Тем временем предсказания Ли относительно операций противника сбылись, и он оказался в роли того, кого мы сейчас могли бы назвать пожарным, отправленным справляться с любыми чрезвычайными ситуациями, возникавшими по мере того, как широко разделенные армии Союза начинали наступать большими силами. На рассвете 10 июня, всего через два дня после того, как войска Вирджинии (и Ли вместе с ними) официально вошли в состав армии Конфедерации, генерал-майор Бенджамин Батлер атаковал Магрудера на полуострове у Биг-Бетела, но был остановлен траншеями и земляными укреплениями, на рытье которых настоял Ли, а также случаем, который сейчас называют дружественным огнем, когда два нью-йоркских полка открыли огонь друг по другу, возможно, потому, что Третий нью-йоркский добровольческий полк носил серую форму, точно такую же, как у конфедератов. Союзные войска предприняли несколько попыток атаковать линии Конфедерации, но вскоре убедились в бесполезности штыковой атаки на хорошо окопавшуюся пехоту. В конце концов они отступили в безопасный форт Монро, оставив большую часть своего снаряжения разбросанным по дороге из-за жары. Батлер не добился ничего, кроме удовлетворения от того, что сжег дома нескольких предполагаемых сепаратистов в Литтл-Бетел и увел часть их рабов обратно в Форт-Монро, и белый Ли воспользовался возможностью отправить в Магрудер больше артиллерии и откопать несколько батарей тяжелых орудий.
По предложению президента Дэвиса или по собственной инициативе Ли быстро стал фактическим командующим крайними правыми силами Конфедерации в Виргинии, на полуострове и за рекой Джеймс в Норфолке; и крайними левыми силами Конфедерации, на западе в Аллегени, где командовал его бывший генерал-адъютант бригадный генерал Р. Б. Гарнетт, столкнувшийся с чрезвычайно компетентным генерал-майором Союза Джорджем Б. Макклелланом. Ни звание Ли, ни какие-либо официальные полномочия не сопровождали эти весомые обязанности - он просто взял под контроль фланги Вирджинии, позволив президенту Дэвису и генералу Джозефу Э. Джонстону сосредоточиться на жизненно важном центре, в Харперс-Ферри и Манассасе, любой из которых мог стать целью крупных сил Союза, собираемых в Вашингтоне. Его роль по-прежнему сводилась к тому, чтобы поспешно доставлять припасы и подкрепления, когда он мог их найти, и наблюдать за происходящим на расстоянии - своего рода наблюдение, а не прямое командование. Историки предполагали, что президент Дэвис недолюбливал Ли, но более вероятным кажется, что Дэвис просто не хотел делить с ним внимание. Генерал Джонстон, считавшийся в то время самым компетентным командующим Конфедерации, достаточно ясно дал понять, что, хотя ему нужна материально-техническая поддержка Ли, он не хочет получать от него приказы или даже советы. Если уж на то пошло, ни Магрудер, ни Гарнетт не обязаны были подчиняться приказам Ли, хотя Магрудер вскоре понял, как полезно прислушиваться к тому, что предлагает Ли. Гарнетт, будучи бывшим подчиненным Ли, вероятно, охотно принял бы его советы, но он находился далеко от Ричмонда, в горах нынешней Западной Вирджинии, так что вероятность того, что советы Ли дойдут до него вовремя и смогут что-то изменить, была очень мала.
К сожалению, Гарнетт унаследовал катастрофическую ситуацию. По прибытии он обнаружил, что Графтон и Филиппи находятся в руках федералов, что оставляет путь на Стонтон открытым; что разношерстная армия Конфедерации, собранная вокруг Хаттонсвилла, находится "в жалком состоянии"; и что жители северо-западной Вирджинии в большинстве своем настроены просоюзнически. Гарнетт располагал менее чем 5000 человек, испытывал острую нехватку оружия, одежды, дисциплины, продовольствия и энтузиазма, а также имел значительное превосходство в численности. Энергичная атака союзных войск на Стаунтон с последующим смелым "крюком" на юго-восток могла бы привести армию Макклеллана в долину Шенандоа, в тыл конфедеративным войскам у Харперс-Ферри и Манассаса; а это, если скоординировать с атакой из Александрии бригадного генерала Ирвина Макдауэлла, могло бы разрезать Виргинию на две части и закончить войну решающей победой Союза в 1861 году. К счастью для Конфедерации, хотя Макклеллан обладал многими качествами великого полководца, они не включали в себя смелость. Его манера поведения была величественно самоуверенной, но это была маска. Он постоянно переоценивал силы противника, иногда в два-три раза, и, хотя он был эффективен в подготовке армии, он, казалось, не хотел портить ее использованием. Хотя он был лично храбр, у него не было аппетита к риску - перфекционист, он хотел иметь идеальный послужной список побед, в результате чего нападал только тогда, когда считал, что шансов на поражение нет.