Скотт враждовал с Дэвисом и предпочел бы, чтобы Ли был полковником Второй кавалерии, а Джонстон - его вторым командиром; он вновь подтвердил свою уверенность в том, что если Соединенным Штатам когда-нибудь придется столкнуться с войной, в которой на карту будет поставлено существование страны, то даже на смертном одре он скажет президенту "с предсмертным вздохом", что Ли должен командовать армией, но в итоге он принял решение военного министра после нескольких горьких обменов письмами.
Ли ничего не выиграл в плане компенсации, так как уже получал жалованье в звании полковника. Всегда бережливый по отношению к деньгам, он не только смог прожить на свое жалованье, но и к моменту поступления в Вест-Пойнт отложил 64 500 долларов, большую часть которых вложил в государственные и муниципальные облигации под 6 или 7 процентов, * немалый капитал для того времени и эквивалент примерно 1,68 миллиона долларов сегодня. Вполне понятно, что Ли чувствовал себя бедным - у него было семеро детей, и хотя Кьюстис учился в Вест-Пойнте за государственный счет, расходы на обучение остальных мальчиков в колледже, несомненно, казались ему такими же ужасающими, какими они кажутся родителям сегодня. Кроме того, перед ним маячила перспектива выдать замуж четырех девочек в стиле, приемлемом для семей Ли, Картер и Кьюстис. Ему, конечно, было больно покидать инженерный корпус после двадцати семи лет службы, а также "крайне горько" расставаться со своими детьми, но не исключено, что его привлекал и выход из-за письменного стола. Он будет руководить войсками в поле, у него будут прямые военные обязанности, и, учитывая растущее напряжение на границе, он почти наверняка увидит боевые действия. Кроме того, кавалерия все еще считалась элитой, а Ли был прирожденным всадником. О том, что он обдумал этот вопрос, возможно, чтобы обсудить его последствия с Мэри Ли, свидетельствует тот факт, что на ответ ушло двенадцать дней - долгая задержка для Ли, но его согласие никогда не вызывало сомнений.
У Ли было около месяца, чтобы перевезти семью в Арлингтон и подготовить дела к отъезду. Уже было ясно, что Вторая кавалерийская вряд ли будет расквартирована там, где Мэри и дети смогут последовать за ним. 12 апреля 1855 года он отправился в Луисвилл, штат Кентукки, где формировался полк. По неясным причинам военное министерство не смогло найти полковника Джонстона, поэтому командовать полком на время стал Ли. Еще до того, как полк получил обмундирование и снаряжение, ему было приказано отправиться с ними в Сент-Луис, штат Миссури, где он занялся обучением своих солдат. Позднее Ли скажет, что может сделать солдата из любого человека - он имел в виду смелое предложение вооружить негров для участия в боях в армии Конфедерации в 1864 году, - и, похоже, он действительно обладал даром превращать неохотно идущих в бой людей в настоящих солдат. На самом деле, многие новобранцы Второй кавалерии были обычными солдатами из меньших полков, которым, возможно, требовалась не меньшая порка, чем гражданским, чтобы соответствовать стандартам Ли. В конечном итоге Вторая кавалерия стала настолько прекрасно обученной, обмундированной и экипированной, что в остальной армии ее стали называть "питомцами Дэвиса", что свидетельствует о личной заинтересованности военного министра в полку.
Самому Ли не пришлось наслаждаться комфортом казарм Джефферсона на реке Миссисипи, поскольку армия решила, что он должен проводить время, посещая военные трибуналы в Канзасе, Техасе и Пенсильвании - одна из утомительных обязанностей линейных офицеров, от которой он был избавлен, будучи инженером и суперинтендантом Вест-Пойнта. Он находился в разъездах с начала сентября 1855 года по март 1856 года, когда он, наконец, вернулся в полк в форт Мейсон, в 100 милях к северу от Сан-Антонио. Это был один из целой цепи небольших, грубо построенных, изолированных фортов, предназначенных для защиты поселенцев от набегов индейцев команчей, киова и апачей, а также от мародерствующих мексиканских бандитов. Утомительные переезды между армейскими постами, в основном на лошадях, не говоря уже об утомительности рассматриваемых дел, заставили Ли написать предупреждение своей дочери Агнес, что она "должна ожидать неудобств и раздражений всю жизнь", - предсказание, которое оказалось более точным, чем мог предположить ее отец.