Ли писал Мэри: "Мои передвижения очень неопределенны, и я хочу выступить на поле боя, как только будут достигнуты определенные договоренности. Я могу отправиться в любой момент". Но это был оптимизм. Восемнадцать дней спустя он написал, что, несмотря на его стремление "выйти в поле", его "задержали дела, от меня не зависящие", и попросил ее не обращать внимания на слухи о том, что его собираются назначить "главнокомандующим армией Конфедеративных Штатов" - титул, который, напомнил он ей, принадлежал президенту Дэвису. Он "трудился, чтобы подготовить и вывести в поле войска Вирджинии, а также усилить, за счет войск других штатов, находящиеся под угрозой командования Джонстона, Борегара... и т. д.". Сочетание переутомления и бездействия привело к легкому ухудшению здоровья, которое ненадолго приковало его к постели. Тем не менее, он был ответственен за подкрепления и стратегию, которые привели к победе конфедератов при Первом Манассасе (или Первой битве при Булл-Ран, как ее называют на Севере). Впервые Ли использовал железную дорогу для быстрой переброски войск Джонстона из Винчестера на позиции Борегара в Манассасском перекрестке после начала сражения - амбициозный и смелый план, поскольку он оставлял Винчестер и долину Шенандоа на короткое время неприкрытыми. Но Ли уже знал, что не примет участия в сражении. На данный момент ему отводилась роль в штабе.
Из Кинлоха, дома Эдварда Тернера в Тороуфэр Гэп, округ Фокьер, где Мэри Ли остановилась "в более прохладной холмистой местности" в районе Булл-Ран, она написала письмо с просьбой к Ли купить ей ноты песни "Дикси", которая, хотя и была старой песней менестрелей, обычно исполняемой в черном обличье, стала неофициальным национальным гимном Конфедерации.* Один музыкальный издатель сообщил, что продажи были "совершенно беспрецедентными"; действительно, песня была настолько популярна, что у президента Дэвиса была музыкальная шкатулка, которая ее исполняла. Ли послал молодого человека купить копию, но ему пришлось доложить, что он обошел все места в Ричмонде и не нашел ее: "Полагаю, она исчерпана", - написал он ей. Книготорговцы говорят, что "Дикси" в Виргинии не найти".
Мэри продолжала переезжать с места на место, подталкиваемая на запад беспокойством мужа за ее безопасность, поэтому иронично, что, повинуясь его желаниям, она оказалась не более чем в тридцати милях от места сражения при Первом Манассасе и более или менее на прямом пути, по которому генерал Джонстон должен был привести свою армию, чтобы присоединиться к армии генерала Борегара при Булл-Ран. Ее дочь Милдред, или Драгоценная жизнь, как называл ее отец, присоединилась к матери и ее сестре Мэри Кьюстис в Кинлохе, взяв с собой по совету матери "всю свою зимнюю и летнюю одежду". Как заметила Мэри Ли, "лучше быть готовым к любой чрезвычайной ситуации". В Кинлохе они получили письмо от кузины Мэри Марки, которая только что посетила Арлингтон: "Бедный дом выглядел таким заброшенным, - писала она. "Кто бы мог в самых смелых мечтах представить себе все это прошлым летом? Всего год назад мы все были там, такие счастливые и умиротворенные". Горничная Мэри Селина провела ее по дому, Марки передала приветы от многих слуг семьи Ли, включая садовника Эфраима, и сообщила, что Том Титта, семейный кот, о котором Милдред очень беспокоилась, появился и "самым ласковым образом потерся своей маленькой головкой о мое платье".
В Ричмонде Ли был не более счастлив, чем в гостях у Мэри в Кинлохе. В те немногие часы, когда он отлучался от своего стола, он жил вместе с президентом и миссис Дэвис в отеле "Спотсвуд" - это означало, что Ли фактически являлся частью семьи Дэвиса, своего рода генералом, ожидающим президента. Это было неудобно для Ли, который не любил объяснять свои планы кому бы то ни было, тем более своему руководителю. Стратегия Ли заключалась в том, чтобы оставаться в обороне до тех пор, пока у Юга не будет лучшего снабжения людьми и оружием, поэтому он постоянно препятствовал рвению президента Дэвиса к большой битве, которая одним ударом установит авторитет Конфедерации среди иностранных правительств и, что еще важнее, среди северян.