В конце марта полковник Альберт Сидни Джонстон, который наконец-то явился принять командование полком, назначил Ли командиром двух передовых эскадронов Второй кавалерии, расположившихся под навесом на реке Бразос, в самом сердце страны команчей, в местечке под названием Кэмп-Купер, на самом деле это не более чем несколько линий палаток, расположенных примерно в 170 милях к северу от форта Мейсон, - изолированный лагерь посреди практически неисследованной и запретной дикой местности, покрытой кустарником и колючим мескитом, где обитали волки, койоты и змеи, и малочисленные группы враждебных команчей. Приказ Ли заключался в том, чтобы подавить индейцев и не дать им следовать их гордым традициям племенной войны, убийственных набегов на незащищенные поселения англичан, угона скота и лошадей, а также скальпирования своих врагов. У Ли была своя палатка, несколько кур, чтобы дополнять армейский рацион яйцами, и некоторое время домашняя гремучая змея, поскольку ни одна кошка или собака не могла выжить после дерзких набегов волков. Ему предстояло провести девятнадцать месяцев в этом бесперспективном месте, единственным занятием которого были поиски места для строительства нового форта в сопровождении лейтенанта Джона Белла Худа.
Лагерь команчей, расположенный ниже по течению от форта Купер, мало интересовал Ли. Коренные американцы не казались большинству американцев середины XIX века ни романтичными, ни достойными изучения, и Ли не был исключением. В попытках превратить Ли в своего рода светского святого после Гражданской войны его взгляды на расу были почти полностью исключены из его портрета. Он считал, что неграм в рабстве было лучше, чем в Африке, и после Гражданской войны выступал против предоставления им права голоса; он считал, что мексиканцам было лишь немного лучше (и они жили хуже), чем рабам на Юге; и он не думал, что усилия правительства по "гуманизации" индейцев, как он выражался, стоят хлопот или могут увенчаться успехом. Его отношение к индейцам можно подытожить его комментарием Мэри о команчах после того, как он познакомился с ними поближе: "Эти люди доставляют массу хлопот людям и лошадям, и, бедные создания, они того не стоят".
Ли не был антропологом, и ему не хватало терпения общаться с хлопотливыми команчами и убожеством их деревни. Вскоре после прибытия Ли в Кэмп-Купер местный вождь Катумсе нанес ему церемониальный визит, на который он счел нужным ответить и который описал вскоре после этого в письме к Мэри: "Вчера я нанес ему [Катумсе] ответный визит и пробыл некоторое время в его ложе. Он сообщил мне, что у него шесть жен. Они [индейцы] весь день скачут в лагерь и обратно, их краска и "украшения" делают их еще более отвратительными, чем создала их природа, и все племя крайне неинтересно". Ли был вежлив с вождем, но не жалел слов: "Я приветствовал его как друга, пока его поведение и поведение его племени того заслуживало, но встретил бы его как врага в первый же момент, когда он не сдержал бы свое слово". Мысль о том, что у вождя Катумсе могут быть свои нормы поведения и свой кодекс чести, столь же жесткий, как и у Ли, не приходила Ли в голову.
Скучная жизнь на границе в конце концов вернула Ли к его старым сожалениям о выборе профессии. Очевидно, что сражаться с команчами и тем более преследовать их было не слишком выгодно, поскольку они оставляли мало следов своего перехода и знали каждую квадратную милю своей бесплодной территории как свои пять пальцев. Теперь Ли был сорокавосьмилетним полковником в 1000 миль от любимой жены и детей и ничего не добился. "Снова наступила монотонность, самая мрачная и скучная", - пишет Фримен, и это справедливое описание душевного состояния Ли, как и многих других солдат на границе, он чувствовал, что его жизнь проходит впустую и что его военная карьера подходит к концу без надежды на дальнейшее продвижение по службе.