После освобождения значительной части войска от большевиков 27 июня 1918 г. Рудаков выступил на Круге объединенных станиц Оренбургского казачьего войска с внеочередным докладом о действиях казаков против большевиков и об охране Оренбурга. Кроме того, он сообщил Кругу о взятии на себя хозяйственной инициативы перед союзными послами1387 – по всей видимости, речь шла о переговорах с представителями Великих держав по вопросам снабжения оренбургских казачьих частей. Круг постановил вынести Рудакову благодарность за его труды на пользу войска. 3 июля он вошел в состав комиссии для поверки и учета денежных сумм и ведения денежных книг, а на следующий день вместе с еще четырьмя депутатами Круга был командирован в Оренбург для учета сельскохозяйственных машин и отпуска их пострадавшим станицам, а также в помощь атаману 1-го военного округа К.Л. Каргину1388.
Рудаков постоянно в работе: в июле 1918 г. он едет в Омск, в августе в составе делегации Войскового правительства – в Самару для доклада членам Комуча о политическом курсе Оренбурга1389, затем принимает участие в совещании в Челябинске по вопросу о созыве Государственного совещания, в сентябре участвует в самом Государственном совещании1390 и в работе 3-го чрезвычайного Войскового Круга в Оренбурге. 21 сентября и 3 октября 1918 г. Рудаков выступил на Круге с докладами по продовольственному вопросу, предложив конкретные меры по преодолению возможного голода в войске1391. При возвращении Рудакова из Омска в конце июля его попутчиком оказался видный деятель партии социалистов-революционеров Л.А. Кроль, отразивший в своих мемуарах воззрения Рудакова. Кроль вспоминал: «Я ехал в вагоне полковника Рудакова, с которым у нас завязалась серьезная беседа по поводу методов дальнейшего устроения судеб освободившейся территории. К Комучу Рудаков относился скептически, но с Комучем Оренбургскому войску приходилось сильно считаться из-за материальных ресурсов. К вступлению атамана Дутова членом Комуча – что немало нас всех удивляло – Рудаков относился очень просто: отчего не использовать атаману Дутову своего положения члена Учредительного Собрания для большего влияния в Комуче; имея свою реальную воинскую силу, Дутов фактически независим от Комуча; наконец, Дутов в любой момент, когда это будет выгодно, может так же легко уйти из Комуча, как он в него вошел. Особые условия казачьего быта, по словам Рудакова, и заинтересованность казачества в сохранении его приводили его к выводу, что если бы удалось в разумном виде создать федерацию, то, пожалуй, это было бы наилучшим исходом. Мысль о создании автономии Горнозаводского Урала с рабочим населением, иного уклада жизни и с иной психологией, чем казачье, Рудаков одобрял. Избавиться от беспокойного элемента и передать его области горнозаводского Урала было бы очень хорошо. Одним словом, в полковнике Рудакове я нашел сочувствие, и мы тут же, развернув карту Урала, намечали, примерно, границы Оренбургского войска и Горнозаводского Урала, учитывая еще третью претензию, башкир, имевших в то время свое правительство, поддерживаемое Самарой. По пути мы остановились, встретившись на разъезде с поездом атамана Дутова, ехавшего в Омск… Через час примерно мы двинулись дальше. Вернувшийся от атамана полковник Рудаков сообщил мне, что он передал нашу беседу атаману и что тот в общем тоже сходится с нами во взглядах»1392.
1 октября 1918 г. по решению 3-го чрезвычайного Войскового Круга Оренбургского казачьего войска Рудаков был произведен в чин полковника1393. Однако еще до официального производства его не раз называли полковником. Чтобы разобраться, он с недоумением телеграфировал Войсковому правительству: «[Из] Моих документов значусь полковником, разве произведен?»1394 Как выяснилось, произошла ошибка.