Осенью 1917 г. подполковник Рудаков, избранный депутатом, принимал участие в работе чрезвычайного Войскового Круга Оренбургского казачьего войска, проходившего в войсковой столице. 28 сентября совместно с представителями других военных округов депутатами М.А. Арзамасцевым и К.Л. Каргиным он был командирован на казачью конференцию в Екатеринодар1374, а 2 октября 101 голосом из 145 избран членом Войскового правительства Оренбургского казачьего войска по продовольственному делу, возглавив отдел снабжения1375. В период Гражданской войны Рудаков принимал самое активное участие в политической жизни оренбургского казачества. Именно он составил проект конституции Юго-Восточного союза1376 (по всей видимости, основу проекта Рудаков привез из Екатеринодара), сторонником идеи которого был Дутов.
По возвращении из командировки 26 октября 1917 г. войсковой старшина Рудаков вступил в должность члена Войскового правительства, а также помощника главноуполномоченного Временного правительства по продовольственному делу в Оренбургской губернии и Тургайской области. Как известно, в этот период должность главноуполномоченного занимал сам полковник Дутов. 31 января 1918 г., вскоре после оставления казаками Оренбурга (18 января), В.Г. Рудаков выступил перед делегатами 2-го чрезвычайного Войскового Круга, собравшегося в Верхнеуральске, с докладом о положении Оренбурга после занятия его большевиками. Как отмечалось в протоколе заседания, «в своем докладе [он] рисует картину событий, происходивших в первые дни занятия Оренбурга большевиками, отмечает жертвы казаков и офицеров, зверски убитых и растерзанных бандитами. Заявляет, что при выезде из Оренбурга на станции Оренбург при обыске у него большевики отобрали 24 000 р. казенных денег, взятых им для доставления в г. Верхнеуральск1377. В заключение доложил, что семейства войскового атамана Дутова и некоторых членов войскового правительства большевиками арестовано (так в документе. –
2 февраля 1918 г. В.Г. Рудаков вошел в состав финансовой комиссии Круга для решения вопроса о денежном займе и в тот же день выступил с докладом о продовольственном деле в войске, причем доклад вызвал поддержку атамана Дутова1381. На следующий день Дутов и Рудаков ушли в отпуска по болезни, первый – на 2 месяца, второй – на месяц с сохранением содержания1382. Оба офицера заявили, что, если Круг прикажет им остаться на службе, они подчинятся этому приказу. Но, несмотря на постановление об отпуске, Дутов и Рудаков не покинули Круг.
Вновь заявил о себе Рудаков примерно через месяц, когда под видом простого казака по заданию Войскового правительства1383 прибыл в свою родную станицу Кичигинскую и от имени правительства повел агитацию с целью поднять казаков на борьбу с большевиками1384. Из Кичигинской, в которой по решению Войскового правительства расположился 3-й боевой пункт, или узел сопротивления, куда должны были стягиваться отряды самообороны из окрестных станиц, Рудаков разослал по станицам распоряжения о присылке всех имеющихся дружин. Первыми прибыли отряды из станиц Таяндинской и Коельской. Общее военное командование было возложено на есаула В. Степанова. Однако 30 марта 1918 г. кичигинские фронтовики признали советскую власть, и Рудакову пришлось спешно покинуть станицу. 3 апреля командующий восточными отрядами, действующими против Дутова, В.К. Блюхер, заявил казачьей делегации: «Вот до чего Ваше офицерство Вас доводит – Рудаков, кажется, пойман и ваш Дутов скоро будет пойман»1385. Однако будущий красный маршал ошибался, Рудакова красным захватить не удалось. Тем не менее он не принял участия в Тургайском походе, в который весной 1918 г. с войсковой территории ушел сам Дутов и другие члены Войскового правительства. В походе в составе партизанского отряда Оренбургского казачьего войска участвовал сын Рудакова, он погиб при возвращении отряда в бою у станции Кувандык1386.