С завершением подготовки к обороне Виргинии и переходом ее вооруженных сил на сторону Конфедерации 7 июня положение Ли стало аномальным. Поскольку в армии Конфедерации на данный момент не было званий выше бригадного генерала, он опустился на одну ступеньку ниже своего звания генерал-майора. Это его не беспокоило. Вскоре, после того как Конфедерация учредила это звание, он станет одним из пяти полных генералов, но Ли никогда не носил генеральских знаков отличия на своей форме, довольствуясь тремя маленькими звездами полного полковника армии Конфедерации, своего прежнего звания в армии США, и дал понять, что не будет носить знаки отличия генерала Конфедерации, пока Юг не одержит победу. Не имея армии, которой можно было бы командовать, и живя в одном отеле с Дэвисами, Ли стал на время своего рода неофициальным начальником штаба и военным советником президента. "Я хотел бы уйти в частную жизнь", - писал он Мэри, но в то же время он стремился не допустить развития "антагонизма" между правительством Конфедерации и правительством Виргинии.
Возможно, Ли также знал, что он все еще нужен и что нет ни малейшего шанса на то, что ему позволят уйти в частную жизнь. Он постоянно выражал пожелание, чтобы на его место пришел "человек поумнее", но такого человека не существовало: Конфедерация отчаянно нуждалась в реалистичном профессиональном командующем, который мог бы и обучать армию, и готовить ее к предстоящей долгой войне, и в то же время тактично сдерживать президента Дэвиса от попыток руководить армией в полевых условиях, как если бы он был главнокомандующим. Под это описание подходил только Ли. В конце концов, это было похоже на ту роль, которую играл генерал Уинфилд Скотт во время Мексиканской войны.
Ли уже догадывался, что основные удары по Виргинии будут нанесены одновременно на западе, где она была слабее всего, и на полуострове, откуда, как только армия Союза накопит достаточно войск и техники, обязательно будет предпринята попытка взять Ричмонд, расположенный всего в восьмидесяти одной миле. От его внимания не ускользнуло, что после того, как войска Союза будут сосредоточены для атаки с запада и с востока - эти две силы разделяют почти 400 миль, - их центр неизбежно окажется слабым. Поэтому контратака конфедератов, предпринятая из Манассаса, может застать их врасплох и, возможно, даже угрожать Вашингтону.
Некоторые генералы хороши в обороне, некоторые - в наступлении, но очень немногие в истории войн были хороши и в том, и в другом. Грант и Шерман, например, были великолепны в наступлении, но никогда не испытывали себя в ведении оборонительной кампании, учитывая превосходство северян в живой силе, технике и снабжении. Ли был исключением из правил. Как инженер с большим опытом строительства укреплений и полевых сооружений, он был мастером обороны, но в то же время он был гением в наступлении, мастером маневра и неожиданного флангового движения, неустрашимым перед неблагоприятными обстоятельствами и всегда смелым, даже до ошибки. Он был редчайшим генералом, грозным противником как в атаке, так и в обороне; в американской военной истории нет никого, кто был бы похож на него. Даже при полном отступлении Ли оказался бы опасным противником - даже несмотря на то, что в апреле 1865 года численность армии Северной Вирджинии не превышала 28 000 человек, большинство из которых голодали и испытывали недостаток боеприпасов, Ли все еще мог маневрировать с теми небольшими силами, которые у него оставались, и вести жесткую оборону против подавляющего превосходства.
В июне 1861 года Ли оказался в незавидном положении, пытаясь укрепить позиции Конфедерации в трех местах - в Западной Вирджинии, Манассасе и на полуострове, - не имея никаких официальных полномочий отдавать приказы и всегда вынужденный действовать осторожно, чтобы не обидеть президента Дэвиса, который был одновременно чувствителен к любому предполагаемому оскорблению и полон решимости держаться за свои прерогативы главнокомандующего. Хотя Дэвис относился к Ли с "почтением", уважал его советы, терпение и организаторские способности, он еще не видел никаких доказательств гениальности Ли на поле боя. Пройдет некоторое время, прежде чем Дэвис с неохотой согласится с тем, что президенту Конфедерации подобает находиться не на передовой, под огнем противника, призывая войска идти вперед.