Ли не терпел эффектных и нереальных планов. Его собственное чутье подсказывало ему, что генерал Макдауэлл, генерал Союза, будет атаковать в направлении Манассас-Джанкшн. Дело было не столько в том, что Ли был ясновидящим или даже пользовался услугами хорошей разведки, сколько в том, что он знал, как работает ум генерала Скотта, так же хорошо, как и свой собственный, и что смелая атака справа от генерала Джонстона приведет к его поражению. Как бы скептически Ли ни относился к эпатажному Борегару, он уважал профессиональные способности своего старого друга Джо Джонстона. На бумаге Макдауэлл превосходил Борегара в численности - у Макдауэлла было 35 000 человек в Центревиле и Александрии, а у Борегара - 20 000 в районе Манассас-Джанкшен, но Ли заметил, что генерал Паттерсон остановился в Мартинсбурге со своими 18 000 человек, вместо того чтобы продолжать наступление на Винчестер, и догадался, что первоочередной задачей было удержать 12-тысячную армию Джонстона в долине Шенандоа. А Паттерсон, как и положено, продвинулся всего на десять миль от Мартинсбурга до Банкер-Хилла, прежде чем "послушался своих страхов", а затем отступил обратно в Чарльзтаун, обеспокоенный длиной линии снабжения и постоянным присутствием перед ним кавалерии Дж. Э. Б. Стюарта. Ни один из этих генералов, даже Скотт, никогда не командовал в бою более чем 5000 человек, поэтому они были в некотором смысле такими же сырыми, как и их войска, большинству из которых не хватало способности пехотинца-ветерана ставить одну ногу перед другой в течение нескольких часов подряд, а затем спокойно стоять на месте, столкнувшись с атакой.
Хотя с 1820-х годов железные дороги произвели революцию в сфере транспорта в восточной половине Соединенных Штатов, железная дорога как фактор военной стратегии сильно отставала. Джо Джонстону потребовалось бы четыре дня или больше, чтобы перебросить свою армию через горы Голубого хребта из Винчестера в Манассас, даже в хорошую погоду - пехота могла пройти пятнадцать миль в день, но артиллерия и громоздкие повозки с припасами двигались со скоростью лошадей и мулов на прогулке. Ли считал, что если кавалерия Дж. Э. Б. Стюарта сможет успешно маскировать передвижения Джонстона. Джонстон сможет провести свою армию на десять миль южнее и пересадить ее на повозки и вагоны железной дороги Манассас-Гэп в Пьемонте, а затем за ночь доставить ее в Манассас. Пройдет день или больше, прежде чем Паттерсон поймет, что долина Шенандоа лежит перед ним без обороны. Ли считал, что при первых признаках наступления союзных войск армия Конфедерации может быть усилена до 32 000 человек, плюс 5000 человек под командованием бригадного генерала Теофила Холмса, идущих на северо-запад от Аквия-Лэндинг на Потомаке. Это дало бы конфедератам больше войск, чем было у Макдауэлла, причем значительная их часть была бы хорошо расположена для фланговой атаки. Ли не только включил железную дорогу в свои планы; он предвидел, как наилучшим образом использовать армию Джонстона - в отличие от генерала Скотта, который, несмотря на свой богатый опыт ведения войны, позволил Паттерсону и его 18 000 человек отсидеться в Чарльзтауне во время предстоящего сражения.
Большой проблемой для конфедератов было командование. Недостающим элементом было именно то, что лучше всего мог обеспечить Ли, но ни Джонстон, ни Борегар не были готовы служить под началом кого-либо, кроме президента Дэвиса. Увлекательно рассуждать о том, что могло бы получиться, если бы Ли был в состоянии осуществить свой собственный план, и если бы командование не было разделено между двумя соперничающими генералами и президентом Дэвисом, который поспешил на место событий. Как бы то ни было, победа была бы одержана, и Север был бы ошеломлен, но не такой решающей, какой она могла бы быть, если бы Ли присутствовал и командовал.