где, казалось, разворачивалась еще одна потенциальная катастрофа Конфедерации. Наступление противника там угрожало как Вирджинской центральной, так и Оранжевой и Александрийской железным дорогам. Генералы Уайз и Флойд не только презирали друг друга, но теперь вообще отказывались сотрудничать; в результате Флойд отступил со "своей маленькой армией" под умеренным давлением Союза, а генерал Уайз отказался отступать со своей позиции у горы Сьюэлл, заявив, что намерен сражаться до конца и не обязан подчиняться приказу генерала Флойда. Ли, наконец осознав, что недостающим элементом обороны северо-западной Вирджинии была его собственная неспособность навязать свою волю непокорным или некомпетентным генералам, сумел заставить Флойда двинуться вперед; но и здесь, как и у Чит-Маунтин, плохая погода, скудные пайки и низкий моральный дух не позволили начать убедительную атаку. Почти четыре недели Ли пытался разобраться с беспорядком, который Уайз и Флойд самостоятельно устроили на ключевом участке, потеря которого поставила бы под угрозу две жизненно важные железные дороги. Уайз и Флойд стали прекрасными примерами того, как опасно давать политикам не только звание генерала, но и реальное активное командование в полевых условиях. Уайз был более агрессивным и смелым из них; Флойд через несколько месяцев навлечет на себя позор, бежав из форта Донелсон, когда Улисс С. Грант окружил и атаковал его, бросив командование генералу Бакнеру - эпизод, о котором Грант позже написал: "[Флойд] не был солдатом, и, возможно, не обладал элементами солдата", назвав его "непригодным для командования" - суждение, которое кажется умеренным и было разделено обеими армиями.
Как ни странно, именно осторожному Флойду Ли отдал предпочтение перед более импульсивным Уайзом. По его совету президент Дэвис отозвал Уайза в Ричмонд, оставив командовать Флойдом. К счастью для Конфедерации, плохая погода и робкий генералитет не позволили федералам воспользоваться ситуацией, и с наступлением зимы Ли смог стабилизировать своеобразный фронт. Это был своего рода триумф Ли, который преодолел хаос и нарушенную систему командования, и в конце концов своим присутствием он предотвратил катастрофу.