В апреле 1853 года умерла его любимая теща, Мэри Ли Фицхью Кэстис. Ли уже давно считал ее второй матерью, своим духовным наставником, а Арлингтон - своим домом. Его жене, Мэри, удалось добраться до дома вскоре после смерти матери, но Ли не смог вернуться на похороны из-за своих обязанностей в Вест-Пойнте. Он называл миссис Кэстис "матушкой" и полагался на нее как на добрый и стабилизирующий элемент семейной жизни, в отличие от ее переменчивого мужа; он без преувеличения назвал ее смерть "внезапным и сокрушительным" ударом и в письме к Мэри выразил основополагающую христианскую веру, которую миссис Кэстис так старалась ему внушить и которая поддерживала его в последующие годы и заставляла его казаться почти каждому, кто встречался с ним, другу или врагу, благородной и почти святой фигурой, даже на поле боя: "Пусть Бог даст вам силы, чтобы вы могли вынести и сказать: "Да будет воля Его". Она ушла от всех бед, забот и печалей в святое бессмертие, чтобы там вечно радоваться и славить Бога и Спасителя, которому она так долго и верно служила. Пусть это будет нашим утешением и утешением. Пусть наша смерть будет похожа на ее смерть, и пусть мы встретимся в счастье на небесах". Конечно, люди стремятся написать утешительные фразы тем, кто только что потерял близкого человека, и в викторианские времена они были более склонны использовать религиозные термины, чем сегодня, но письмо Ли к Мэри не похоже на это; в нем ясно выражена его собственная основная вера, твердая убежденность в благости Божьего замысла, необходимости подчиниться ему и уверенности в том, что тем, кто это сделал, уготовано место на небесах. Религиозные убеждения Ли, отчасти благодаря Марии и ее матери, были непоколебимы, и, несомненно, это самая важная часть его характера - он верил абсолютно. В нем не было ни позы, ни сомнений, ни необходимости во внешней демонстрации; образно говоря, она освещала его изнутри, и это помогает объяснить его необычайную привлекательность, уважение, которое оказывали ему как лидеру во время будущей войны, и то уникальное место, которое он занял в жизни Америки через полтора века после своей смерти - странное сочетание мученика, светского святого, южного джентльмена и идеального воина. Конечно, миссис Кэстис не случайно оставила ему кольцо "с волосами генерала Вашингтона и жемчужными инициалами", поскольку прекрасно понимала, насколько кодекс поведения Роберта Э. Ли был укоренен в прошлом веке, и насколько крепки были "мистические узы", связывавшие его с Джорджем Вашингтоном.
Благодаря этим качествам Ли являл собой устрашающий пример для своих кадетов, все из которых, похоже, признавали в нем те добродетели, которые он пытался привить им. Тогда классы были небольшими, по сравнению с сегодняшним днем (сорок три кадета в классе 1852 года, тридцать четыре - в классе 1853 года), * и их духовное благополучие волновало его не меньше, а то и больше, чем их академическая успеваемость. Лишь одному выпускнику Вест-Пойнта удалось совместить, казалось бы, противоречивые карьеры генерала и священнослужителя - Леонидасу Полку, который учился в академии одновременно с Ли, но на два класса позже него, и стал епископальным епископом Луизианы и генерал-лейтенантом Конфедерации. Тем не менее, Ли постоянно заботился о "привитии тех принципов мужественности и чести, которые являются единственной защитой солдата". Большая часть его переписки с военным министерством выдержана в тоне проповеди. Ли огорчали не столько недостатки кадетов, сколько их заблуждения. "Вы не должны делать вывод, - писал Ли в вежливом письме-предупреждении родителям одного кадета, которому грозило увольнение, - что его поведение было в наименьшей степени позорным или рассчитанным на то, чтобы повлиять на его моральный облик... . . Его заслуги были вызваны небрежностью [и] невниманием к своим обязанностям". Ли считал увольнение кадетов "самым неприятным делом, которое мне приходится выполнять". Его гордость при осмотре первого выпускного класса своего суперинтендантства в 1853 году была вполне уместна: в него вошли четыре будущих генерала Гражданской войны. Одним из них был Филип Шеридан, который в 1864 году стал командующим кавалерийским корпусом Гранта и первым генералом Союза, который начал проводить политику выжженной земли в долине Шенандоа; а другим - Джон Белл Худ, смелый, безрассудный техасец, который дослужился до звания генерал-лейтенанта Конфедерации и возглавил атаку на левые силы Союза на второй день Геттисберга. В следующем году Ли имел удовольствие видеть своего сына Кэстиса первым в классе из сорока шести человек, из которых не менее семи стали генералами Конфедерации. Самым известным из них был лихой молодой наездник по имени Дж. Э. Б. Стюарт, которого Ли любил почти так же, как собственных сыновей.