Даже Джефферсон Дэвис позже скажет, что Ли "вернулся, неся тяжелый груз поражения", но Ли не подавал никаких признаков этого. Он спокойно вернулся на свое место главного военного советника Дэвиса, а 5 ноября написал Мэри, что надеется встретиться с ней в Ширли, плантации Картеров на реке Джеймс, куда она отправилась после "лечения" в Хот-Спрингс, по дороге в Белый дом. Но на следующий день он получил приказ немедленно принять командование недавно сформированным Южным департаментом, который был создан для защиты побережья Южной Каролины, Джорджии и Флориды. Когда пришло известие о том, что большой флот федеральных военных кораблей и транспортов находится в море и направляется в Порт-Ройал, Южная Каролина, выбор Ли был вполне естественным, учитывая его опыт в строительстве укреплений и знакомство с местностью. С другой стороны, не исключено, что Дэвис, несмотря на свое признанное восхищение Ли, испытывал облегчение от того, что убрал его из Ричмонда, где Ли оставался весьма заметным объектом критики за то, что, по общему мнению, он неправильно провел кампанию в северо-западной Виргинии. Если Дэвис думал, что отправка Ли на юг решит эту проблему, то он ошибался. Страх, что Ли потеряет три юго-восточных штата, как он потерял северо-западную Виргинию, привел к протестам, включавшим "обход" со стороны офицеров Южной Каролины, и Дэвис был вынужден напомнить губернаторам Джорджии и Южной Каролины, что Ли не только полноценный генерал, но и "лучший из имеющихся". Однако на этот раз Ли настоял на том, чтобы командование было бесспорным. Его прибытие в Чарльстон вскоре прекратило все дальнейшие протесты. Если, поскольку у Юга все еще не было военно-морского флота, он не мог предотвратить блокаду юго-восточных портов американскими военно-морскими силами или нападение на укрепления Конфедерации с моря, то он, по крайней мере, предотвратил то, что легко могло бы стать катастрофой с потерей трех штатов.
Он основал свою штаб-квартиру в Кусавхэтчи, недалеко от Порт-Ройал-Саунд, где флот Союза уже обстреливал два форта Конфедерации. На этот раз он быстро установил свою власть. Ему сразу стало ясно, что он не сможет защитить все побережье трех штатов от нападения или даже от небольших десантов. Американский флот мог беспрепятственно плавать где угодно, а береговая линия длиной более 8000 миль состояла из бесконечных заливов, островов и бухт, любая из которых могла послужить местом высадки. Ли удалось собрать отряд из 6800 человек, большинство из которых не имели бы оружия, если бы в Саванне не появился блокадник Конфедерации с грузом винтовок Энфилда.