Причины назначения Рудакова изложены в докладной записке военно-окружного контролера Отдельной Оренбургской армии С. Жихарева, который писал: «Командующему приходилось выполнять ряд многочисленных обязанностей, вытекавших из совмещения в своем лице других должностей, а именно: Войскового Атамана Оренбургского Казачьего войска, Председателя войскового Правительства и Главноуполномоченного Министерства Продовольствия по Оренбургской губ. и Тургайской области. С 19/20 октября (1918 г. – А. Г.), с учреждением особой должности Главного Начальника Округа, Командующий Армией хотя и был свободен от бремени забот по разрешению вопросов хозяйственного характера, тем не менее многие из этих вопросов им разрешались по-прежнему. В общем по всем означенным выше, а также и по другим вопросам, вообще мало имеющим общего с делом командования армией как таковым, командующий г[енерал]-л[ейтенант] ДУТОВ ежедневно был осаждаем посетителями и просителями, часто ожидавшими очереди по несколько дней. Детальное знакомство со всеми делами, связанными с отправлением означенных должностей, а также выполнение всех многочисленных обязанностей и формальностей, относящихся к этим делам и должностям, было физически невозможно и, несомненно, должно было повести к отрицательным результатам, что не замедлило, например, сказаться на должности Главноуполномоченного Министерства Продовольствия. Выполнение большей части связанных с этою должностью обязанностей было поручено члену войскового Правительства полковнику РУДАКОВУ, при заместителях последнего уполномоченных Нарбуте (по хлебным операциям)1402 и Орлове (по мясным операциям). Означенный продовольственный орган назначен был обслуживать интересы армии по преимуществу. В распоряжение его поступили эвакуированные с Бузулукского фронта в весьма значительном количестве необходимые для армии продовольственные и иные грузы (пшеница, сахар, мануфактура и проч.). Точных данных о количестве и стоимости означенных грузов установить не представилось возможным ввиду приема их агентами уполномоченного без участия представителей Государственного Контроля и отсутствия в отчетности уполномоченного точных формальных данных по этому предмету, тем не менее, по частным сведениям, стоимость их определялась до 100, если не более, миллионов. Между тем орган уполномоченного в действительности почти не обслуживал нужд армии (за исключением заготовок мяса, производившихся лишь в последнее время за счет военных кредитов); эвакуированные грузы также мало были использованы для нужд армии, так как переданы большей частью на удовлетворение нужд населения, главным образом казачьего. Большая часть отчетности уполномоченным не представлена, денежные счета находятся в крайне неурегулированном состоянии, причем даже самим г[енерал]-л[ейтенантом] ДУТОВЫМ заявлено было 17 февраля с/г (1919. – А. Г.) на заседании войскового круга, что имеются данные о наличии разных злоупотреблений по продовольственным операциям, осуществлявшимся полковником РУДАКОВЫМ. Носились слухи о возможных злоупотреблениях и по другим операциям. Означенное выше положение дел могло, конечно, отразиться и на духе чисто казачьей армии, порыв которой мог быть не использован. По отзывам многих, духовной связи с командованием вообще в армии не чувствовалось»1403.
Еще до возвращения Рудакова из командировки 13 февраля 1919 г. Дутов на заседании Войскового правительства поднял вопрос о его деятельности. 17 февраля оренбургский атаман выступил перед депутатами 3-го очередного Войскового Круга в Троицке с речью, в которой заявил, что Рудаков «выехал в Читу и вел с Атаманом Семеновым переговоры, не имея на это никаких полномочий. Потом он отправился во Владивосток также без разрешения. Состоя уполномоченным по продовольствию, Полковник Рудаков не сдал отчетов, а между тем денежные обороты по продовольственным операциям превышают десятки миллионов рублей и имеются данные о разных злоупотреблениях»1404. В Омске Рудаков получил от оренбургского представителя при Ставке полковника Н.С. Анисимова 500 000 руб. и не представил по ним отчета. Кроме того, Рудаков, как утверждал Дутов, превысил полномочия, действуя у атамана Семенова от имени самого Дутова, а затем не подчинился приказу последнего вернуться в войско и самовольно уехал во Владивосток, откуда прислал телеграмму о сложении с себя полномочий члена правительства. По решению Дутова Рудаков был выведен из состава Войскового правительства, снят со всех должностей и должен был быть доставлен в Троицк для расследования и предания суду1405. Круг после выступления Дутова принял решение просить Верховного Правителя адмирала А.В. Колчака о немедленной высылке Рудакова в войско.